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- PDB-4lpv: Crystal structure of TENCON variant P41BR3-42 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lpv
タイトルCrystal structure of TENCON variant P41BR3-42
要素TENCON variant P41BR3-42
キーワードDE NOVO PROTEIN / fibronectin type III fold / alternate scaffold
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種artificial gene (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Luo, J. / Gilliland, G.L.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: C-terminal beta-strand swapping in a consensus-derived fibronectin Type III scaffold.
著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T.J. / Luo, J. / Jacobs, S.A. / Chan, W. / Domingo, D. / Baker, A. / O'Neil, K.T. / Gilliland, G.L.
履歴
登録2013年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月25日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TENCON variant P41BR3-42
B: TENCON variant P41BR3-42
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0213
ポリマ－21,8992
非ポリマー1221
水6,557364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area10890 Å2
手法PISA
2
A: TENCON variant P41BR3-42
B: TENCON variant P41BR3-42
ヘテロ分子

A: TENCON variant P41BR3-42
B: TENCON variant P41BR3-42
ヘテロ分子

A: TENCON variant P41BR3-42
B: TENCON variant P41BR3-42
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,0629
ポリマ－65,6966
非ポリマー3663
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area20810 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area24720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.460, 106.460, 115.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1001-

TRS

21A-1001-

TRS

31A-1227-

HOH

41B-237-

HOH

51B-238-

HOH

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要素

#1: タンパク質 TENCON variant P41BR3-42


分子量: 10949.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) artificial gene (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5, 1.35 M ammonium sulfate, 5% PEG400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月9日 / 詳細: VARIMAX HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→49 Å / Num. all: 42629 / Num. obs: 42629 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.043
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.369 / % possible all: 62.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_896)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3TES

3tes


解像度: 1.8→31.1 Å / σ(F): 2 / 位相誤差: 21.16 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1919 2037 4.8 %RANDOM
Rwork0.1637 ---
obs0.1638 42629 94.8 %-
all-42629 --
溶媒の処理減衰半径: 0.47 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.965 Å2 / ksol: 0.427 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8283 Å20 Å2-0 Å2
2--1.8283 Å2-0 Å2
3----3.6567 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→31.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1439 0 8 364 1811
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071487
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1782031
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.058523
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075237
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006257
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.84970.2858940.26731958X-RAY DIFFRACTION61
1.8497-1.89970.28751100.25772417X-RAY DIFFRACTION75
1.8997-1.95560.26761380.23372769X-RAY DIFFRACTION86
1.9556-2.01870.23911450.2252974X-RAY DIFFRACTION93
2.0187-2.09090.22231460.20983046X-RAY DIFFRACTION95
2.0909-2.17460.21261490.19313045X-RAY DIFFRACTION95
2.1746-2.27350.22021490.19443057X-RAY DIFFRACTION95
2.2735-2.39330.21121500.1813056X-RAY DIFFRACTION95
2.3933-2.54320.20891490.18343038X-RAY DIFFRACTION95
2.5432-2.73950.17681480.16313070X-RAY DIFFRACTION95
2.7395-3.01490.20881490.15113034X-RAY DIFFRACTION95
3.0149-3.45070.17551540.13763069X-RAY DIFFRACTION95
3.4507-4.34570.1541520.11513033X-RAY DIFFRACTION95
4.3457-31.170.16121550.14993052X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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