PDB-4lr7: Phosphopentomutase S154A variant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lr7

タイトル

Phosphopentomutase S154A variant

要素

Phosphopentomutase

キーワード

ISOMERASE / alkaline phosphatase family

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphopentomutase / phosphopentomutase activity / cellular metabolic compound salvage / 2-deoxyribose 1-phosphate catabolic process / 5-phosphoribose 1-diphosphate biosynthetic process / nucleotide metabolic process / manganese ion binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Birmingham, W.A. / Starbird, C.A. / Panosian, T.D. / Nannemann, D.P. / Iverson, T.M. / Bachmann, B.O.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Bioretrosynthetic construction of a didanosine biosynthetic pathway.
著者: Birmingham, W.R. / Starbird, C.A. / Panosian, T.D. / Nannemann, D.P. / Iverson, T.M. / Bachmann, B.O.

履歴

登録	2013年7月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月26日	Group: Database references
改定 1.2	2014年4月9日	Group: Database references
改定 1.3	2014年4月30日	Group: Database references
改定 1.4	2019年7月17日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / struct_conn Item: _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.5	2023年9月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lr7.cif.gz	481.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lr7.ent.gz	394.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lr7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4lr7_validation.pdf.gz	466.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lr7_full_validation.pdf.gz	480.5 KB	表示
XML形式データ	4lr7_validation.xml.gz	50.3 KB	表示
CIF形式データ	4lr7_validation.cif.gz	72.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/4lr7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/4lr7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lr8C 4lr9C 4lraC 4lrbC 4lrcC 4lrdC 4lreC 4lrfC 3m8wS 3m8z 3twz 3tx0 3un3 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4lra-1 3un2-2 3m8z-1 3m8y-1 4lra-2 3un5-5 3un5-2 3m8y-3 3ot9-3 4lr9-1 3m8w-3 4lrc-2 3uny-6 4lrb-2 3m8y-2 4lrf-3 3m8w-1 3un5-6 3uny-2 3uny-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Phosphopentomutase

B: Phosphopentomutase

C: Phosphopentomutase

ヘテロ分子

140 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphopentomutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phosphopentomutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Phosphopentomutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.245, 76.354, 108.099
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.96, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Phosphopentomutase / Phosphodeoxyribomutase 分子量: 46464.375 Da / 分子数: 3 / 変異: S154A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: BC_4087, deoB / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q818Z9, phosphopentomutase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 695 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 17% PEG3350, 50 mM manganese chloride, 50 mM ammonium acetate, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 81695 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / R_sym value: 0.094 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / R_sym value: 0.37 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
CNS		精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3M8W

3m8w

解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 7.298 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20626	4029	4.9 %	RANDOM
R_work	0.16484	-	-	-
obs	0.16682	77500	99.16 %	-
all	-	78053	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.056 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.05 Å²	0 Å²	-0.53 Å²
2-	-	-0.81 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9185	0	20	695	9900

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	9402
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.173	1.985	12722
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.64	5	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.764	25.046	438
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.28	15	1649
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.93	15	47
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	7171
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.381	1.172	4721
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.653	1.756	5910
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.589	1.239	4681
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	275	-
R_work	0.2	5358	-
obs	-	-	94.09 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2443	-0.2739	-0.3973	2.0885	0.7653	1.6389	-0.064	0.3075	-0.0155	-0.4434	0.0447	0.1987	-0.0412	0.011	0.0193	0.1334	-0.0084	-0.0278	0.0565	0.0167	0.0361	2.0283	5.7298	-14.3968
2	5.2714	0.3263	4.4279	0.1701	-0.0807	4.75	0.2749	0.2599	-0.2051	0.0036	-0.1484	-0.1057	0.2769	0.6873	-0.1265	0.1139	0.0121	0.0064	0.231	-0.0009	0.2132	21.0237	18.141	7.3213
3	2.6702	-1.1894	1.2339	6.4939	-3.9126	6.0103	0.1621	-0.2251	-0.1494	-0.0004	-0.0203	0.0996	0.2212	-0.1415	-0.1419	0.0296	-0.0259	-0.0219	0.142	-0.0382	0.0989	18.8158	15.4372	16.5918
4	0.9914	-0.1241	-0.2964	1.9713	0.3023	1.1498	-0.0246	0.0175	0.0561	-0.0298	0.0143	0.2136	0.0446	-0.0623	0.0102	0.0211	-0.0044	-0.0054	0.004	0.0033	0.0293	-2.0705	8.923	-2.9437
5	3.6525	-0.7765	3.8413	2.2143	-0.2471	5.498	-0.104	0.0705	0.1377	-0.1842	0.1018	0.2734	-0.099	-0.3418	0.0021	0.0454	-0.0445	-0.0195	0.1667	0.0868	0.1258	-27.3934	-0.7758	46.7825
6	1.9559	1.4633	-0.1682	3.5023	-0.1941	1.9495	-0.0873	0.1788	-0.0079	-0.125	0.1515	0.4482	0.0937	-0.2706	-0.0642	0.0161	-0.005	-0.0089	0.0845	0.0279	0.1109	-30.4561	-4.9204	46.5088
7	4.8595	-1.5441	-1.1291	2.2736	1.1848	3.1795	0.1029	0.3652	-0.0026	0.0019	-0.0744	0.0601	0.1431	-0.0943	-0.0285	0.1092	-0.0148	0.0008	0.1016	0.0335	0.0437	-1.4318	4.1501	29.5669
8	1.2985	0.3781	0.5879	2.0892	0.151	1.4705	-0.0361	0.0148	-0.0175	-0.0136	0.0782	0.0978	-0.0104	-0.0507	-0.0421	0.0167	-0.0003	0.0261	0.0056	0.006	0.0493	-20.9845	-3.8438	52.7775
9	1.4954	-0.5526	1.0026	2.1474	-1.2555	3.6026	0.0704	0.0724	-0.0016	-0.0113	-0.1602	-0.2646	0.2877	0.7297	0.0897	0.0501	0.076	-0.0047	0.3176	0.0306	0.1281	24.977	-7.5487	62.481
10	7.278	1.9103	-2.4432	3.287	-1.9368	3.7455	0.1541	-1.0423	0.012	0.1965	-0.291	-0.6174	-0.08	1.1298	0.1368	0.1957	0.0115	-0.0005	0.5635	-0.0528	0.1557	1.4226	-0.9842	85.2686
11	4.8195	1.1943	-0.8625	5.1416	-1.0255	6.0834	0.0043	-0.3627	-0.0464	-0.0333	-0.0399	-0.1352	0.1407	0.5006	0.0356	0.0699	0.0753	0.0134	0.1648	-0.0271	0.0519	-4.9046	-3.4414	78.7676
12	1.5411	-0.8363	1.035	2.098	-1.2931	3.6109	0.1091	0.0919	-0.0072	-0.2202	-0.0373	0.0411	0.2571	0.4214	-0.0719	0.0582	0.0487	0.0006	0.167	0.0023	0.0915	16.5537	-5.2592	56.4804

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 79
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	80 - 158
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	159 - 215
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	216 - 392
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	3 - 31
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	32 - 100
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	101 - 216
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	217 - 392
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	3 - 98
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	99 - 140
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	141 - 215
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	216 - 392

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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