PDB-4lk3: Crystal structure of Human UDP-xylose synthase R236A substitution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lk3

タイトル

Crystal structure of Human UDP-xylose synthase R236A substitution

要素

UDP-glucuronic acid decarboxylase 1

キーワード

LYASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE / DECARBOXYLASE / MEMBRANE / ROSSMANN FOLD

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-glucuronate decarboxylase / UDP-D-xylose biosynthetic process / UDP-glucuronate decarboxylase activity / D-xylose metabolic process / Golgi cisterna membrane / catalytic complex / NAD+ binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.64 Å

データ登録者

Walsh Jr., R.M. / Polizzi, S.J. / Wood, Z.A.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Man o' war mutation in UDP-alpha-D-xylose synthase favors the abortive catalytic cycle and uncovers a latent potential for hexamer formation.
著者: Walsh Jr., R.M. / Polizzi, S.J. / Kadirvelraj, R. / Howard, W.W. / Wood, Z.A.

履歴

登録	2013年7月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月12日	Group: Structure summary
改定 1.2	2015年6月3日	Group: Database references
改定 1.3	2018年4月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lk3.cif.gz	669.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lk3.ent.gz	559.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lk3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4lk3_validation.pdf.gz	4.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lk3_full_validation.pdf.gz	4.7 MB	表示
XML形式データ	4lk3_validation.xml.gz	65.5 KB	表示
CIF形式データ	4lk3_validation.cif.gz	84.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/4lk3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/4lk3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4m55C 2b69S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4m55-d 2vl6-1 4pog-1 4pog-2 5sy1-d 5xam-d 8315 4ux9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

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「今月の分子」の関連する項目

#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (1)
#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-glucuronic acid decarboxylase 1

B: UDP-glucuronic acid decarboxylase 1

C: UDP-glucuronic acid decarboxylase 1

D: UDP-glucuronic acid decarboxylase 1

E: UDP-glucuronic acid decarboxylase 1

F: UDP-glucuronic acid decarboxylase 1

ヘテロ分子

237 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.570, 92.070, 290.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	UDP-glucuronic acid decarboxylase 1 / UDP-glucuronate decarboxylase 1 / UGD / UXS-1 分子量: 37838.059 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 85-420 / 変異: R236A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UNQ2538/PRO6079, UXS, UXS1 / プラスミド: pET 15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8NBZ7, UDP-glucuronate decarboxylase

#1: タンパク質

UDP-glucuronic acid decarboxylase 1 / UDP-glucuronate decarboxylase 1 / UGD / UXS-1

分子量: 37838.059 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 85-420 / 変異: R236A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UNQ2538/PRO6079, UXS, UXS1 / プラスミド: pET 15b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8NBZ7, UDP-glucuronate decarboxylase

-
非ポリマー , 6種, 101分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / コメント: UDP*YM
#4: 化合物	ChemComp-UGA / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCURONIC ACID / UDP-GLUCURONIC ACID / UDP-グルクロン酸分子量: 580.285 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₂O₁₈P₂
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2- 分子量: 175.959 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₇P₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 5.4 詳細: 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M succinate, 10% DMSO, pH 5.4, Vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.64→50 Å / Num. obs: 65871 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.87 % / B_iso Wilson estimate: 60.46 Å² / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 19.9
反射シェル	解像度: 2.64→2.71 Å / R_merge(I) obs: 0.866 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 86.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2B69

2b69

解像度: 2.64→36.37 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.19 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.245	3330	5.06 %
R_work	0.198	-	-
obs	0.2	65842	98.4 %
all	-	66963	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 79.02 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.375 Å	0.35 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.64→36.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12727	0	633	74	13434

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	13624
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.481	18515
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.141	5084
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	2089
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	2279

