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- PDB-4lox: Crystal structure of the I-SmaMI LAGLIDADG homing endonuclease bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lox
タイトルCrystal structure of the I-SmaMI LAGLIDADG homing endonuclease bound to cleaved DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*TP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*CP*C)-3')
  • LAGLIDADG homing endonuclease I-SmaMI
キーワードHYDROLASE/DNA / LHE / homing endonuclease / protein-DNA complex / endonuclease / DNA binding / Mitochrodrial / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / LAGLIDADG endonuclease / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Homing endonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Homing endonuclease LAGLIDADG domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sordaria macrospora (菌類)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Chik, J. / Shen, B. / Stoddard, B.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a LAGLIDADG endonuclease from the Sordaria Macrospore.
著者: Chik, J. / Shen, B. / Stoddard, B.
履歴
登録2013年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LAGLIDADG homing endonuclease I-SmaMI
B: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*TP*AP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*TP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*T)-3')
E: DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4407
ポリマ－49,3925
非ポリマー492
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9170 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area18190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.284, 67.429, 98.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 LAGLIDADG homing endonuclease I-SmaMI


分子量: 34124.738 Da / 分子数: 1 / 断片: LHE homing endnuclease, UNP residues 114-415 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sordaria macrospora (菌類) / 株: ATCC MYA-333 / DSM 997 / K(L3346) / K-hell
遺伝子: Cytochrome c oxidase subunit 1, mitochondrial Introne encoded, SMAC_12671
プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3), IRL+ / 参照: UniProt: F7WD42

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DNA鎖 , 4種, 4分子 BCDE

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*TP*AP*A)-3')


分子量: 4248.794 Da / 分子数: 1 / 断片: product of LHE cleavage / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*TP*AP*CP*C)-3')


分子量: 3398.235 Da / 分子数: 1 / 断片: product of LHE cleavage / 由来タイプ: 合成
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*TP*AP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*T)-3')


分子量: 4534.958 Da / 分子数: 1 / 断片: product of LHE cleavage / 由来タイプ: 合成
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*GP*TP*GP*TP*AP*CP*G)-3')


分子量: 3085.028 Da / 分子数: 1 / 断片: product of LHE cleavage / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 2種, 118分子

#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG550 MME, 50mM magnesium chloride, 0.1M TrisHCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 170 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→30 Å / Num. all: 26452 / Num. obs: 29068 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2.92 / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 13.52
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rsym valueDiffraction-ID% possible all
1.98-2.061.80.3155.3
2.06-2.142.10.223171.1
2.14-2.242.50.176189
2.24-2.363.10.1511100
2.36-2.513.10.121100
2.51-2.73.10.0941100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASERMR位相決定
REFMAC5.7.0025精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: PDB ENTRY 3QQY

3qqy


解像度: 1.98→29.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 11.836 / SU ML: 0.15 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27697 1334 5.1 %RANDOM
Rwork0.18606 ---
obs0.19059 25028 91.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.069 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.56 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.57 Å20 Å2
3----2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→29.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2391 1021 2 116 3530
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0173592
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6911.6975052
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4895301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.23124.3100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.95915465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.06159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2511
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.34333592
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free24.822535
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.72953500
LS精密化 シェル解像度: 1.981→2.033 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 68 -
Rwork0.223 981 -
obs--49.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.61190.4005-0.23372.4008-1.48011.75170.0001-0.0379-0.0185-0.0422-0.0165-0.01720.11220.08780.01640.01610.02550.00440.203-0.02010.1948-6.1131.529-0.835
21.7533-0.16351.0796.4343-3.49165.89530.08980.0664-0.3026-0.2558-0.2133-0.40580.38710.60770.12350.1096-0.02930.03720.30530.02770.25045.40312.403-17.837
32.8531-0.1107-1.44925.8122-4.554611.01140.1481-0.5088-0.04510.508-0.05350.01090.30050.5248-0.09460.2552-0.0143-0.02640.29720.02220.31422.478-11.74617.857
40.7771-0.14550.87484.0552-4.8358.65250.1561-0.13810.04670.1498-0.2554-0.07360.02541.05690.09930.21340.04850.01210.42150.02560.29293.112-9.84913.015
59.32264.9309-3.2457.3005-7.136412.0874-0.04810.0610.014-0.3632-0.9264-0.5922-0.60562.00270.97450.33-0.08250.03040.40950.15610.34224.81514.839-21.457
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 302
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 14
3X-RAY DIFFRACTION3C15 - 25
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 15
5X-RAY DIFFRACTION5E16 - 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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