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- PDB-4lnd: Crystal structure of human apurinic/apyrimidinic endonuclease 1 w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lnd
タイトルCrystal structure of human apurinic/apyrimidinic endonuclease 1 with essential Mg2+ cofactor
要素DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
キーワードLYASE / apurinic/apyrimidinic endonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


Resolution of Abasic Sites (AP sites) / class II DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / phosphodiesterase activity, acting on 3'-phosphoglycolate-terminated DNA strands / telomere maintenance via base-excision repair / site-specific endodeoxyribonuclease activity, specific for altered base / DNA-(abasic site) binding / double-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / double-stranded telomeric DNA binding / phosphodiesterase I activity / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity ...Resolution of Abasic Sites (AP sites) / class II DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / phosphodiesterase activity, acting on 3'-phosphoglycolate-terminated DNA strands / telomere maintenance via base-excision repair / site-specific endodeoxyribonuclease activity, specific for altered base / DNA-(abasic site) binding / double-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / double-stranded telomeric DNA binding / phosphodiesterase I activity / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / phosphoric diester hydrolase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / uracil DNA N-glycosylase activity / DNA catabolic process / 3'-5'-DNA exonuclease activity / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / regulation of mRNA stability / 3'-5' exonuclease activity / telomere maintenance / base-excision repair, gap-filling / cell redox homeostasis / DNA endonuclease activity / base-excision repair / chromatin DNA binding / transcription corepressor activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / regulation of apoptotic process / DNA recombination / endonuclease activity / chromosome, telomeric region / damaged DNA binding / transcription coactivator activity / oxidoreductase activity / ribosome / nuclear speck / DNA repair / centrosome / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
AP endonucleases family 1 signature 2. / AP endonuclease 1, conserved site / AP endonucleases family 1 signature 3. / AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase ...AP endonucleases family 1 signature 2. / AP endonuclease 1, conserved site / AP endonucleases family 1 signature 3. / AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair nuclease/redox regulator APEX1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Manvilla, B.A. / Pozharski, E. / Toth, E.A. / Drohat, A.C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure of human apurinic/apyrimidinic endonuclease 1 with the essential Mg(2+) cofactor.
著者: Manvilla, B.A. / Pozharski, E. / Toth, E.A. / Drohat, A.C.
履歴
登録2013年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月8日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
B: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
C: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,3746
ポリマ－96,3013
非ポリマー733
水2,162120
1
A: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1252
ポリマ－32,1001
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1252
ポリマ－32,1001
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1252
ポリマ－32,1001
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.795, 90.940, 94.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.22, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.800426, 0.321267, 0.506068), (0.299419, -0.517097, 0.801847), (0.519293, 0.793346, 0.317704)22.54366, -96.19858, 49.71239
3given(0.819801, -0.159941, -0.549859), (0.391941, -0.543342, 0.742403), (-0.417502, -0.824135, -0.382745)14.43049, -53.45805, 24.64984

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要素

#1: タンパク質 DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / APEX nuclease / APEN / Apurinic-apyrimidinic endonuclease 1 / AP endonuclease 1 / APE-1 / REF-1 / ...APEX nuclease / APEN / Apurinic-apyrimidinic endonuclease 1 / AP endonuclease 1 / APE-1 / REF-1 / Redox factor-1 / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / mitochondrial


分子量: 32100.492 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 39-318 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APE, APE1, APEX, APEX1, APX, HAP1, REF1 / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P27695, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.05 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 30% (v/v) PEG 300, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.03325 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月7日
放射モノクロメーター: Side scattering I-beam bent single Si(111) crystal; asymmetric cut 4.9650 deg.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03325 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→69.35 Å / Num. all: 75632 / Num. obs: 75632 / % possible obs: 85.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 3.6
反射 シェル解像度: 1.92→1.96 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / % possible all: 84.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BIX

