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- PDB-4lk0: Crystal Structure Analysis of the E.coli holoenzyme/T7 Gp2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lk0
タイトルCrystal Structure Analysis of the E.coli holoenzyme/T7 Gp2 complex
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
  • Bacterial RNA polymerase inhibitor
  • RNA polymerase sigma factor RpoD
キーワードTRANSFERASE / DNA directed RNA polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host transcription / sigma factor antagonist complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / response to heat / symbiont-mediated suppression of host gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase inhibitor / RNA polymerase inhibitor / RNA polymerase inhibitor superfamily / RNA polymerase inhibitor / Helix Hairpins - #1670 / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 ...RNA polymerase inhibitor / RNA polymerase inhibitor / RNA polymerase inhibitor superfamily / RNA polymerase inhibitor / Helix Hairpins - #1670 / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Helix Hairpins / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Gyrase A; domain 2 / Helix non-globular / Beta Complex / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Special / Ubiquitin-like (UB roll) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Roll / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / RNA polymerase sigma factor RpoD / Bacterial RNA polymerase inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Enterobacteria phage T7 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.9103 Å
データ登録者Bae, B. / Darst, S.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Phage T7 Gp2 inhibition of Escherichia coli RNA polymerase involves misappropriation of sigma 70 domain 1.1.
著者: Bae, B. / Davis, E. / Brown, D. / Campbell, E.A. / Wigneshweraraj, S. / Darst, S.A.
履歴
登録2013年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月4日Group: Database references
改定 1.22013年12月18日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: RNA polymerase sigma factor RpoD
G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
H: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
J: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
K: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
L: RNA polymerase sigma factor RpoD
M: Bacterial RNA polymerase inhibitor
N: Bacterial RNA polymerase inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)874,01420
ポリマ－873,70314
非ポリマー3106
水00
1
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: RNA polymerase sigma factor RpoD
M: Bacterial RNA polymerase inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)437,00710
ポリマ－436,8527
非ポリマー1553
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area39190 Å2
ΔGint-184 kcal/mol
Surface area164420 Å2
手法PISA
2
G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
H: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
J: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
K: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
L: RNA polymerase sigma factor RpoD
N: Bacterial RNA polymerase inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)437,00710
ポリマ－436,8527
非ポリマー1553
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area38900 Å2
ΔGint-187 kcal/mol
Surface area163500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)186.364, 206.283, 307.999
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain C and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...
21(chain I and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...
12chain C and (resseq 31:139 or resseq 456:512)
22chain I and (resseq 31:139 or resseq 456:512)
13chain C and (resseq 151:225 or resseq 340:444)
23chain I and (resseq 151:225 or resseq 340:444)
14chain C and resseq 226:339
24chain I and resseq 226:339
15chain C and resseq 714:785
25chain I and resseq 714:785
16(chain C and (resseq 833:937 or resseq 1040:1055)) or (chain F and resseq 551:612)
26(chain I and (resseq 833:937 or resseq 1040:1055)) or (chain L and resseq 551:612)
17chain C and resseq 938:955
27chain I and resseq 938:955
18(chain C and resseq 1296:1342) or (chain D and (resseq...
28(chain I and resseq 1296:1342) or (chain J and (resseq...
19chain F and (resseq 128:167 or resseq 212:236 or resseq 242:374)
29chain L and (resseq 128:167 or resseq 212:236 or resseq 242:374)
110chain F and resseq 445:550
210chain L and resseq 445:550
111chain A and (resseq 9:52 or resseq 179:231)
211chain G and (resseq 9:52 or resseq 179:231)
112chain A and resseq 53:178
212chain G and resseq 53:178
113chain B and (resseq 9:52 or resseq 179:231)
213chain H and (resseq 9:52 or resseq 179:231)
114chain B and resseq 53:178
214chain H and resseq 53:178
115chain M
215chain N
116chain D and resseq 948:1022
216chain J and resseq 948:1022
117chain D and resseq 1023:1126
217chain J and resseq 1023:1126