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.64-2.6781	0.3751	125	0.3183	1981	X-RAY DIFFRACTION	77
2.6781-2.7181	0.4169	114	0.2817	2593	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7181-2.7605	0.2739	135	0.2475	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7605-2.8058	0.3118	113	0.2418	2620	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8058-2.8541	0.2867	154	0.2296	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8541-2.906	0.2523	163	0.2164	2548	X-RAY DIFFRACTION	98
2.906-2.9619	0.2953	150	0.2252	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9619-3.0223	0.3146	129	0.218	2578	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0223-3.088	0.2657	137	0.2305	2597	X-RAY DIFFRACTION	99
3.088-3.1598	0.3007	162	0.2277	2581	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1598-3.2388	0.2821	117	0.2216	2616	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2388-3.3263	0.2611	139	0.2022	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3263-3.4241	0.2408	138	0.2045	2620	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4241-3.5345	0.2404	137	0.2063	2624	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5345-3.6607	0.2706	150	0.215	2611	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6607-3.8071	0.2257	119	0.2085	2640	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8071-3.9802	0.2723	151	0.1925	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9802-4.1898	0.226	125	0.1852	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1898-4.4518	0.1766	141	0.1645	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4518-4.7949	0.1969	135	0.1595	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7949-5.2761	0.2263	150	0.1722	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2761-6.0365	0.2605	139	0.1806	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0365-7.594	0.2397	148	0.1911	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
7.594-36.3722	0.2225	159	0.1959	2823	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8761	-0.6098	-0.5578	3.5357	0.1418	3.0119	0.208	0.8226	0.1408	-1.0202	-0.0968	-0.2332	-0.2051	-0.2255	-0.0004	0.7597	0.1849	0.0261	0.8985	0.2153	0.5153	54.6516	16.4549	13.8319
2	1.3877	-0.8691	0.5839	2.5554	0.3288	4.6111	0.1028	0.8884	0.5939	-0.4779	-0.1	-0.1734	-0.1893	0.603	0.0361	0.3924	0.066	0.0353	0.6114	0.1904	0.4391	55.8566	13.0742	28.0005
3	1.4292	-1.4446	-0.5012	2.9057	0.7687	4.0417	0.1494	0.4761	0.1348	-0.3294	-0.0415	-0.4872	0.2991	0.2913	0.0061	0.5139	0.1098	0.0101	0.6861	0.0794	0.4362	60.0428	4.7275	24.6903
4	2.47	-0.7147	-0.834	3.6917	0.1053	2.3558	0.0843	0.4947	0.227	-0.6692	-0.0737	-1.3437	0.2046	0.7568	0.0237	0.8286	0.2352	0.2103	1.0752	0.1077	0.8555	76.065	5.4995	13.9191
5	2.8799	-0.942	0.5874	3.119	-0.2014	2.7504	0.04	-0.3892	0.2756	0.2257	0.0611	0.1096	-0.2955	-0.161	0.0023	0.2802	0.0101	0.0338	0.5112	0.0248	0.4828	49.1175	13.0883	60.2793
6	2.2972	-1.4694	0.3654	1.648	0.7169	3.6686	0.2885	0.1631	0.154	-0.0956	-0.1934	-0.2296	0.0545	0.3268	0.0036	0.2878	0.0126	0.0458	0.5354	0.1017	0.4613	57.9047	10.7723	46.1585
7	2.5576	-0.5637	-0.2886	1.0685	-1.4999	1.8579	0.0011	0.0961	-0.3261	-0.2277	0.1814	0.0024	0.3093	0.2121	-0.0152	0.3041	0.0207	-0.0629	0.4825	0.0551	0.4952	59.2836	-4.562	57.4879
8	2.5692	0.7011	0.2346	3.4081	-0.8441	2.1554	-0.0087	-0.1605	-0.4797	-0.1847	0.0858	-0.0666	0.4736	0.184	-0.0089	0.3719	0.0424	-0.0483	0.4223	0.064	0.5472	58.1634	-11.2699	63.2043
9	3.1923	-0.4741	-0.4665	3.5551	-0.8312	1.9605	0.096	0.1848	-0.7052	-0.3654	-0.2125	-0.006	0.2213	-0.0349	-0.0313	0.2485	0.0367	0.0164	0.5703	0.0011	0.566	28.2172	3.6799	48.7932
10	2.1416	0.5872	-0.1272	3.8082	1.6386	1.48	0.1529	0.1227	-0.2149	0.1559	0.0411	-0.0538	0.1885	-0.0433	-0.1234	0.2622	0.0763	-0.0072	0.5522	0.0732	0.4356	24.911	17.6953	50.4713
11	2.3414	0.4479	-0.9478	2.9822	-1.0507	0.9654	0.1815	0.0252	0.0188	0.1549	-0.1572	0.3547	-0.2656	-0.3014	-0.0073	0.2427	-0.0018	-0.0355	0.601	0.0001	0.5618	16.4064	14.5099	54.7569
12	1.1396	-0.5419	-0.221	1.3623	-0.5691	2.6365	0.0017	-0.4516	-0.2376	0.3215	-0.0812	0.2753	0.0086	-0.4371	-0.0254	0.3378	-0.1346	0.0377	0.7684	0.0613	0.6842	16.3666	2.8385	70.2709
13	2.4568	-0.8864	-0.4642	3.4651	-0.2553	3.343	0.3669	0.3085	0.5927	-0.561	-0.2732	-0.2935	-1.0708	-0.1628	0.0164	0.6639	0.1007	0.1149	0.4654	0.1317	0.5042	26.0621	50.6086	46.3392
