PDB-4loe: Human p53 Core Domain Mutant N239Y

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4loe

タイトル

Human p53 Core Domain Mutant N239Y

要素

Cellular tumor antigen p53

キーワード

APOPTOSIS / Beta Sandwich / Tumor Suppressor / DNA Binding / Nuclear

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of helicase activity / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity ...negative regulation of helicase activity / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / regulation of cell cycle G2/M phase transition / regulation of fibroblast apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / positive regulation of thymocyte apoptotic process / oxidative stress-induced premature senescence / regulation of tissue remodeling / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / mRNA transcription / positive regulation of programmed necrotic cell death / bone marrow development / circadian behavior / T cell proliferation involved in immune response / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / germ cell nucleus / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone deacetylase regulator activity / negative regulation of glial cell proliferation / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / negative regulation of neuroblast proliferation / mitochondrial DNA repair / T cell lineage commitment / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / ER overload response / thymocyte apoptotic process / B cell lineage commitment / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / negative regulation of mitophagy / cardiac septum morphogenesis / negative regulation of DNA replication / entrainment of circadian clock by photoperiod / PI5P Regulates TP53 Acetylation / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / Zygotic genome activation (ZGA) / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / necroptotic process / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / TFIID-class transcription factor complex binding / SUMOylation of transcription factors / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / rRNA transcription / Transcriptional Regulation by VENTX / replicative senescence / general transcription initiation factor binding / cellular response to UV-C / cellular response to actinomycin D / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of execution phase of apoptosis / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / neuroblast proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / response to X-ray / hematopoietic stem cell differentiation / Pyroptosis / viral process / embryonic organ development / chromosome organization / type II interferon-mediated signaling pathway / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / somitogenesis / hematopoietic progenitor cell differentiation / glial cell proliferation / negative regulation of fibroblast proliferation / core promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / negative regulation of stem cell proliferation / cellular response to glucose starvation / mitophagy / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / gastrulation / response to salt stress / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / 14-3-3 protein binding / negative regulation of proteolysis / MDM2/MDM4 family protein binding / cardiac muscle cell apoptotic process / transcription repressor complex / cellular response to ionizing radiation
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Wallentine, B.D. / Wang, Y. / Luecke, H.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structures of oncogenic, suppressor and rescued p53 core-domain variants: mechanisms of mutant p53 rescue.
著者: Wallentine, B.D. / Wang, Y. / Tretyachenko-Ladokhina, V. / Tan, M. / Senear, D.F. / Luecke, H.

履歴

登録	2013年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2013年7月31日	ID: 2QXC
改定 1.0	2013年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月2日	Group: Database references
改定 1.2	2014年1月15日	Group: Database references
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb4loe.ent.gz	273.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	4loe_full_validation.pdf.gz	443.9 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/4loe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/4loe	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4kvpC 4lo9C 4lofC 2ocjS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6ff9-1 7dhz-1 6ff9-2 5aoi-2 4agp-2 4agq-2 4agn-2 4lo9-3 5o1g-2 5o1f-2 4lo9-2 5o1e-1 5o1c-2 4ago-2 4lo9-4 2j1y-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (36)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
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#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (35)
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MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (35)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (35)
#32 - 2002年8月
シャペロン (Chaperones)
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#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (2)
#236 - 2019年8月
サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase)
類似性 (2)
#224 - 2018年8月
レグマイン (Legumain)
類似性 (2)
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シミアンウイルス40 (Simian Virus 40)
類似性 (1)
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スライディングクランプ (Sliding Clamps)
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低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
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登録構造単位

A: Cellular tumor antigen p53

B: Cellular tumor antigen p53

C: Cellular tumor antigen p53

D: Cellular tumor antigen p53

ヘテロ分子

98.8 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Cellular tumor antigen p53

ヘテロ分子

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B: Cellular tumor antigen p53

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3

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4

D: Cellular tumor antigen p53

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単位格子

Length a, b, c (Å)	68.877, 71.103, 84.302
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.14, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Cellular tumor antigen p53 / Antigen NY-CO-13 / Phosphoprotein p53 / Tumor suppressor p53 分子量: 24635.949 Da / 分子数: 4 / 断片: p53 Core Domain (UNP residues 94-312) / 変異: N239Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: P53, TP53 / プラスミド: Pse420 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04637
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 534 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.28 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 2 microliter protein solution (around 5.0-7.0 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.6, 150 mM NaCl, 10 mM DTT) were mixed with 2 microliter reservoir buffer(200 mM lithium acetate, 20% (w/v) PEG ...詳細: 2 microliter protein solution (around 5.0-7.0 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.6, 150 mM NaCl, 10 mM DTT) were mixed with 2 microliter reservoir buffer(200 mM lithium acetate, 20% (w/v) PEG 3350), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

