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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lrk | ||||||
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タイトル | Bacterial Effector NleH2 Kinase Domain | ||||||
要素 | Effector NleH2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Structural Genomics / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI / kinase fold / bacterial effector kinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 effector-mediated suppression of host innate immune response / transcription regulator inhibitor activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.274 Å | ||||||
データ登録者 | Cygler, M. / Grishin, A.M. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2014 タイトル: NleH defines a new family of bacterial effector kinases. 著者: Grishin, A.M. / Cherney, M. / Anderson, D.H. / Phanse, S. / Babu, M. / Cygler, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4lrk.cif.gz | 274.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4lrk.ent.gz | 226.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4lrk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4lrk_validation.pdf.gz | 443.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4lrk_full_validation.pdf.gz | 446.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4lrk_validation.xml.gz | 26.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4lrk_validation.cif.gz | 38.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/4lrk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/4lrk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18697.898 Da / 分子数: 4 / 断片: Kinase Domain (UNP residues 140-303) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 EDL933 / 遺伝子: ECs1814, nleh2, Z6021 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star 参照: UniProt: Q8XAL6, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.22 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100mM MES 6.5, 30% PEG 5000MME, 200 mM (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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Reflection | 冗長度: 11.6 % / 数: 365200 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Χ2: 1.71 / D res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 31562 / % possible obs: 100 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.27→50 Å / Num. obs: 41406 / % possible obs: 99.7 % |
-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.274→45.944 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.45 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 164.27 Å2 / Biso mean: 38.2873 Å2 / Biso min: 7.98 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.274→45.944 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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