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'C' and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...C3 - 30
121(chain 'C' and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...C140 - 150
131(chain 'C' and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...C445 - 455
141(chain 'C' and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...C513 - 713
151(chain 'C' and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...C786 - 832
161(chain 'C' and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...C1056 - 1295
211(chain 'I' and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...I3 - 30
221(chain 'I' and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...I140 - 150
231(chain 'I' and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...I445 - 455
241(chain 'I' and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...I513 - 713
251(chain 'I' and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...I786 - 832
261(chain 'I' and (resseq 3:30 or resseq 140:150 or resseq...I1056 - 1295
112chain 'C' and (resseq 31:139 or resseq 456:512)C31 - 139
122chain 'C' and (resseq 31:139 or resseq 456:512)C456 - 512
212chain 'I' and (resseq 31:139 or resseq 456:512)I31 - 139
222chain 'I' and (resseq 31:139 or resseq 456:512)I456 - 512
113chain 'C' and (resseq 151:225 or resseq 340:444)C151 - 225
123chain 'C' and (resseq 151:225 or resseq 340:444)C340 - 444
213chain 'I' and (resseq 151:225 or resseq 340:444)I151 - 225
223chain 'I' and (resseq 151:225 or resseq 340:444)I340 - 444
114chain 'C' and resseq 226:339C226 - 339
214chain 'I' and resseq 226:339I226 - 339
115chain 'C' and resseq 714:785C714 - 785
215chain 'I' and resseq 714:785I714 - 785
116(chain 'C' and (resseq 833:937 or resseq 1040:1055)) or (chain 'F' and resseq 551:612)C833 - 937
126(chain 'C' and (resseq 833:937 or resseq 1040:1055)) or (chain 'F' and resseq 551:612)C1040 - 1055
216(chain 'I' and (resseq 833:937 or resseq 1040:1055)) or (chain 'L' and resseq 551:612)I833 - 937
226(chain 'I' and (resseq 833:937 or resseq 1040:1055)) or (chain 'L' and resseq 551:612)I1040 - 1055
117chain 'C' and resseq 938:955C938 - 955
217chain 'I' and resseq 938:955I938 - 955
118(chain 'C' and resseq 1296:1342) or (chain 'D' and (resseq...C1296 - 1342
218(chain 'I' and resseq 1296:1342) or (chain 'J' and (resseq...I1296 - 1342
119chain 'F' and (resseq 128:167 or resseq 212:236 or resseq 242:374)F128 - 167
129chain 'F' and (resseq 128:167 or resseq 212:236 or resseq 242:374)F212 - 236
139chain 'F' and (resseq 128:167 or resseq 212:236 or resseq 242:374)F242 - 374
219chain 'L' and (resseq 128:167 or resseq 212:236 or resseq 242:374)L128 - 167
229chain 'L' and (resseq 128:167 or resseq 212:236 or resseq 242:374)L212 - 236
239chain 'L' and (resseq 128:167 or resseq 212:236 or resseq 242:374)L242 - 374
1110chain 'F' and resseq 445:550F445 - 550
2110chain 'L' and resseq 445:550L445 - 550
1111chain 'A' and (resseq 9:52 or resseq 179:231)A9 - 52
1211chain 'A' and (resseq 9:52 or resseq 179:231)A179 - 231
2111chain 'G' and (resseq 9:52 or resseq 179:231)G9 - 52
2211chain 'G' and (resseq 9:52 or resseq 179:231)G179 - 231
1112chain 'A' and resseq 53:178A53 - 178
2112chain 'G' and resseq 53:178G53 - 178
1113chain 'B' and (resseq 9:52 or resseq 179:231)B9 - 52
1213chain 'B' and (resseq 9:52 or resseq 179:231)B179 - 231
2113chain 'H' and (resseq 9:52 or resseq 179:231)H9 - 52
2213chain 'H' and (resseq 9:52 or resseq 179:231)H179 - 231
1114chain 'B' and resseq 53:178B53 - 178
2114chain 'H' and resseq 53:178H53 - 178
1115chain MM13 - 63
2115chain NN13 - 63
1116chain D and resseq 948:1022D948 - 1022
2116chain J and resseq 948:1022J948 - 1022
1117chain D and resseq 1023:1126D1023 - 1126
2117chain J and resseq 1023:1126J1023 - 1126

