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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lsg | ||||||
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タイトル | Structure of Mouse P-Glycoprotein | ||||||
要素 | Multidrug resistance protein 1A | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / multidrug resistance / ATP binding / drugs | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hormone transport / cellular response to borneol / response to codeine / response to cyclosporin A / Atorvastatin ADME / cellular response to mycotoxin / daunorubicin transport / positive regulation of response to drug / response to quercetin / cellular response to external biotic stimulus ...hormone transport / cellular response to borneol / response to codeine / response to cyclosporin A / Atorvastatin ADME / cellular response to mycotoxin / daunorubicin transport / positive regulation of response to drug / response to quercetin / cellular response to external biotic stimulus / regulation of intestinal absorption / negative regulation of sensory perception of pain / response to antineoplastic agent / positive regulation of establishment of Sertoli cell barrier / Prednisone ADME / response to alcohol / ceramide translocation / terpenoid transport / ceramide floppase activity / response to glycoside / floppase activity / establishment of blood-retinal barrier / protein localization to bicellular tight junction / ABC-type oligopeptide transporter activity / ABC-family proteins mediated transport / cellular response to L-glutamate / response to thyroxine / establishment of blood-brain barrier / phosphatidylethanolamine flippase activity / xenobiotic transport across blood-brain barrier / phosphatidylcholine floppase activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / intercellular canaliculus / export across plasma membrane / response to vitamin D / ABC-type xenobiotic transporter / P-type phospholipid transporter / response to vitamin A / ABC-type xenobiotic transporter activity / response to glucagon / intestinal absorption / phospholipid translocation / cellular response to antibiotic / cellular hyperosmotic salinity response / maintenance of blood-brain barrier / cellular response to alkaloid / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / response to cadmium ion / lactation / cellular response to dexamethasone stimulus / cellular response to estradiol stimulus / response to progesterone / female pregnancy / brush border membrane / placenta development / circadian rhythm / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / apical plasma membrane / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, G. / Szewczyk, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4lsg.cif.gz | 463.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4lsg.ent.gz | 374.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4lsg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4lsg_validation.pdf.gz | 462.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4lsg_full_validation.pdf.gz | 540.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4lsg_validation.xml.gz | 89.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4lsg_validation.cif.gz | 118.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/4lsg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/4lsg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4ksbS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 141845.812 Da / 分子数: 2 / 変異: C952A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Abcb1a, Abcb4, Mdr1a, Mdr3, Pgy-3, Pgy3 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P21447, xenobiotic-transporting ATPase #2: 化合物 | ChemComp-HG / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.28 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 17% PEG 350mme, 0.05M tris, 0.04% sodium cholate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.00695, 1.00923 | |||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月16日 | |||||||||
放射 | モノクロメーター: APS mirrors / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 3.8→50 Å / Num. all: 42800 / Num. obs: 41131 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 3.8→4.04 Å / % possible all: 86.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4KSB 解像度: 3.8→19.983 Å / SU ML: 0.77 / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 42.15 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.8→19.983 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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