結晶

マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.28 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 2 microliter protein solution (around 5.0-7.0 mg/ml protein in 20 mM Tris pH 7.6, 150 mM NaCl, 10 mM DTT) were mixed with 2 microliter reservoir buffer(200 mM lithium acetate, 20% (w/v) PEG ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5 / 波長: 1.5418 Å
検出器	検出器: CCD / 日付: 2006年6月6日詳細: Double-crystal monochromator, 1m long Rh coated bent cylindrical mirror for horizontal and vertical focussing
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, PARALLEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→42.7 Å / Num. obs: 68919 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.57 % / R_sym value: 0.084 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 1.85→1.92 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
CNS		精密化
Blu-Ice		データ収集
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2OCJ

2ocj

解像度: 1.85→29.111 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2443	1986	2.88 %	Random
R_work	0.1861	-	-	-
obs	0.1877	68855	98.31 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.111 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6108	0	4	534	6646

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6290
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.057	8543
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.818	2403
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	927
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1131

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.8923	0.3986	125	0.3523	4336	X-RAY DIFFRACTION	90
1.8923-1.9435	0.3339	141	0.3054	4770	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9435-2.0007	0.3617	142	0.2849	4726	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0007-2.0652	0.342	145	0.2638	4769	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0652-2.139	0.277	137	0.2442	4766	X-RAY DIFFRACTION	99
2.139-2.2246	0.3014	144	0.2268	4803	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2246-2.3258	0.2767	145	0.2102	4780	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3258-2.4484	0.2623	142	0.2032	4813	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4484-2.6017	0.2479	142	0.2029	4820	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6017-2.8024	0.2878	148	0.1994	4805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8024-3.0842	0.2591	150	0.1891	4862	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0842-3.5298	0.2362	140	0.1674	4867	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5298-4.4446	0.1875	141	0.1318	4858	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4446-29.1148	0.1587	144	0.1255	4894	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5584	0.1162	-2.8072	3.2927	2.9927	7.7993	0.0136	-1.0187	-0.7728	0.2589	0.0386	-0.0309	0.4045	-0.1579	-0.021	0.3161	-0.0053	-0.0026	0.5998	0.2473	0.4737	0.9995	-9.1271	43.3937
2	7.1417	-0.0563	1.1925	3.9598	1.2458	1.2227	-0.1313	-0.0709	0.2539	0.0146	0.0939	0.2543	-0.0468	-0.2016	0.0652	0.2051	0.006	-0.0172	0.2893	-0.0032	0.2145	-7.4233	3.3024	28.3072
3	4.9854	-0.5883	0.7779	1.6321	-0.3054	4.2538	-0.0525	-0.8881	-0.3553	0.2724	0.0666	0.1751	0.1971	-0.3252	0.1073	0.2004	0.0067	0.0016	0.3825	0.0754	0.2655	2.3877	-2.4295	38.0513
4	7.2617	1.3759	2.1218	7.862	-1.955	7.1011	0.0656	0.9494	-0.5665	-0.3873	-0.2431	-0.1013	0.0957	1.0576	0.0623	0.2339	0.0831	0.03	0.542	-0.0368	0.3129	11.4253	-5.1281	21.3914
5	4.4818	3.1628	1.4466	7.2338	0.9635	1.9883	-0.2518	1.6324	0.6999	-0.8255	0.4186	-0.2979	-0.3918	1.3161	-0.1392	0.3398	-0.0752	-0.0126	0.7318	0.0425	0.394	14.8675	5.0441	23.731
6	4.0697	-2.8457	-0.4695	9.7301	2.6645	5.2763	-0.2537	-0.4976	-0.1063	0.2912	0.368	-0.3858	-0.0327	0.3204	-0.0981	0.1916	-0.0081	-0.0066	0.4251	0.019	0.3351	14.0009	0.5049	34.1695
