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- PDB-4lkj: The structure of hemagglutinin L226Q mutant (H3 numbering) from a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lkj
タイトルThe structure of hemagglutinin L226Q mutant (H3 numbering) from a avian-origin H7N9 influenza virus (A/Anhui/1/2013) in complex with avian receptor analog 3'SLNLN
要素(hemagglutinin) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / homotrimer / virus attachment / membrane fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus B / Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin ...Haemagglutinin, influenzavirus B / Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-sialyl-N-acetyllactosamine / Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.798 Å
データ登録者Shi, Y. / Zhang, W. / Wang, F. / Qi, J. / Song, H. / Wu, Y. / Gao, F. / Zhang, Y. / Fan, Z. / Gong, W. ...Shi, Y. / Zhang, W. / Wang, F. / Qi, J. / Song, H. / Wu, Y. / Gao, F. / Zhang, Y. / Fan, Z. / Gong, W. / Wang, D. / Shu, Y. / Wang, Y. / Yan, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Structures and receptor binding of hemagglutinins from human-infecting H7N9 influenza viruses
著者: Shi, Y. / Zhang, W. / Wang, F. / Qi, J. / Wu, Y. / Song, H. / Gao, F. / Bi, Y. / Zhang, Y. / Fan, Z. / Qin, C. / Sun, H. / Liu, J. / Haywood, J. / Liu, W. / Gong, W. / Wang, D. / Shu, Y. / ...著者: Shi, Y. / Zhang, W. / Wang, F. / Qi, J. / Wu, Y. / Song, H. / Gao, F. / Bi, Y. / Zhang, Y. / Fan, Z. / Qin, C. / Sun, H. / Liu, J. / Haywood, J. / Liu, W. / Gong, W. / Wang, D. / Shu, Y. / Wang, Y. / Yan, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2013年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hemagglutinin
B: hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9826
ポリマ－53,6442
非ポリマー1,3384
水57632
1
A: hemagglutinin
B: hemagglutinin
ヘテロ分子

A: hemagglutinin
B: hemagglutinin
ヘテロ分子

A: hemagglutinin
B: hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,94618
ポリマ－160,9316
非ポリマー4,01512
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area36630 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area57870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.909, 116.909, 297.076
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-603-

HOH

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要素

#1: タンパク質 hemagglutinin


分子量: 34210.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Anhui/1/2013 / プラスミド: pFastbac1 / 細胞株 (発現宿主): HI5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: V5IRV5*PLUS
#2: タンパク質 hemagglutinin


分子量: 19433.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Anhui/1/2013 / プラスミド: pFastbac1 / 細胞株 (発現宿主): HI5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: V5IRV2*PLUS
#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / 3'-sialyl-N-acetyllactosamine


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 3'-sialyl-N-acetyllactosamine
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE SEQUENCE DATABASE REFERENCES FOR THIS PROTEIN WHICH DERIVED FROM STRAIN A/ANHUI/1/2013 DOES NOT ...THE SEQUENCE DATABASE REFERENCES FOR THIS PROTEIN WHICH DERIVED FROM STRAIN A/ANHUI/1/2013 DOES NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.22 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 16%(w/v) Polyethylene glycol 3350, 0.2M lithium sulfate, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月28日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.798→50 Å / Num. all: 19702 / Num. obs: 19499 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 72.22 Å2
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DJ6

4dj6


解像度: 2.798→37.781 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7481 / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2849 993 5.09 %RANDOM
Rwork0.237 ---
all0.2394 19491 --
obs0.2394 19491 98.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.668 Å2 / ksol: 0.252 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 220.83 Å2 / Biso mean: 96.2352 Å2 / Biso min: 31.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.9479 Å2-0 Å2-0 Å2
2--4.9479 Å20 Å2
3----9.8959 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.798→37.781 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3760 0 88 32 3880
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053929
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9435306
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.201585
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004694
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0391456
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7976-2.94510.4061300.329826262756100
2.9451-3.12950.39051680.318826112779100
3.1295-3.3710.35861330.29426472780100
3.371-3.70990.31751390.253926452784100
3.7099-4.24620.26481510.2272618276999
4.2462-5.34730.25171420.19072624276697
5.3473-37.78440.24181300.22412727285797
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.72880.28590.15650.85480.29481.8928-0.07660.0124-0.0445-0.02510.0644-0.10120.02810.132-00.50180.0218-0.02950.4368-0.00660.5939-52.135713.7409-0.975
21.53421.63190.19722.0225-0.22790.7385-0.45980.45680.064-0.97680.52250.43910.5720.221800.83-0.0452-0.05410.71540.03920.7197-59.965411.8511-31.3283
30.2932-0.01640.35930.2931-0.30350.6860.09870.2452-0.1-0.66720.0380.4318-0.4621-0.004700.9362-0.1654-0.17940.62590.21050.8508-59.623523.4512-35.4241
41.89451.50140.59042.14220.92670.6807-0.2940.39550.3202-0.58650.21120.56150.01060.150900.6387-0.0326-0.09450.54460.09080.7722-59.453217.0728-24.0078
50.4478-0.0646-0.21180.69250.6310.58780.09710.0716-0.18150.189-0.2341-0.1906-0.0006-0.1744-00.499-0.030.0270.4312-0.05580.5894-49.879214.37318.1553
60.314-0.3042-0.01740.34880.1890.2428-0.2964-0.57030.14920.06550.20980.08740.0292-0.3896-0.00060.5330.1074-0.06230.7071-0.08130.3954-43.601324.406330.3713
70.86290.3325-0.17460.171-0.22140.4470.1496-0.8661-0.31040.6714-0.3386-0.54030.0250.92790.00451.5935-0.1332-0.34771.53750.22660.8082-45.750420.210852.1725
80.86150.341-0.61260.2317-0.19860.4409-0.3352-0.3336-0.20180.0284-0.2089-0.1061.2099-0.5081-0.0391.1285-0.0619-0.07570.87440.19510.7087-55.176115.986340.8064
90.5226-0.776-0.37351.53310.33970.3227-0.16420.4875-0.2618-0.13270.0448-0.1201-0.073-0.542-0.00420.64870.01550.07060.5350.03250.5823-54.653620.7271.0567
100.7707-0.45980.76720.4459-0.42140.82-0.0566-0.16610.09260.03740.0882-0.15380.1810.05100.4641-0.0131-0.06780.3981-0.03620.4617-53.620129.388226.4972
110.79740.49280.09660.7112-0.07390.0493-0.2525-1.4956-0.12341.72020.1994-0.1662-0.79991.06830.01651.85970.1581-0.12951.97380.23810.581-52.464420.742865.2972
120.05110.10360.0520.17050.10890.0541-1.39050.00750.76580.3620.7921.38890.63260.2236-0.00621.71490.2989-0.02011.85690.2231.0264-59.719219.756270.7914
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 3:122)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 123:175)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 176:204)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 205:259)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 260:299)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 300:316)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESSEQ 323:352)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESSEQ 353:376)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESSEQ 377:395)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESSEQ 396:446)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESSEQ 447:474)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESSEQ 475:490)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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