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- PDB-4lqe: Crystal Structure of MepB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lqe
タイトルCrystal Structure of MepB
要素MepB
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Endonuclease
機能・相同性MepB-like / MepB-like / MepB-like superfamily / MepB-like / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Faham, S. / Agah, S.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2014
タイトル: Structural characterization of MepB from Staphylococcus aureus reveals homology to endonucleases.
著者: Agah, S. / Poulos, S. / Banchs, C. / Faham, S.
履歴
登録2013年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月7日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MepB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3552
ポリマ－19,2591
非ポリマー961
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: MepB
ヘテロ分子

A: MepB
ヘテロ分子

A: MepB
ヘテロ分子

A: MepB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4208
ポリマ－77,0364
非ポリマー3844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area10090 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area29380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.645, 91.139, 100.004
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 MepB


分子量: 19258.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: MepB, SAV0335 / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99WP1, UniProt: A0A0H3JPI4*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.43 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 100 mM Bis-tris, pH 5.0, 2.3 M NH4SO4, 1% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 108 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 12092 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 24.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.253 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 969 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CRANK位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→23.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27938 595 4.9 %RANDOM
Rwork0.23587 ---
obs0.23804 11449 98.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.861 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.64 Å20 Å20 Å2
2--5.77 Å20 Å2
3----1.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→23.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1217 0 5 74 1296
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221258
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3361.9521705
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2355150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.9252562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.89215210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.596153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2181
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021957
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6581.5746
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.22121198
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8753512
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6484.5506
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 45 -
Rwork0.345 799 -
obs--95.05 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.719 Å / Origin y: 13.763 Å / Origin z: 66.023 Å
111213212223313233
T0.1025 Å20.0014 Å20.0016 Å2-0.0522 Å2-0.0119 Å2--0.1043 Å2
L4.4019 °2-0.5987 °2-0.0777 °2-1.4699 °20.1303 °2--2.5017 °2
S0.0237 Å °-0.2141 Å °-0.1115 Å °0.0381 Å °0.0154 Å °0.0217 Å °-0.0301 Å °-0.2997 Å °-0.0391 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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