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.407519, -0.003261, -0.913191), (-0.034797, -0.999212, 0.019097), (-0.912533, 0.039559, 0.407085)-69.324402, -220.591003, -40.814098
2given(-0.462831, 0.038474, -0.885611), (-0.073743, -0.997266, -0.004786), (-0.883374, 0.063092, 0.464402)-65.681702, -225.214996, -30.7292
3given(-0.354551, 0.073198, -0.932167), (-0.076535, -0.995858, -0.049089), (-0.931899, 0.053939, 0.358684)-56.737999, -228.994003, -44.303101
4given(-0.322479, 0.096819, -0.941612), (-0.092597, -0.993211, -0.070413), (-0.942037, 0.064484, 0.329254)-53.098499, -231.654999, -46.3638
5given(-0.408227, -0.007285, -0.912851), (-0.041035, -0.998811, 0.026322), (-0.911958, 0.048205, 0.407443)-70.091904, -220.503998, -39.494499
6given(-0.430594, -0.003199, -0.90254), (-0.021643, -0.99967, 0.013869), (-0.902286, 0.025505, 0.430383)-70.330498, -219.992004, -41.2803
7given(-0.391141, -0.028555, -0.919888), (-0.039579, -0.998072, 0.047811), (-0.919479, 0.055109, 0.389256)-73.1577, -219.098999, -39.670101
8given(-0.41429, 0.006768, -0.91012), (-0.025301, -0.999672, 0.004083), (-0.909793, 0.024718, 0.414325)-67.881897, -221.003998, -42.542
9given(-0.410644, 0.023016, -0.911505), (0.041653, -0.998164, -0.043969), (-0.910844, -0.056022, 0.408931)-65.328003, -223.940994, -57.2174
10given(-0.421125, -0.01117, -0.906934), (-0.008085, -0.999838, 0.016068), (-0.906967, 0.014099, 0.420966)-71.017601, -219.533005, -43.693501
11given(-0.41341, -0.012303, -0.910462), (-0.027891, -0.999268, 0.026167), (-0.910118, 0.036212, 0.412764)-70.831902, -219.630997, -40.858002
12given(-0.411677, 0.006793, -0.911305), (-0.035745, -0.999323, 0.008698), (-0.910629, 0.036155, 0.411641)-67.9767, -220.927002, -40.931099
13given(-0.404011, -0.010029, -0.914699), (-0.026708, -0.999384, 0.022754), (-0.914364, 0.033622, 0.403494)-69.738403, -219.436996, -42.0158
14given(-0.404703, -0.062904, -0.912282), (-0.009805, -0.997275, 0.073114), (-0.914396, 0.038534, 0.402984)-76.1856, -216.591995, -41.4067
15given(-0.421184, -0.056418, -0.905219), (-0.03775, -0.996108, 0.079647), (-0.906189, 0.067718, 0.417415)-74.920303, -216.069, -36.785198
16given(-0.406131, -0.029949, -0.913324), (-0.021522, -0.998872, 0.042325), (-0.913561, 0.036846, 0.405028)-71.798103, -218.410995, -41.501099
17given(-0.402428, -0.02977, -0.914967), (-0.019247, -0.998975, 0.040969), (-0.915249, 0.034097, 0.401443)-71.741997, -218.380005, -42.056499

-
要素

-
DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 10分子 ABGHCIDJEK

#1: タンパク質
DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 26459.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpoA, EcDH1_0418, ECDH1ME8569_3173 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QXI7, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 150820.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpoB, EcDH1_4008, ECDH1ME8569_3846 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QV90, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta'


