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- PDB-4lr9: Phosphopentomutase S154A variant soaked with 2,3-dideoxyribose 5-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lr9
タイトルPhosphopentomutase S154A variant soaked with 2,3-dideoxyribose 5-phosphate
要素Phosphopentomutase
キーワードISOMERASE / alkaline phosphatase family
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopentomutase / phosphopentomutase activity / cellular metabolic compound salvage / 5-phosphoribose 1-diphosphate biosynthetic process / deoxyribonucleotide catabolic process / manganese ion binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphopentomutase / Phosphopentomutase / Phosphopentomutase DeoB cap domain superfamily / Metalloenzyme / Metalloenzyme superfamily / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich ...Phosphopentomutase / Phosphopentomutase / Phosphopentomutase DeoB cap domain superfamily / Metalloenzyme / Metalloenzyme superfamily / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-dideoxy-5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / : / Phosphopentomutase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Birmingham, W.A. / Starbird, C.A. / Panosian, T.D. / Nannemann, D.P. / Iverson, T.M. / Bachmann, B.O.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Bioretrosynthetic construction of a didanosine biosynthetic pathway.
著者: Birmingham, W.R. / Starbird, C.A. / Panosian, T.D. / Nannemann, D.P. / Iverson, T.M. / Bachmann, B.O.
履歴
登録2013年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月26日Group: Database references
改定 1.22014年4月9日Group: Database references
改定 1.32014年4月30日Group: Database references
改定 1.42019年7月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / struct_conn
Item: _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphopentomutase
B: Phosphopentomutase
C: Phosphopentomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,32516
ポリマ－139,3933
非ポリマー93213
水12,448691
1
A: Phosphopentomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9196
ポリマ－46,4641
非ポリマー4555
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phosphopentomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7766
ポリマ－46,4641
非ポリマー3125
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Phosphopentomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6294
ポリマ－46,4641
非ポリマー1653
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.329, 76.615, 107.236
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Phosphopentomutase / Phosphodeoxyribomutase


分子量: 46464.375 Da / 分子数: 3 / 変異: S154A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: BC_4087, deoB / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q818Z9, phosphopentomutase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 糖 ChemComp-1X4 / 2,3-dideoxy-5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / 2,3-dideoxyribose-5-phosphate / 2,3-dideoxy-5-O-phosphono-alpha-D-ribose / 2,3-dideoxy-5-O-phosphono-D-ribose / 2,3-dideoxy-5-O-phosphono-ribose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 198.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11O6P
識別子タイププログラム
a-D-2,3-deoxy-Ribf5PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 691 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 17% PEG3350, 50 mM manganese chloride, 50 mM ammonium acetate, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 81866 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): -3 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.37 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3M8W

3m8w


解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 7.928 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21267 4042 4.9 %RANDOM
Rwork0.1692 ---
obs0.17126 77794 98.85 %-
all-78597 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.648 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.08 Å20 Å2-0.37 Å2
2---1.19 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9193 0 34 691 9918
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0199363
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.21.98812665
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.62651173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.58425.023434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.199151630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1211546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21387
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217120
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4461.2964692
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7551.9415862
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7071.3844671
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 276 -
Rwork0.224 5361 -
obs--93.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7071-0.4724-0.42211.71120.61231.2011-0.01870.2836-0.0103-0.2393-0.00460.102-0.0166-0.00550.02320.09730.0009-0.00180.05880.01690.04741.92155.6663-14.3491
23.3234-0.23431.96140.2365-0.3722.04150.1066-0.0078-0.0348-0.0103-0.0757-0.1530.09960.3926-0.0310.14210.0107-0.00080.1857-0.03240.160221.136718.2047.0375
33.5359-1.40381.46116.4424-3.34055.26060.1289-0.2483-0.0945-0.0534-0.04770.14120.1551-0.126-0.08120.0485-0.015-0.02480.1541-0.04480.080619.042815.619516.35
41.0663-0.2598-0.40731.65590.15290.8785-0.0223-0.01790.031-0.01580.02270.13240.0321-0.043-0.00040.0615-0.004-0.01750.00470.0040.0317-2.07658.9253-2.8546
54.0056-1.18494.97862.2004-2.23028.8793-0.18620.0260.1544-0.0041-0.00860.1755-0.4177-0.23370.19480.03060.0226-0.0110.03-0.00760.1286-26.9469-0.777647.232
60.92840.6353-0.10322.67630.20581.6981-0.04510.1343-0.087-0.06270.10230.21520.1096-0.2131-0.05720.03360.0005-0.03780.0880.01940.1646-30.2188-4.989846.0997
74.8876-1.5512-0.14763.02450.94623.38170.05810.31990.13340.0561-0.1030.11760.1022-0.00650.04490.1003-0.0270.00170.0980.02340.0747-1.33094.258429.1818
81.02610.11150.41881.49370.01981.4479-0.0263-0.0173-0.00060.02310.03150.0696-0.0032-0.0186-0.00510.0226-0.00030.010.0014-0.00310.0817-20.7384-3.796652.3487
91.02-0.16981.29561.6979-1.78394.61080.08010.19290.0161-0.1195-0.3201-0.23830.4561.28350.240.08770.14850.00180.53390.05760.143325.3375-7.813162.0766
105.34991.4843-1.84674.1236-0.80982.31850.1226-0.7030.07090.0446-0.2162-0.5761-0.13950.71770.09360.1919-0.00520.00390.377-0.03080.12831.9745-1.397284.897
114.01521.0435-0.24225.71130.2585.2042-0.0788-0.0767-0.0617-0.13450.1749-0.2916-0.03190.3714-0.09620.06690.05270.02240.0963-0.02580.0768-4.3751-3.571178.2451
121.0272-0.52681.12241.4388-1.29144.79390.07890.13760.0122-0.1566-0.1471-0.02680.38030.7520.06820.07680.08090.00780.25160.02040.088416.8367-5.326456.2418
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 79
2X-RAY DIFFRACTION2A80 - 158
3X-RAY DIFFRACTION3A159 - 215
4X-RAY DIFFRACTION4A216 - 392
5X-RAY DIFFRACTION5B2 - 31
6X-RAY DIFFRACTION6B32 - 100
7X-RAY DIFFRACTION7B101 - 216
8X-RAY DIFFRACTION8B217 - 392
9X-RAY DIFFRACTION9C3 - 98
10X-RAY DIFFRACTION10C99 - 140
11X-RAY DIFFRACTION11C141 - 215
12X-RAY DIFFRACTION12C216 - 392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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