1bix


解像度: 1.92→48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 7.091 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24052 3746 5 %RANDOM
Rwork0.21734 ---
obs0.2185 71263 84.38 %-
all-75632 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.649 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.58 Å20 Å20.91 Å2
2---0.25 Å2-0 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6331 0 3 120 6454
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0196493
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025925
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2431.9678867
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.37313604
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3335822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.47223.656279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.4915964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.71538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2966
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217459
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.021495
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7832.2373297
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7832.2373296
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2953.3514116
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.2943.3514117
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.732.2783196
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.732.2783196
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.213.394751
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.84618.0677188
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.84118.0127161
LS精密化 シェル解像度: 1.922→1.972 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 265 -
Rwork0.293 5272 -
obs--84.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8661-4.0206-0.403612.30471.63651.7639-0.21-0.5563-0.09290.75260.2279-0.0452-0.12860.2889-0.01790.1593-0.035-0.05670.21940.06440.072945.3364-32.240354.6492
22.1149-1.96520.85973.4176-1.48641.53770.11280.02760.2037-0.0482-0.0778-0.3256-0.18360.2723-0.0350.1022-0.03750.01850.16930.020.134745.363-24.303135.7803
33.9339-2.2168-1.95722.30360.51371.31440.45640.27220.3827-0.3624-0.383-0.4542-0.14630.055-0.07340.24390.015-0.0110.43890.0120.234549.0383-26.398326.3899
41.5272-0.0043-0.29340.9194-0.15721.33380.04520.0989-0.13970.0585-0.00760.07510.0140.0282-0.03760.0243-0.0101-0.01290.03920.01770.048733.5111-32.890338.6229
57.1916-4.07913.19454.8429-2.6475.27230.0033-0.42270.6590.3894-0.1081-0.1349-0.37860.09840.10480.287-0.00850.0610.0969-0.06570.25343.6546-21.807564.2503
62.3284-1.48310.29553.2448-0.04011.48980.0228-0.357-0.12480.0881-0.00380.21420.0444-0.2521-0.0190.084-0.00760.05540.1199-0.00530.0758-4.1766-41.106164.8774
72.7486-1.5796-0.30170.96580.44671.9186-0.0051-0.2813-0.35880.02690.07560.24430.1231-0.2924-0.07050.1683-0.03350.06280.1859-0.01830.2306-12.0879-45.809662.5134
81.52860.3010.01160.8772-0.02051.16380.0208-0.0248-0.062-0.0806-0.0929-0.068-0.0359-0.00570.07210.09450.01560.04550.01210.00350.05784.5994-38.103152.9373
92.58050.2178-2.38525.8411-6.354211.26490.02260.3142-0.5371-0.70420.02820.0721.0979-0.0357-0.05080.191-0.0058-0.06850.1939-0.14290.198621.1206-41.1476-12.7451
101.1406-0.409-0.4580.79410.3684.5180.0209-0.0162-0.13060.0699-0.1027-0.09680.05140.35750.08180.062-0.0165-0.00570.1685-0.03420.088532.5445-30.24650.4972
111.0252-0.7552-0.13181.7343-0.43341.92260.07760.07470.2129-0.1296-0.0474-0.3215-0.26420.5109-0.03020.1443-0.05260.0230.2135-0.06760.159738.1196-21.68310.5429
122.0902-0.0679-0.0731.4991-0.16551.34480.1071-0.0039-0.0157-0.0286-0.04270.1612-0.0653-0.2288-0.06430.0390.00060.00060.153-0.0660.063917.7741-25.6927-0.594
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A44 - 59
2X-RAY DIFFRACTION2A60 - 99
3X-RAY DIFFRACTION3A101 - 122
4X-RAY DIFFRACTION4A123 - 318
5X-RAY DIFFRACTION5B44 - 59
6X-RAY DIFFRACTION6B60 - 100
7X-RAY DIFFRACTION7B102 - 122
8X-RAY DIFFRACTION8B123 - 318
9X-RAY DIFFRACTION9C44 - 59
10X-RAY DIFFRACTION10C60 - 99
11X-RAY DIFFRACTION11C100 - 122
12X-RAY DIFFRACTION12C123 - 318

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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