分子量: 155366.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpoC, BWG_3647 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C5A0S8, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 10249.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpoZ, EcDH1_0056, ECDH1ME8569_3534 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QUL2, DNA-directed RNA polymerase

-
タンパク質 , 2種, 4分子 FLMN

#5: タンパク質 RNA polymerase sigma factor RpoD / Sigma-70


分子量: 60315.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpoD, alt, b3067, JW3039 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00579
#6: タンパク質 Bacterial RNA polymerase inhibitor


分子量: 7180.985 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T7 (ファージ)
遺伝子: 2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03704

-
非ポリマー , 2種, 6分子

#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.7 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES, 0.1 M calcium acetate, 12-15% PEG 400, 5 mM dithiothreitol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月28日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.9→40 Å / Num. obs: 103109 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.176 / Χ2: 1.417 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
3.9-4.046.9100650.965195.2
4.04-4.27102501.028196.80.834
4.2-4.397103351.121197.40.6
4.39-4.627.1102961.174197.20.457
4.62-4.917.1103241.203197.20.37
4.91-5.297.1103411.186196.80.331
5.29-5.827.2102761.216196.70.28
5.82-6.667.2103571.386196.30.208
6.66-8.386.9103522.233195.80.108
8.38-406.3105132.798194.30.046

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.9103→39.941 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7697 / SU ML: 0.54 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2602 5023 5.03 %RANDOM
Rwork0.2189 ---
obs0.221 99877 92.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 235.85 Å2 / Biso mean: 82.345 Å2 / Biso min: 0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.9103→39.941 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数58499 0 6 0 58505
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00459407
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91380202
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0659145
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00410512
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3922870
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11C11014X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.02
12I11014X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.02
21C1310X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.021
22I1310X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.021
31C1470X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.017
32I1470X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.017
41C912X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
42I912X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
51C549X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
52I549X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
61C1414X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
62I1414X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
71C148X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
72I148X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
81C3954X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.015
82I3954X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.015
91F1626X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.018
92L1626X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.018
101F836X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.01
102L836X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.01
111A762X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
112G762X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
121A963X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
122G963X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
131B762X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.024
132H762X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.024
141B855X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.024
142H855X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.024
151M413X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
152N413X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
161D562X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
162J562X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
171D778X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
172J778X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.9103-3.95470.43551230.31622323244669
3.9547-4.00120.36621570.30472724288181
4.0012-4.04990.35751370.3082789292683
4.0499-4.10110.34611580.292849300785
4.1011-4.1550.32971540.27612950310487
4.155-4.21190.29971640.27462991315589
4.2119-4.2720.38111710.2633016318790
4.272-4.33570.28891760.25063084326092
4.3357-4.40340.27991740.26243157333194
4.4034-4.47550.33211670.24623233340095
4.4755-4.55250.29551700.24133198336895
4.5525-4.63520.3121660.23643254342096
4.6352-4.72420.27861790.23643246342597
4.7242-4.82050.29611690.2233275344497
4.8205-4.92510.2671650.22373299346497
4.9251-5.03950.30281800.22633290347097
5.0395-5.16520.2741860.22473278346497
5.1652-5.30460.2771720.21323284345697
5.3046-5.46030.24761590.21113314347397
5.4603-5.63610.28961520.21593291344397
5.6361-5.83690.27991830.21743265344896
5.8369-6.06990.28391840.21763290347496
6.0699-6.34510.26121540.20483301345596
6.3451-6.67810.25011630.19443303346696
6.6781-7.09440.24061610.19823306346796
7.0944-7.63860.2351880.17893282347096
7.6386-8.40090.19611700.17553307347796
8.4009-9.60170.19131890.15723294348395
9.6017-12.04190.16311590.1673301346094
12.0419-39.94330.25221930.25363360355393

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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