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- PDB-4ltq: Bacterial sodium channel in low calcium, P42 space group -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ltq
タイトルBacterial sodium channel in low calcium, P42 space group
要素Ion transport protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / cation channel fold / coiled coil sodium channel / plasma membrane
機能・相同性Voltage-gated cation channel calcium and sodium / voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / metal ion binding / identical protein binding / Ion transport protein
機能・相同性情報
生物種Alkalilimnicola ehrlichii (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.5 Å
データ登録者Shaya, D. / Findeisen, F. / Abderemane-Ali, F. / Arrigoni, C. / Wong, S. / Reddy Nurva, S. / Loussouarn, G. / Minor, D.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structure of a prokaryotic sodium channel pore reveals essential gating elements and an outer ion binding site common to eukaryotic channels.
著者: Shaya, D. / Findeisen, F. / Abderemane-Ali, F. / Arrigoni, C. / Wong, S. / Nurva, S.R. / Loussouarn, G. / Minor, D.L.
履歴
登録2013年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月6日Group: Database references
改定 1.22014年1月22日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ion transport protein
B: Ion transport protein
C: Ion transport protein
D: Ion transport protein
H: Ion transport protein
I: Ion transport protein
J: Ion transport protein
K: Ion transport protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,7078
ポリマ－139,7078
非ポリマー00
水00
1
A: Ion transport protein
B: Ion transport protein
C: Ion transport protein
D: Ion transport protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8534
ポリマ－69,8534
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11120 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area26230 Å2
手法PISA
2
H: Ion transport protein
I: Ion transport protein
J: Ion transport protein
K: Ion transport protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8534
ポリマ－69,8534
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11130 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area26250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.136, 181.136, 94.021
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number77
Space group name H-MP42
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51H
61I
71J
81K

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 150 - 285 / Label seq-ID: 14 - 149

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5HE
6IF
7JG
8KH

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.990474, 0.032616, 0.133781), (-0.134477, 0.020174, 0.990711), (0.029614, -0.999264, 0.024368)-5.3587, 127.70514, 144.15157
3given(0.980359, -0.099432, 0.170322), (-0.105395, -0.994082, 0.02631), (0.166698, -0.043745, -0.985037)12.82047, 273.88129, 19.46816
4given(0.990034, -0.138428, 0.025902), (0.02439, -0.012611, -0.999623), (0.138702, 0.990292, -0.009109)19.30301, 146.73317, -129.46487
5given(-0.058316, -0.970754, -0.232887), (0.981113, -0.012632, -0.193023), (0.184436, -0.239745, 0.953156)278.50809, 101.72891, 3.20003
6given(-0.000131, -0.994056, -0.108866), (0.209271, -0.106483, 0.972043), (-0.977858, -0.022655, 0.208041)274.19757, 95.3769, 50.98726
7given(-0.122557, -0.991445, -0.044897), (-0.965247, 0.108553, 0.237729), (-0.230821, 0.072472, -0.970293)276.19379, 143.72261, 58.63654
8given(-0.188123, -0.966013, -0.177281), (-0.197151, 0.213973, -0.956738), (0.962154, -0.145033, -0.230704)281.01828, 149.41412, 9.80708

-
要素

#1: タンパク質
Ion transport protein / sodium channel


分子量: 17463.344 Da / 分子数: 8 / 断片: Pore and cytoplasmic domains (UNP residues 143-288) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alkalilimnicola ehrlichii (紅色硫黄細菌)
遺伝子: Mlg_0322 / プラスミド: pet24b HM3C-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q0ABW0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 200 mM magnesium chloride, 30% PEG400, 100 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月16日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.598
11-H, K, -L20.402
反射解像度: 5.5→50 Å / Num. all: 10095 / Num. obs: 9811 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 307 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 5.5→5.8 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 1.916 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique all: 1236 / % possible all: 86.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4LTO

4lto


解像度: 5.5→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 45.904 / SU ML: 0.526 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.337 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29412 426 4.6 %RANDOM
Rwork0.26649 ---
all0.26759 9289 --
obs0.26759 8863 96.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 292.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.17 Å2-0 Å2-0 Å2
2---15.17 Å2-0 Å2
3---30.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5.5→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8086 0 0 0 8086
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.028304
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2161.93411378
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.61151080
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.81922.815270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.105151132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7171516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.21370
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026140
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it37.58376.1114344
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it55.5455416
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it49.42381.0913960
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined69.81912988
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 996 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.5

Dom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
1A36.44
2B39.6
3C37.72
4D38.84
5H36.97
6I38.21
7J38.48
8K35.78
LS精密化 シェル解像度: 5.5→5.625 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 15 -
Rwork0.173 437 -
obs-437 71.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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