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- PDB-4lkt: Crystal Structure of Human Epidermal Fatty Acid Binding Protein (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lkt
タイトルCrystal Structure of Human Epidermal Fatty Acid Binding Protein (FABP5) in Complex with Linoleic Acid
要素Fatty acid-binding protein, epidermal
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Beta Barrel / Beta Clam / Fatty Acid Binding Protein / Fatty Acids / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of retrograde trans-synaptic signaling by endocanabinoid / lipid transport across blood-brain barrier / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / negative regulation of glucose transmembrane transport / regulation of sensory perception of pain / phosphatidylcholine biosynthetic process / retinoic acid binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / Signaling by Retinoic Acid ...regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of retrograde trans-synaptic signaling by endocanabinoid / lipid transport across blood-brain barrier / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / negative regulation of glucose transmembrane transport / regulation of sensory perception of pain / phosphatidylcholine biosynthetic process / retinoic acid binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / Signaling by Retinoic Acid / Triglyceride catabolism / epidermis development / fatty acid transport / long-chain fatty acid transport / secretory granule membrane / fatty acid binding / lipid metabolic process / glucose metabolic process / azurophil granule lumen / glucose homeostasis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / postsynaptic density / lipid binding / synapse / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / LINOLEIC ACID / AMMONIUM ION / D(-)-TARTARIC ACID / Fatty acid-binding protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Armstrong, E.H. / Ortlund, E.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural basis for ligand regulation of the fatty acid-binding protein 5, peroxisome proliferator-activated receptor beta / delta (FABP5-PPAR beta / delta ) signaling pathway.
著者: Armstrong, E.H. / Goswami, D. / Griffin, P.R. / Noy, N. / Ortlund, E.A.
履歴
登録2013年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月13日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein, epidermal
B: Fatty acid-binding protein, epidermal
C: Fatty acid-binding protein, epidermal
D: Fatty acid-binding protein, epidermal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,80228
ポリマ－61,8314
非ポリマー2,97124
水1,24369
1
A: Fatty acid-binding protein, epidermal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2037
ポリマ－15,4581
非ポリマー7456
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fatty acid-binding protein, epidermal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0165
ポリマ－15,4581
非ポリマー5584
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Fatty acid-binding protein, epidermal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3798
ポリマ－15,4581
非ポリマー9217
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Fatty acid-binding protein, epidermal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2058
ポリマ－15,4581
非ポリマー7477
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.282, 145.282, 81.763
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-604-

TAR

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Fatty acid-binding protein, epidermal / Epidermal-type fatty acid-binding protein / E-FABP / Fatty acid-binding protein 5 / Psoriasis- ...Epidermal-type fatty acid-binding protein / E-FABP / Fatty acid-binding protein 5 / Psoriasis-associated fatty acid-binding protein homolog / PA-FABP


分子量: 15457.715 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP5 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q01469

-
非ポリマー , 8種, 93分子

#2: 化合物
ChemComp-EIC / LINOLEIC ACID / 9,12-LINOLEIC ACID / リノ-ル酸


分子量: 280.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H32O2
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#7: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#8: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 2.4M Ammonium Sulfate, 200mM Na/K Tartrate, 100mM Na Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月20日 / 詳細: VariMax
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→50 Å / Num. all: 31641 / Num. obs: 31641 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Χ2: 1.316 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.57-2.697.50.5631160.869199.9
2.69-2.88.20.45331500.9121100
2.8-2.938.70.3331451.0051100
2.93-3.089.30.26131141.1091100
3.08-3.289.70.1831441.1751100
3.28-3.539.90.13331491.451100
3.53-3.889.90.11331621.7671100
3.88-4.45100.10531691.7611100
4.45-5.69.90.08732071.6031100
5.6-509.60.08432851.23199.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 41.83 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.57 Å47.55 Å
Translation2.57 Å47.55 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.57→29.357 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / FOM work R set: 0.736 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2588 1593 5.05 %RANDOM
Rwork0.2045 ---
obs0.2071 31542 99.23 %-
all-31602 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 117.3 Å2 / Biso mean: 47.4269 Å2 / Biso min: 17.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→29.357 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4243 0 196 69 4508
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034459
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6245946
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041679
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002739
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3381717
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.57-2.6570.35871300.285825462676267694
2.657-2.75190.32291430.2679270528482848100
2.7519-2.8620.3591380.2459272028582858100
2.862-2.99210.29691580.2384269628542854100
2.9921-3.14970.29281590.2368274028992899100
3.1497-3.34680.29511300.2094271328432843100
3.3468-3.60480.27891490.1947272728762876100
3.6048-3.96680.23811560.1905274128972897100
3.9668-4.53890.21271490.1686273228812881100
4.5389-5.71170.21491360.1729277429102910100
5.7117-29.35890.23111450.216528553000300099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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