14	1.7599	1.3538	-0.6845	3.9984	0.2603	2.8625	-0.0821	0.4296	0.3837	-0.5705	-0.0852	0.4482	-0.4491	-0.3782	0.0444	0.32	0.1427	-0.0091	0.4111	0.1137	0.4203	23.4723	36.6431	49.2423
15	2.6434	-0.4447	-0.7907	3.2307	0.0119	2.7227	-0.13	-0.0725	-0.2144	-0.071	-0.0256	0.1982	0.0704	-0.4239	-0.0251	0.2978	0.0749	-0.0144	0.4457	0.0392	0.361	22.7819	35.2356	59.7737
16	0.8996	-1.166	-0.3859	2.7443	-0.4665	2.3318	0.4104	0.4196	0.0481	-0.4888	-0.3108	0.4729	-0.365	-0.6093	-0.1149	0.5369	0.2194	-0.0202	0.6121	-0.0149	0.4902	12.981	45.3402	53.7952
17	1.7538	-1.2113	-0.9691	0.8366	-0.1624	2.8265	0.1776	-0.0733	0.0171	-0.3011	-0.0099	0.3241	-0.6238	-1.1086	-0.0323	0.6164	0.2322	0.0219	0.7299	0.0343	0.6035	5.3851	48.2091	55.7982
18	2.2576	0.4539	-0.7096	3.9026	-0.7805	2.1607	0.2064	0.4009	0.4244	-0.1748	-0.2138	0.6783	-0.6035	-1.0096	-0.0012	0.8177	0.5512	0.0031	1.3768	0.0408	0.8131	-9.1974	52.1814	52.1025
19	2.9297	-0.2612	1.5253	0.5273	0.2753	2.5213	0.0171	0.1353	0.3654	-0.2227	-0.1258	0.1164	-0.7896	-0.709	-0.0001	0.7771	0.4075	0.0485	0.8865	0.0428	0.6485	6.6818	53.7294	55.1394
20	3.8517	-1.6486	0.1853	2.0782	0.0009	3.6829	0.0694	0.5373	0.076	-0.2307	-0.1269	0.1112	-0.4466	-0.4082	0.0059	0.7786	0.2011	0.0321	0.6996	0.1527	0.4829	24.647	43.076	19.8506
21	2.1874	-0.5779	0.3683	2.6263	-0.6296	1.474	-0.001	0.3667	0.6507	-0.2234	-0.043	0.0455	-0.8426	-0.282	-0.0235	1.2232	0.3641	0.0376	1.0305	0.3549	0.8606	18.1906	62.8374	13.6541
22	2.3129	0.1513	0.2784	1.9133	-0.2956	1.5939	0.0146	0.0905	0.256	0.2111	0.0257	-0.858	-0.1525	0.8214	-0.0181	0.7508	0.0423	0.0088	0.9354	0.2459	0.9074	64.7307	37.5554	24.1296
23	3.9662	-0.0106	0.5936	2.4581	-0.8111	1.9549	0.065	0.2315	0.127	-0.1574	-0.1254	-0.8506	-0.0869	0.6258	-0.1035	0.8315	0.1216	0.026	0.6527	0.2279	0.7784	50.704	41.0467	21.8764
24	1.7982	-0.1781	-0.3599	1.5683	-0.6749	1.1305	0.0366	0.3789	0.5069	-0.2893	0.0213	-0.3808	-1.0264	0.0137	-0.0527	1.1179	-0.0014	0.0413	0.7155	0.1887	0.9048	54.4163	49.1421	17.1338
25	0.6951	-0.2666	-0.17	1.4356	-0.8712	0.4419	-0.2038	0.3907	0.3975	-0.4316	-0.3391	-0.1244	-0.2959	0.5389	0.0329	0.9838	-0.1017	0.1078	0.9878	0.3513	1.2934	64.3136	49.1704	5.7999
26	1.9708	-0.0052	-0.5126	1.3013	-0.2296	1.8158	0.1879	0.6463	0.7898	-0.776	-0.3603	-0.6055	-0.3539	0.323	0.0249	1.3481	-0.0429	0.3459	1.1953	0.4153	1.3551	69.5044	47.3691	0.9349

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 88 : 154 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 155 : 192 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 193 : 272 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 273 : 399 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 88 : 154 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 155 : 249 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 250 : 327 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESID 328 : 399 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN C AND (RESID 88 : 154 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN C AND (RESID 155 : 193 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN C AND (RESID 194 : 272 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN C AND (RESID 273 : 399 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN D AND (RESID 88 : 154 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN D AND (RESID 155 : 193 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN D AND (RESID 194 : 249 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN D AND (RESID 250 : 272 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN D AND (RESID 273 : 327 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN D AND (RESID 328 : 350 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN D AND (RESID 351 : 399 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN E AND (RESID 88 : 272 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN E AND (RESID 273 : 399 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN F AND (RESID 88 : 154 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN F AND (RESID 155 : 192 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN F AND (RESID 193 : 272 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN F AND (RESID 273 : 327 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN F AND (RESID 328 : 399 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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