PDB-4lra: Phosphopentomutase S154G variant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lra

タイトル

Phosphopentomutase S154G variant

要素

Phosphopentomutase

キーワード

ISOMERASE / alkaline phosphatase family

機能・相同性

機能・相同性情報

metabolic compound salvage / phosphopentomutase / phosphopentomutase activity / 2-deoxyribose 1-phosphate catabolic process / 5-phosphoribose 1-diphosphate biosynthetic process / nucleotide metabolic process / manganese ion binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Birmingham, W.A. / Starbird, C.A. / Panosian, T.D. / Nannemann, D.P. / Iverson, T.M. / Bachmann, B.O.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Bioretrosynthetic construction of a didanosine biosynthetic pathway.
著者: Birmingham, W.R. / Starbird, C.A. / Panosian, T.D. / Nannemann, D.P. / Iverson, T.M. / Bachmann, B.O.

履歴

登録	2013年7月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月26日	Group: Database references
改定 1.2	2014年4月9日	Group: Database references
改定 1.3	2014年4月30日	Group: Database references
改定 1.4	2019年7月17日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / struct_conn Item: _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.5	2023年9月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lra.cif.gz	483.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lra.ent.gz	396.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lra.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4lra_validation.pdf.gz	465.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lra_full_validation.pdf.gz	473.5 KB	表示
XML形式データ	4lra_validation.xml.gz	49.9 KB	表示
CIF形式データ	4lra_validation.cif.gz	72.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/4lra ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/4lra	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lr7C 4lr8C 4lr9C 4lrbC 4lrcC 4lrdC 4lreC 4lrfC 3m8wS 3m8z 3twz 3tx0 3un3 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3m8z-1 4lr7-1 3un5-5 4lrf-3 3un5-2 3uo0-1 4lr9-1 3ot9-3 3uny-4 3un2-1 3un2-2 4lrb-2 3uny-2 3m8w-1 3uny-1 3m8w-2 3twz-d 3m8y-3 3m8w-3 4lrb-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Phosphopentomutase

B: Phosphopentomutase

C: Phosphopentomutase

ヘテロ分子

140 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphopentomutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phosphopentomutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Phosphopentomutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.050, 76.699, 106.794
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.20, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Phosphopentomutase / Phosphodeoxyribomutase 分子量: 46450.348 Da / 分子数: 3 / 変異: S154G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: BC_4087, deoB / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q818Z9, phosphopentomutase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 743 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 17% PEG3350, 50 mM manganese chloride, 50 mM ammonium acetate, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 98816 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / R_sym value: 0.075 / Net I/σ(I): 29.4
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / R_sym value: 0.376 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
CNS		精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3M8W

3m8w

解像度: 2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 6.812 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21027	4523	4.9 %	RANDOM
R_work	0.17233	-	-	-
obs	0.17415	87648	97.41 %	-
all	-	96980	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.91 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.37 Å²	0 Å²	-0.12 Å²
2-	-	-1.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9190	0	21	743	9954

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	9398
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.173	1.985	12709
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.619	5	1181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.222	24.966	437
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.066	15	1648
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.531	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	1385
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	7158
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.516	1.52	4715
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.849	2.277	5899
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.728	1.603	4683
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.675	13.724	14935
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.239	296	-
R_work	0.205	6405	-
obs	-	-	96.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9563	-0.3192	-0.1279	1.582	0.4579	1.133	-0.0109	0.3072	-0.0325	-0.2568	0.0243	0.0698	-0.0172	-0.0287	-0.0135	0.094	-0.0076	-0.0148	0.0951	0.0034	0.0573	2.0806	5.7408	-14.3299
2	4.1062	0.1064	2.479	0.0922	-0.0813	3.1273	0.1758	-0.1171	0.0442	0.0191	-0.0634	-0.1295	0.1968	0.5116	-0.1125	0.1183	0.004	-0.0338	0.2243	-0.0424	0.2805	20.9824	18.4366	7.338
3	3.2425	-1.296	0.8602	4.975	-3.5941	5.7755	0.1429	-0.2706	-0.1544	-0.0362	0.08	0.2218	0.2432	0.0236	-0.2229	0.042	-0.0118	-0.0622	0.2069	-0.0581	0.1874	18.744	15.7175	16.3858
4	1.1008	-0.1268	-0.2944	1.6869	0.2768	1.0576	-0.0203	0.0029	0.0491	-0.0321	0.0162	0.1324	0.031	-0.0706	0.0041	0.0074	-0.0028	-0.0209	0.0425	0.0023	0.0683	-1.9565	9.0669	-2.8609
5	2.7202	-0.8778	2.7101	2.0577	-1.673	5.6024	-0.0859	0.0364	0.1389	-0.0953	-0.0141	0.2719	-0.1689	-0.2834	0.0999	0.0225	0.0084	-0.0228	0.0625	-0.0122	0.1969	-26.2434	-0.9466	47.4263
6	1.0805	0.7724	-0.3264	2.4694	-0.3583	1.4698	-0.059	0.1636	-0.0914	-0.1733	0.0849	0.3944	0.1382	-0.268	-0.0259	0.031	-0.0011	-0.0331	0.1417	-0.0071	0.22	-29.4763	-5.2017	46.3223
7	3.5727	-0.5109	-1.1676	1.1983	0.349	4.6996	-0.0064	0.1212	-0.0624	-0.0388	-0.0796	0.0206	0.385	0.1565	0.0859	0.1898	0.0289	0.0096	0.1075	0.02	0.0949	-1.0614	3.8895	28.7024
8	0.9713	0.1302	0.3199	1.6937	0.005	1.2933	0.0086	-0.0048	-0.0305	-0.0147	0.0217	0.1354	0.0128	-0.0668	-0.0303	0.0018	-0.0003	0.01	0.0532	-0.0009	0.1089	-19.949	-3.956	52.3905
9	1.2153	-0.6188	1.7231	2.3694	-2.7357	5.0228	0.2356	0.2708	0.1336	-0.4491	-0.7327	-0.5158	0.7981	1.6953	0.4971	0.1987	0.3261	0.1233	0.9529	0.1757	0.3029	26.1438	-7.6185	61.2377
10	7.6473	3.1958	-2.9288	2.8838	-1.6208	3.2243	0.1339	-0.9449	-0.1358	0.0718	-0.2783	-0.7675	-0.0576	0.9123	0.1444	0.1555	0.0117	0.0096	0.4673	-0.0448	0.3362	3.4757	-1.451	84.2839
11	3.9518	0.8717	-0.8411	4.1976	-0.2715	5.2639	-0.0924	-0.14	-0.1071	-0.0429	0.0648	-0.2206	0.044	0.3205	0.0276	0.0235	0.0542	0.011	0.1498	-0.0129	0.1406	-3.3098	-3.5738	77.9393
12	1.083	-0.4198	0.799	1.7558	-1.7369	6.6286	0.1669	0.1632	0.0724	-0.4875	-0.4166	-0.2052	0.847	1.2638	0.2497	0.224	0.2456	0.0784	0.4479	0.1071	0.1824	17.5355	-5.3012	55.4631

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 79
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	80 - 158
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	159 - 215
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	216 - 392
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2 - 31
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	32 - 100
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	101 - 216
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	217 - 392
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	3 - 98
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	99 - 140
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	141 - 215
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	216 - 392

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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