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- PDB-4lpm: Frog M-ferritin with magnesium, D127E mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lpm
タイトルFrog M-ferritin with magnesium, D127E mutant
要素Ferritin, middle subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain ...Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferritin, middle subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Rana catesbeiana (カエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Torres, R. / Behera, R. / Goulding, C.W. / Theil, E.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: D127E ion channel exit modification in ferritin nanocages entraps Fe(II) and impairs its distribution to diiron catalytic centers
著者: Behera, R. / Torres, R. / Takehiko, T. / Bradley, J. / Goulding, C.W. / Theil, E.C.
履歴
登録2013年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin, middle subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,89918
ポリマ－20,4191
非ポリマー48017
水5,495305
1
A: Ferritin, middle subunit
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)501,576432
ポリマ－490,05424
非ポリマー11,522408
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation13_555y,x,-z1
crystal symmetry operation14_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
crystal symmetry operation17_555x,z,-y1
crystal symmetry operation18_555-x,z,y1
crystal symmetry operation19_555-x,-z,-y1
crystal symmetry operation20_555x,-z,y1
crystal symmetry operation21_555z,y,-x1
crystal symmetry operation22_555z,-y,x1
crystal symmetry operation23_555-z,y,x1
crystal symmetry operation24_555-z,-y,-x1
Buried area94390 Å2
ΔGint-292 kcal/mol
Surface area138350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)183.913, 183.913, 183.913
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

CL

21A-202-

MG

31A-203-

CL

41A-209-

MG

51A-210-

MG

61A-213-

MG

71A-214-

CL

81A-305-

HOH

91A-332-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ferritin, middle subunit / Ferritin M / Ferritin H' / Ferritin X


分子量: 20418.934 Da / 分子数: 1 / 変異: D127E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rana catesbeiana (カエル) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07798, ferroxidase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.21 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 2M MgCl2, 0.1M Bicine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月21日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 20.8 % / Av σ(I) over netI: 51.77 / 数: 678016 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.33 / D res high: 1.65 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 32597 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.555010010.0361.59519.8
2.823.5510010.0672.43620.5
2.462.8210010.0972.51321.1
2.242.4610010.1041.87621.1
2.082.2410010.1061.20121
1.962.0810010.1360.94221
1.861.9610010.1860.82220.9
1.781.8610010.2270.66220.9
1.711.7810010.3010.61720.9
1.651.7110010.3760.58620.9
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 32597 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.8 % / Biso Wilson estimate: 13.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.333 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.65-1.7120.90.37631770.5861100
1.71-1.7820.90.30131950.6171100
1.78-1.8620.90.22732200.6621100
1.86-1.9620.90.18631870.8221100
1.96-2.08210.13632020.9421100
2.08-2.24210.10632221.2011100
2.24-2.4621.10.10432611.8761100
2.46-2.8221.10.09732732.5131100
2.82-3.5520.50.06733112.4361100
3.55-5019.80.03635491.5951100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.65→45.978 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.22 / FOM work R set: 0.919 / SU ML: 0.13 / σ(F): 0 / 位相誤差: 13.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1637 1968 6.12 %
Rwork0.1258 30177 -
obs0.128 32145 98.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 62.99 Å2 / Biso mean: 16.7968 Å2 / Biso min: 2.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→45.978 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1434 0 17 305 1756
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091571
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1792128
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061217
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005288
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.86607
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6503-1.69150.18251360.11342061219796
1.6915-1.73730.17871310.10312067219896
1.7373-1.78840.16181360.10082074221097
1.7884-1.84610.16511370.09732080221798
1.8461-1.91210.16441400.09972122226298
1.9121-1.98870.14351370.10022101223898
1.9887-2.07920.1421370.10212123226099
2.0792-2.18880.14351390.09972144228399
2.1888-2.32590.14731410.101621642305100
2.3259-2.50550.14891400.11521772317100
2.5055-2.75760.18341440.124921872331100
2.7576-3.15650.15571450.133722182363100
3.1565-3.97660.14441470.133822412388100
3.9766-45.99610.20771580.177124182576100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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