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- PDB-4lrh: Crystal structure of human folate receptor alpha in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lrh
タイトルCrystal structure of human folate receptor alpha in complex with folic acid
要素Folate receptor alpha
キーワードFolate Binding Protein / folate receptor-alpha / folic acid / cysteine-rich glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to folic acid / neural crest cell migration involved in heart formation / folic acid receptor activity / folic acid transport / sperm-egg recognition / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / pharyngeal arch artery morphogenesis / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / anterior neural tube closure ...cellular response to folic acid / neural crest cell migration involved in heart formation / folic acid receptor activity / folic acid transport / sperm-egg recognition / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / pharyngeal arch artery morphogenesis / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / anterior neural tube closure / Cargo concentration in the ER / regulation of canonical Wnt signaling pathway / COPII-mediated vesicle transport / clathrin-coated vesicle / axon regeneration / folic acid binding / heart looping / folic acid metabolic process / COPI-mediated anterograde transport / transport vesicle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis / brush border membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / signaling receptor activity / basolateral plasma membrane / cell adhesion / endosome / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / extracellular exosome / membrane / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Folate receptor / Folate receptor-like / Folate receptor family
類似検索 - ドメイン・相同性
FOLIC ACID / Folate receptor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ke, J. / Chen, C. / Zhou, X.E. / Yi, W. / Brunzelle, J.S. / Li, J. / Young, E.-L. / Xu, H.E. / Melcher, K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structural basis for molecular recognition of folic acid by folate receptors.
著者: Chen, C. / Ke, J. / Zhou, X.E. / Yi, W. / Brunzelle, J.S. / Li, J. / Yong, E.L. / Xu, H.E. / Melcher, K.
履歴
登録2013年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2013年7月31日ID: 4KEO
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22015年4月8日Group: Structure summary
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Folate receptor alpha
B: Folate receptor alpha
C: Folate receptor alpha
D: Folate receptor alpha
E: Folate receptor alpha
F: Folate receptor alpha
G: Folate receptor alpha
H: Folate receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,74938
ポリマ－204,3518
非ポリマー8,39830
水3,531196
1
A: Folate receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6495
ポリマ－25,5441
非ポリマー1,1054
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Folate receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6495
ポリマ－25,5441
非ポリマー1,1054
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Folate receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4284
ポリマ－25,5441
非ポリマー8843
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Folate receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6495
ポリマ－25,5441
非ポリマー1,1054
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Folate receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6495
ポリマ－25,5441
非ポリマー1,1054
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Folate receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6495
ポリマ－25,5441
非ポリマー1,1054
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Folate receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4284
ポリマ－25,5441
非ポリマー8843
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Folate receptor alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6495
ポリマ－25,5441
非ポリマー1,1054
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.021, 144.589, 216.839
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.38387, 0.91914, 0.088463), (-0.92025, 0.388697, -0.045336), (-0.076055, -0.064005, 0.995047)-51.55357, 64.11692, -8.15705

-
要素

#1: タンパク質
Folate receptor alpha / FR-alpha / Adult folate-binding protein / FBP / Folate receptor 1 / Folate receptor / adult / KB ...FR-alpha / Adult folate-binding protein / FBP / Folate receptor 1 / Folate receptor / adult / KB cells FBP / Ovarian tumor-associated antigen MOv18


分子量: 25543.855 Da / 分子数: 8 / 断片: Folate receptor alpha / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FOLR1, FOLR / 細胞株 (発現宿主): mammalian cell line / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15328
#2: 化合物
ChemComp-FOL / FOLIC ACID / 葉酸


分子量: 441.397 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19N7O6
#3: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: PEG 2000,potassium sodium tartrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月1日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 71563 / Num. obs: 70984 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.15
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / Rmerge(I) obs: 1.231 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
SHELXS位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化解像度: 2.8→49 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 143
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2672 5716 8.1 %
Rwork0.2274 64269 -
obs-69985 99.3 %
溶媒の処理Bsol: 38.1884 Å2
原子変位パラメータBiso max: 135.18 Å2 / Biso mean: 68.9391 Å2 / Biso min: 10.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.775 Å20 Å20 Å2
2--1.252 Å20 Å2
3---1.522 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13568 0 564 196 14328
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.161
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2271.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8452
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.1282
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.9172.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.90.41015420.38146127666995.8
2.9-3.020.36595520.33026385693799.9
3.02-3.150.36345490.29956418696799.9
3.15-3.320.31095450.268864126957100
3.32-3.530.30555810.255164186999100
3.53-3.80.35435810.33646305688698.3
3.8-4.180.26495560.2086426698299.5
4.18-4.790.20665760.159964937069100
4.79-6.030.2056100.172565357145100
6.03-490.22996240.18826750737499.8
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:carbohydrate.paramCNS_TOPPAR:carbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION6nag_xplor_par.txtnag_xplor_top.txt
X-RAY DIFFRACTION7fol_xplor_par2.txtfol_xplor_top2.txt

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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