7	6.2428	0.2835	-0.7601	1.5916	-1.0311	0.767	0.3315	-0.4576	0.6801	-0.1661	-0.473	0.4484	-1.0289	-0.9402	0.0969	0.3684	0.1778	-0.0403	0.728	-0.1088	0.3759	2.8313	7.2417	43.2915
8	5.7373	-0.9825	0.7586	2.2814	-0.7259	3.0894	-0.0279	-0.0481	-0.4196	-0.098	0.0412	0.0662	0.2423	0.1683	-0.0258	0.1627	0.0025	-0.0003	0.2785	0.0052	0.2698	2.8802	-2.375	30.146
9	6.1953	4.2326	-5.9161	4.2847	-6.5176	2.0963	-0.715	1.3011	-0.8916	-0.9679	0.5446	-0.1318	0.6809	-0.6643	0.1891	0.3704	-0.0546	-0.0086	0.6128	-0.1581	0.3387	-13.8565	-2.3265	20.5644
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12	7.1906	0.0177	1.6337	3.2387	1.5115	1.6665	0.244	-0.9769	0.097	0.4127	0.0113	-0.2743	0.2391	0.1655	-0.1871	0.2347	-0.0262	-0.0427	0.3073	-0.0002	0.2649	34.7159	37.8678	63.6652
13	3.4447	-0.1815	1.0793	2.3541	0.8729	0.6892	-0.0275	0.3022	1.9122	-0.4776	-0.1785	-0.0996	-0.2008	0.2658	-0.0642	0.2862	0.001	0.0248	0.1696	0.3519	0.708	28.8486	51.1719	49.7788
14	3.5217	-2.0074	-1.27	9.546	5.2187	2.9072	0.2491	1.5263	1.0372	-0.0134	-0.5161	-0.249	-0.167	-0.3625	0.2382	0.3645	0.0276	-0.0233	0.7904	0.2772	0.4549	22.8847	47.4484	40.2589
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18	7.715	-1.8789	0.8785	1.9552	1.5653	2.2495	-0.2477	2.1682	1.2269	-0.5918	0.4524	-0.1089	-0.8307	0.5505	-0.224	0.4529	-0.0704	0.0096	1.134	0.2663	0.5573	48.2502	44.5087	39.2669
19	4.696	0.1314	-0.9065	2.1268	1.542	3.9604	-0.1497	-1.795	-0.4042	0.5685	0.3696	-0.0984	0.9302	-1.1579	0.1692	0.4331	-0.1043	0.0619	1.2272	0.1088	0.3354	4.4325	-4.7811	88.6274
20	2.3613	-0.7552	0.8799	2.6947	-0.398	1.0661	0.0548	-0.1898	0.3088	-0.0259	-0.0146	0.1174	-0.0014	0.3067	0.0442	0.2163	0.0274	-0.0011	0.4927	-0.0026	0.314	-4.4842	2.173	70.5505
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22	6.0389	-0.7648	1.7981	5.4793	2.6748	3.785	0.0886	1.4244	-0.1904	-1.2504	-0.164	-1.0598	-0.3255	0.4275	0	0.3824	0.0828	0.1276	0.6901	0.0109	0.41	15.9809	-2.9496	65.7016
23	5.2328	-0.7693	0.2987	7.7551	0.4163	3.4084	0.2454	0.0453	0.1544	-0.0629	-0.3467	-0.6237	0.0065	0.1055	0.1087	0.1711	-0.0024	0.0213	0.347	0.0688	0.251	17.1594	1.3431	76.2571
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25	7.0658	0.1396	2.0342	2.9416	-0.8373	2.7453	0.2386	0.6648	-0.2036	-0.6488	-0.2104	-0.1733	0.0681	0.0916	-0.0452	0.2558	0.0385	0.0076	0.4745	-0.0011	0.2337	6.4036	-3.3153	66.9845
26	6.3858	0.5604	2.2103	1.6831	0.6432	2.5588	0.1593	-0.8904	-0.2209	0.1657	-0.1409	0.067	0.0527	-0.6694	0.0809	0.2175	0.0149	0.0385	0.5531	0.024	0.2729	5.6018	-2.2879	80.004
27	2.0633	1.5982	-0.1597	5.4015	-0.5808	7.5909	-0.0797	1.4348	-0.9866	0.0222	0.1082	-0.1483	0.5554	-0.6108	-0.0807	0.3624	0.0358	-0.042	0.6207	-0.1568	0.4804	-11.0285	-5.747	65.3619
28	6.5109	-3.2468	2.298	2.3383	-3.5996	9.7841	-0.2517	-1.0279	0.4715	0.618	0.2321	-0.3756	-0.8743	0.0647	-0.0583	0.3628	-0.0276	0.0008	0.4518	-0.0602	0.2599	29.7128	48.186	22.9375
29	9.1161	-1.6186	-2.9513	6.9026	3.1407	3.175	-0.2506	0.4068	-0.5121	0.011	0.1784	-0.2152	0.3704	0.4051	0.0047	0.2179	-0.0066	-0.0296	0.2913	0.0182	0.3687	41.0173	37.7077	6.3134
30	5.2782	0.3325	-0.7222	1.6862	0.2131	3.6964	0.0033	-0.2093	-0.1436	0.0236	-0.0457	-0.1479	0.0035	0.1722	0.0747	0.1763	-0.007	-0.0226	0.168	-0.0018	0.2137	31.8426	42.9639	11.5346
31	3.6524	0.4963	-1.499	2.815	4.5311	8.9551	-0.0844	0.7682	0.3453	-0.5416	-0.1188	0.7363	-0.5171	-0.7685	0.0647	0.3642	0.0507	-0.0932	0.4626	0.1606	0.4234	20.0836	50.6159	0.422
32	6.0308	1.9972	0.0869	8.4439	0.2195	9.8894	-0.0053	1.5855	-0.2783	-1.4205	-0.1639	0.8702	0.4208	-0.9126	0.1226	0.4133	-0.0211	-0.1232	0.6347	-0.0574	0.4466	16.5819	39.957	-0.2828
33	8.2827	-2.4842	-0.8992	2.0555	-1.0992	7.1835	-0.0995	0.1518	-0.1221	0.0486	-0.0073	0.3764	-0.0435	-0.3837	0.1056	0.1819	-0.0352	-0.0091	0.2195	0.0027	0.2058	17.1908	41.3809	11.0237
