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万見
- PDB-4lrk: Bacterial Effector NleH2 Kinase Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lrk
タイトルBacterial Effector NleH2 Kinase Domain
要素Effector NleH2
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI / kinase fold / bacterial effector kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


effector-mediated suppression of host innate immune response / transcription regulator inhibitor activity
類似検索 - 分子機能
: / Protein kinase OspG, kinase domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T3SS secreted effector NleH
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.274 Å
データ登録者Cygler, M. / Grishin, A.M. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: NleH defines a new family of bacterial effector kinases.
著者: Grishin, A.M. / Cherney, M. / Anderson, D.H. / Phanse, S. / Babu, M. / Cygler, M.
履歴
登録2013年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Effector NleH2
B: Effector NleH2
C: Effector NleH2
D: Effector NleH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7924
ポリマ－74,7924
非ポリマー00
水5,386299
1
A: Effector NleH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6981
ポリマ－18,6981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Effector NleH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6981
ポリマ－18,6981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Effector NleH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6981
ポリマ－18,6981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Effector NleH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6981
ポリマ－18,6981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Effector NleH2

B: Effector NleH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3962
ポリマ－37,3962
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area2570 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area16120 Å2
手法PISA
6
C: Effector NleH2
D: Effector NleH2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3962
ポリマ－37,3962
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area15520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.288, 145.288, 83.456
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

-
要素

#1: タンパク質
Effector NleH2


分子量: 18697.898 Da / 分子数: 4 / 断片: Kinase Domain (UNP residues 140-303) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 EDL933 / 遺伝子: ECs1814, nleh2, Z6021 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star
参照: UniProt: Q8XAL6, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM MES 6.5, 30% PEG 5000MME, 200 mM (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
177.21
277.21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンCLSI 08ID-110.97949
シンクロトロンCLSI 08ID-120.97871
検出器
タイプID検出器日付
RAYONIX MX-3001CCD2012年5月16日
RAYONIX MX-3002CCD2012年6月6日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1dcm WITH CRYO-COOLED 1ST CRYSTAL SAGITALLY BENT 2ND CRYSTAL FOLLOWED BY VERTICALLY FOCUSING MIRRORSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2dcm WITH CRYO-COOLED 1ST CRYSTAL SAGITALLY BENT 2ND CRYSTAL FOLLOWED BY VERTICALLY FOCUSING MIRRORSADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979491
20.978711
Reflection冗長度: 11.6 % / 数: 365200 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Χ2: 1.71 / D res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 31562 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.785099.810.0814.25110.4
5.386.7810010.0963.22911.2
4.75.3810010.0892.31811.3
4.274.710010.0942.27911.4
3.974.2710010.1122.17311.5
3.733.9710010.1141.87911.6
3.553.7310010.1251.80711.6
3.393.5510010.1531.85411.7
3.263.3910010.1841.57611.7
3.153.2610010.2391.47911.7
3.053.1510010.3221.39211.7
2.963.0510010.3991.27211.7
2.892.9610010.4661.20411.7
2.822.8910010.6171.1411.8
2.752.8210010.7231.12311.8
2.692.7510010.8781.0911.7
2.642.6910010.961.06711.7
2.592.6410011.06511.8
2.542.5910011.03711.7
2.52.5410011.03911.7
反射解像度: 2.27→50 Å / Num. obs: 41406 / % possible obs: 99.7 %

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MxDCデータ収集
DENZOデータ削減
AutoSol位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.274→45.944 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2196 2000 4.83 %
Rwork0.1737 --
obs0.1758 41366 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 164.27 Å2 / Biso mean: 38.2873 Å2 / Biso min: 7.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.274→45.944 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5082 0 0 299 5381
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.85360.09830.20161.75810.53422.0648-0.06190.04820.17080.0008-0.05410.009-0.32180.0630.07390.1199-0.0131-0.04010.06150.03470.160973.847528.159555.1241
21.76650.0174-0.39270.7478-0.10461.3-0.0304-0.347-0.12340.0919-0.1035-0.0548-0.21490.20860.07790.1984-0.0986-0.10840.16390.00630.230385.457924.9067-11.2408
32.42990.12130.10061.6914-1.57892.8938-0.09490.1157-0.2631-0.1932-0.0669-0.24570.06770.39880.12450.2654-0.17870.02660.3714-0.00950.196290.366335.590223.8418
42.0735-0.54530.80811.4559-0.57574.4814-0.1691-0.2496-0.08410.13510.24050.2734-0.546-0.7143-0.03420.3564-0.014-0.01280.47530.02450.258771.249744.000219.5421
5-0.2-0.13670.01680.10090.0880.256-0.0146-0.02190.0006-0.0272-0.02140.0282-0.10190.0802-0.05030.0941-0.0942-0.02390.1618-0.00360.116580.574228.0420.2955
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 142:303 )A142 - 303
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 142:303 )B142 - 303
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 142:303 )C142 - 303
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 142:303 )D142 - 303
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 401:512 ) OR ( CHAIN C AND RESID 401:441 ) OR ( CHAIN B AND RESID 401:518 ) OR ( CHAIN D AND RESID 401:428 )A401 - 512
6X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 401:512 ) OR ( CHAIN C AND RESID 401:441 ) OR ( CHAIN B AND RESID 401:518 ) OR ( CHAIN D AND RESID 401:428 )C401 - 441
7X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 401:512 ) OR ( CHAIN C AND RESID 401:441 ) OR ( CHAIN B AND RESID 401:518 ) OR ( CHAIN D AND RESID 401:428 )B401 - 518
8X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 401:512 ) OR ( CHAIN C AND RESID 401:441 ) OR ( CHAIN B AND RESID 401:518 ) OR ( CHAIN D AND RESID 401:428 )D401 - 428

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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