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- PDB-4lrz: Crystal Structure of the E.coli DhaR(N)-DhaL complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lrz
タイトルCrystal Structure of the E.coli DhaR(N)-DhaL complex
要素
  • PTS-dependent dihydroxyacetone kinase operon regulatory protein
  • PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, ADP-binding subunit DhaL
キーワードTransferase/Transcription Regulator / coiled-coil / helix rotation / GAF / PAS / transcriptional regulation complex / Transferase-Transcription Regulator complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoenolpyruvate-glycerone phosphotransferase / phosphoenolpyruvate-glycerone phosphotransferase activity / glycerone kinase activity / carbohydrate phosphorylation / transferase complex / glycerol metabolic process / pyruvate metabolic process / glycerol catabolic process / DNA-binding transcription activator activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding ...phosphoenolpyruvate-glycerone phosphotransferase / phosphoenolpyruvate-glycerone phosphotransferase activity / glycerone kinase activity / carbohydrate phosphorylation / transferase complex / glycerol metabolic process / pyruvate metabolic process / glycerol catabolic process / DNA-binding transcription activator activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / ADP binding / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydroxyacetone kinase, subunit L / DhaL domain / DhaL domain / DhaL domain superfamily / DAK2 domain / DhaL domain profile. / Dak2 / : / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 ...Dihydroxyacetone kinase, subunit L / DhaL domain / DhaL domain / DhaL domain superfamily / DAK2 domain / DhaL domain profile. / Dak2 / : / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / GAF domain / PAS domain / GAF domain / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS domain / PAS domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PEP-dependent dihydroxyacetone kinase, ADP-binding subunit DhaL / PTS-dependent dihydroxyacetone kinase operon regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Shi, R. / McDonald, L. / Cygler, M. / Ekiel, I.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Coiled-Coil Helix Rotation Selects Repressing or Activating State of Transcriptional Regulator DhaR.
著者: Shi, R. / McDonald, L. / Cygler, M. / Ekiel, I.
履歴
登録2013年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Data collection
改定 1.22014年3月26日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, ADP-binding subunit DhaL
B: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, ADP-binding subunit DhaL
C: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, ADP-binding subunit DhaL
D: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, ADP-binding subunit DhaL
E: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase operon regulatory protein
F: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase operon regulatory protein
G: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase operon regulatory protein
H: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase operon regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,12920
ポリマ－230,2268
非ポリマー1,90312
水8,017445
1
A: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, ADP-binding subunit DhaL
B: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, ADP-binding subunit DhaL
F: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase operon regulatory protein
H: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase operon regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,06510
ポリマ－115,1134
非ポリマー9526
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12610 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area38500 Å2
手法PISA
2
C: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, ADP-binding subunit DhaL
D: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, ADP-binding subunit DhaL
E: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase operon regulatory protein
G: PTS-dependent dihydroxyacetone kinase operon regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,06510
ポリマ－115,1134
非ポリマー9526
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12560 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area38700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.766, 91.500, 93.808
Angle α, β, γ (deg.)84.150, 72.420, 90.010
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological unit is a heterotetramer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A & B and chains C & D

-
要素

#1: タンパク質
PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, ADP-binding subunit DhaL


分子量: 22666.660 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b1199, dhaL, dhaR, JW5186, ycgS / プラスミド: pGEX-4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P76014, 転移酵素; リンを含む基を移すもの
#2: タンパク質
PTS-dependent dihydroxyacetone kinase operon regulatory protein