34	6.8316	-2.9455	1.2548	4.5053	-1.2297	4.1271	-0.0239	-0.3175	-0.9503	0.0903	-0.0353	-0.1633	0.6573	0.0349	-0.035	0.3244	-0.0206	-0.0195	0.1807	0.0748	0.3968	28.1616	32.2534	17.3328
35	4.993	-0.0136	-0.2799	3.9937	-1.0118	5.6238	0.1401	0.5332	0.1623	-0.4266	-0.1817	0.1015	-0.176	0.023	0.0238	0.1885	-0.0028	0.0189	0.2502	0.0236	0.2048	28.0074	45.6989	1.3705
36	4.5825	-0.2329	-0.7452	2.6515	-1.109	7.2304	-0.1186	-0.7434	0.0142	0.1641	-0.07	-0.0817	-0.0653	-0.377	0.1436	0.2524	0.0066	-0.0312	0.3702	-0.0345	0.2544	24.2096	43.8506	19.568
37	3.9361	-0.1563	-1.7478	2.2289	1.0281	8.6055	0.3692	-0.3998	0.1385	0.0047	0.2233	-0.2158	-0.3875	0.706	-0.5347	0.1966	-0.0255	-0.0082	0.1886	-0.0032	0.2674	32.6291	46.025	9.45
38	2.8409	1.1453	2.9324	5.3686	0.8802	3.0531	-0.2813	1.0356	1.0701	0.195	0.1856	0.5201	-1.1597	0.9288	0.0878	0.4536	-0.0755	0.0644	0.4648	0.1546	0.5301	45.2246	48.3956	-0.1393

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 96:109)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 110:140)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 141:168)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 169:180)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 181:194)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 195:213)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESID 214:229)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESID 230:277)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND (RESID 278:289)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESID 96:109)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESID 110:140)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESID 141:155)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESID 156:168)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESID 169:180)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN B AND (RESID 181:213)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN B AND (RESID 214:250)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN B AND (RESID 251:277)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN B AND (RESID 278:289)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN C AND (RESID 96:109)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN C AND (RESID 110:140)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN C AND (RESID 141:168)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN C AND (RESID 169:194)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN C AND (RESID 195:213)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN C AND (RESID 214:229)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN C AND (RESID 230:250)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN C AND (RESID 251:277)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN C AND (RESID 278:289)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN D AND (RESID 96:109)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN D AND (RESID 110:123)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	CHAIN D AND (RESID 124:168)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	CHAIN D AND (RESID 169:180)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	CHAIN D AND (RESID 181:194)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	CHAIN D AND (RESID 195:213)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	CHAIN D AND (RESID 214:229)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	CHAIN D AND (RESID 230:250)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	CHAIN D AND (RESID 251:263)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	CHAIN D AND (RESID 264:277)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	CHAIN D AND (RESID 278:289)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)