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万見
- PDB-4lt6: Crystal Structure of human poly(A) polymerase gamma -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lt6
タイトルCrystal Structure of human poly(A) polymerase gamma
要素Poly(A) polymerase gamma
キーワードTRANSFERASE / Poly(A) polymerase / PAP / polymerase / polyadenylation / 3' processing / mRNA processing / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA 3'-end processing / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA processing / nuclear body / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus ...RNA 3'-end processing / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA processing / nuclear body / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Poly(A) polymerase, RNA-binding domain / Poly(A) polymerase, central domain / : / Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain / Poly(A) polymerase central domain / Poly(A) polymerase nucleotidyltransferase domain / Poly(a)-polymerase, middle domain - #10 / Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain / Nucleotidyltransferase, class I-like, C-terminal / Poly(a)-polymerase, middle domain ...Poly(A) polymerase, RNA-binding domain / Poly(A) polymerase, central domain / : / Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain / Poly(A) polymerase central domain / Poly(A) polymerase nucleotidyltransferase domain / Poly(a)-polymerase, middle domain - #10 / Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain / Nucleotidyltransferase, class I-like, C-terminal / Poly(a)-polymerase, middle domain / Nucleotidyltransferase domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Poly(A) polymerase gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Yang, Q. / Nausch, L. / Martin, G. / Keller, W. / Doublie, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of human poly(a) polymerase gamma reveals a conserved catalytic core for canonical poly(a) polymerases.
著者: Yang, Q. / Nausch, L.W. / Martin, G. / Keller, W. / Doublie, S.
履歴
登録2013年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月16日Group: Database references
改定 1.22014年1月8日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly(A) polymerase gamma
B: Poly(A) polymerase gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,6426
ポリマ－118,5792
非ポリマー1,0634
水95553
1
A: Poly(A) polymerase gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8213
ポリマ－59,2901
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Poly(A) polymerase gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8213
ポリマ－59,2901
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.870, 89.920, 201.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Poly(A) polymerase gamma / PAP-gamma / Neo-poly(A) polymerase / Neo-PAP / Polynucleotide adenylyltransferase gamma / SRP RNA ...PAP-gamma / Neo-poly(A) polymerase / Neo-PAP / Polynucleotide adenylyltransferase gamma / SRP RNA 3'-adenylating enzyme


分子量: 59289.688 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-508 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAPOLG, PAP2, PAPG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BWT3, polynucleotide adenylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-3AT / 3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / CORDYCEPIN TRIPHOSPHATE / 3′-dATP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.28 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20%(W/V) PEG 8000, 50mM Tris-HCl, 100mM (NH4)2SO4, 5mM CaCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年3月19日
放射モノクロメーター: Xenocs mirrors / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→20 Å / Num. all: 32026 / Num. obs: 31418 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.79-2.97189.5
2.97-3.2199.4
3.2-3.521100
3.52-4.031100
4.03-5.061100
5.06-20199.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1Q78

1q78


解像度: 2.79→19.884 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2574 2784 4.84 %
Rwork0.193 --
obs0.1962 29444 95.66 %
all-32026 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.8225 Å20 Å2-0 Å2
2---0.1153 Å20 Å2
3----6.7072 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→19.884 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7529 0 62 53 7644
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097777
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2510564
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9052914
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0851175
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071336
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.79-2.8360.3748680.3151861X-RAY DIFFRACTION64
2.836-2.88750.37741130.28052326X-RAY DIFFRACTION81
2.8875-2.94280.3361270.28472463X-RAY DIFFRACTION88
2.9428-3.00270.32491380.28092676X-RAY DIFFRACTION92
3.0027-3.06780.31351290.25342709X-RAY DIFFRACTION95
3.0678-3.13880.33351310.26272824X-RAY DIFFRACTION98
3.1388-3.2170.30711730.26212829X-RAY DIFFRACTION99
3.217-3.30360.39521450.25942815X-RAY DIFFRACTION99
3.3036-3.40040.36221630.24172831X-RAY DIFFRACTION100
3.4004-3.50960.27261590.22582831X-RAY DIFFRACTION100
3.5096-3.63430.26671440.21172894X-RAY DIFFRACTION100
3.6343-3.77880.26931300.18132878X-RAY DIFFRACTION100
3.7788-3.94950.22581330.1652854X-RAY DIFFRACTION100
3.9495-4.1560.20041530.16062840X-RAY DIFFRACTION100
4.156-4.41370.24581200.15392880X-RAY DIFFRACTION100
4.4137-4.75020.21251630.14832858X-RAY DIFFRACTION100
4.7502-5.22030.22171520.14852858X-RAY DIFFRACTION100
5.2203-5.95790.20751670.16162852X-RAY DIFFRACTION100
5.9579-7.44040.2121380.17042871X-RAY DIFFRACTION100
7.4404-19.88470.18261380.14912825X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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