分子量: 34889.887 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b1201, dhaL, dhaR, JW5188, ycgU / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P76016
#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.22 %
結晶化温度: 295 K
手法: マイクロバッチ法, シッティングドロップ法
pH: 6.5
詳細: 30% (v/v) 2-ethoxyethanol, pH 6.5, microbatch, sitting drop, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→91 Å / Num. obs: 119216 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 1.001 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.32-2.43.40.588113170.999192.1
2.4-2.53.70.491117391.001196.5
2.5-2.613.90.373120161.001197.9
2.61-2.7540.279119821198.2
2.75-2.9240.208120321.001198.3
2.92-3.1540.141120231.001198.6
3.15-3.4740.096120771198.8
3.47-3.9740.075120671.001199
3.97-540.06121421.001199.3
5-503.90.046118211.001196.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.32→90.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / WRfactor Rfree: 0.2614 / WRfactor Rwork: 0.2113 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8091 / SU B: 15.31 / SU ML: 0.166 / SU R Cruickshank DPI: 0.2706 / SU Rfree: 0.2214 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2474 6008 5 %RANDOM
Rwork0.1997 ---
obs0.2021 119153 97.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 122.71 Å2 / Biso mean: 45.984 Å2 / Biso min: 13.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.28 Å2-0.23 Å20.06 Å2
2---0.49 Å20.89 Å2
3---1.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→90.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15367 0 116 445 15928
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02215769
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7431.96821414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.97252018
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.18724.678667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.016152695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.541596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.22498
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02111722
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8131.510023
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.576216051
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7435746
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4524.55358
LS精密化 シェル解像度: 2.32→2.38 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 401 -
Rwork0.268 7683 -
all-8084 -
obs--88.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2325-0.15690.06590.5985-0.10841.32520.12260.06750.00570.0258-0.09060.09520.0408-0.0916-0.03210.0461-0.0191-0.00030.0453-0.04330.1716-73.202116.9407-13.3539
21.3947-0.2157-0.11430.71380.14091.43860.14590.0688-0.02960.032-0.1245-0.0993-0.05880.0805-0.02140.0634-0.0302-0.00260.07020.07060.1584-26.887229.6937-13.5219
31.19530.11290.11430.5918-0.03571.30260.1221-0.07730.0088-0.0146-0.1133-0.10970.0590.0733-0.00880.06520.02590.01930.05620.07030.167217.83862.5707-23.9038
41.35170.23-0.00980.9485-0.15951.53130.1218-0.1178-0.0136-0.0056-0.10580.1191-0.0398-0.0902-0.01590.04620.01930.01970.0563-0.03430.1725-28.303175.4213-23.8171
50.65950.31110.6751.44440.38410.85170.0874-0.06980.07840.0387-0.1368-0.0020.02680.00330.04940.0867-0.08130.0170.0889-0.01880.11381.38683.4316-4.3066
60.7285-0.3205-0.58491.60010.36371.05250.07530.0535-0.078-0.0454-0.13730.00410.0081-0.0070.0620.09030.08320.00420.0903-0.01530.115-43.49238.9108-33.0023
70.7210.3921-0.43631.4831-0.35341.31540.1197-0.1019-0.07080.0327-0.16250.01080.02420.01940.04280.1144-0.0918-0.00080.11140.0420.1042-11.782254.5894-4.3059
80.7725-0.41080.57281.3692-0.35191.16170.09260.07320.0741-0.0345-0.13430.0132-0.00930.01030.04160.09610.08160.02360.09040.04680.1103-56.784637.7542-33.1582
91.91190.424-0.02251.71671.16182.77060.02850.3563-0.2279-0.1358-0.15140.12690.0034-0.07480.12290.09440.07420.00180.1288-0.06290.1316-13.773462.6476-52.3532
102.09410.1550.13981.93661.36943.040.1055-0.41540.19730.1509-0.20110.2278-0.0551-0.04010.09570.1132-0.08330.04740.1237-0.06360.0843-58.676229.969914.9736
112.19530.6246-0.76991.6152-1.28182.75550.06730.30890.2024-0.0971-0.1436-0.1060.0008-0.00240.07630.08580.07610.07860.11720.10430.11583.844876.2258-51.9619
121.7836-0.0564-0.25542.2576-1.49362.90470.0985-0.3635-0.31010.1533-0.2744-0.1753-0.0720.13280.17590.0857-0.0913-0.04660.1670.12930.1344-41.612616.288214.3701
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 302
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 302
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 302
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 302
5X-RAY DIFFRACTION5E13 - 190
6X-RAY DIFFRACTION6F13 - 190
7X-RAY DIFFRACTION7G13 - 190
8X-RAY DIFFRACTION8H13 - 190
9X-RAY DIFFRACTION9E191 - 306
10X-RAY DIFFRACTION10F191 - 306
11X-RAY DIFFRACTION11G191 - 306
12X-RAY DIFFRACTION12H191 - 306

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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