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万見
- PDB-4lrj: Bacterial Effector NleH1 Kinase Domain with AMPPNP and Mg2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lrj
タイトルBacterial Effector NleH1 Kinase Domain with AMPPNP and Mg2+
要素Effector NleH1
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI / kinase fold / baterial effector kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


effector-mediated suppression of host innate immune response / negative regulation of phosphorylation / transcription regulator inhibitor activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Protein kinase OspG, kinase domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / T3SS secreted effector NleH
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.619 Å
データ登録者Cygler, M. / Grishin, A.M. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: NleH defines a new family of bacterial effector kinases.
著者: Grishin, A.M. / Cherney, M. / Anderson, D.H. / Phanse, S. / Babu, M. / Cygler, M.
履歴
登録2013年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Effector NleH1
B: Effector NleH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6458
ポリマ－37,5352
非ポリマー1,1106
水5,098283
1
A: Effector NleH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3475
ポリマ－18,7681
非ポリマー5794
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Effector NleH1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2983
ポリマ－18,7681
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.698, 98.205, 40.774
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Effector NleH1


分子量: 18767.713 Da / 分子数: 2 / 断片: Kinase Domain (UNP residues 128-293) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 EDL933 / 遺伝子: ECs0848, nleh1, Z0989 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star
参照: UniProt: Q8X831, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100mM Tris 8.5, 20% PEG 3350, 100 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 77.2 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月8日
放射モノクロメーター: dcm WITH CRYO-COOLED 1ST CRYSTAL SAGITALLY BENT 2ND CRYSTAL FOLLOWED BY VERTICALLY FOCUSING MIRROR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: l,-k,h / Fraction: 0.26
反射解像度: 1.61→50 Å / Num. obs: 41051 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.61-1.645.30.338195.7
1.64-1.675.60.3021100
1.67-1.75.60.2551100
1.7-1.735.70.2271100
1.73-1.775.70.181100
1.77-1.815.70.1581100
1.81-1.865.70.1311100
1.86-1.915.70.111100
1.91-1.975.70.0871100
1.97-2.035.70.0791100
2.03-2.15.70.0751100
2.1-2.195.70.0731100
2.19-2.285.70.0681100
2.28-2.45.70.061100
2.4-2.565.70.054199.8
2.56-2.755.70.0541100
2.75-3.035.80.061100
3.03-3.475.80.0521100
3.47-4.375.80.0431100
4.37-505.60.041199.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 50.51 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å31.26 Å
Translation2.5 Å31.26 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.3_1477精密化
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MxDCデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.619→31.256 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.28 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1875 1999 4.96 %
Rwork0.1601 --
obs0.1624 40331 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 15.851 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.619→31.256 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2458 0 66 283 2807
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062609
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9973547
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.953987
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064397
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003456
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6196-1.66010.26191350.26972651X-RAY DIFFRACTION92
1.6601-1.7050.32021440.27152768X-RAY DIFFRACTION95
1.705-1.75510.25941410.26042710X-RAY DIFFRACTION95
1.7551-1.81180.28811430.24992711X-RAY DIFFRACTION95
1.8118-1.87650.26591390.23632733X-RAY DIFFRACTION95
1.8765-1.95150.24891370.22212754X-RAY DIFFRACTION95
1.9515-2.04030.20991430.20952755X-RAY DIFFRACTION95
2.0403-2.14770.21321450.20492739X-RAY DIFFRACTION95
2.1477-2.28210.20161450.18882713X-RAY DIFFRACTION95
2.2821-2.45810.1991400.18022730X-RAY DIFFRACTION95
2.4581-2.70490.18021440.1682777X-RAY DIFFRACTION95
2.7049-3.09510.21421410.1532725X-RAY DIFFRACTION95
3.0951-3.8950.18461460.1142756X-RAY DIFFRACTION95
3.895-20.26510.11161520.10472788X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0760.0401-0.03190.17240.0270.2816-0.0313-0.0055-0.01470.0085-0.01560.0008-0.0111-0.0465-00.13340.008-0.01030.1382-0.00910.1297-13.6770.3603-8.8415
20.18530.09910.03730.1573-0.04620.06130.1113-0.0432-0.07830.0488-0.0441-0.03230.0048-0.0100.1703-0.00640.00390.1322-0.00690.1707-5.385424.8983-25.9953
30.00660.0178-0.0150.0526-0.04610.04830.0220.00610.01970.00730.0167-0.0097-0.01010.00420.01690.2863-0.1156-0.00360.287-0.00720.3643-11.213129.9821-26.9391
40.09610.0490.0710.07750.03660.0529-0.01030.0039-0.01640.008-0.0280.0253-0.0049-0.0467-0.03360.31360.01790.08640.1987-0.04960.1842-12.3845.6329-14.574
50.04360.0205-0.06450.0476-0.0310.07080.0043-0.00310.00460.0181-0.0012-0.01060.0027-0.0117-00.1906-0.0073-0.01220.175-0.00880.1912-9.81611.7003-16.2118
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 131:293 )A131 - 293
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 132:293 )B132 - 293
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 301:301 )B301
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 301:301 )A301
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 401:561 ) OR ( CHAIN B AND RESID 401:522 )A401 - 561
6X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 401:561 ) OR ( CHAIN B AND RESID 401:522 )B401 - 522

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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