PDB-4ljl: Structural insights into the unique single-stranded DNA binding m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ljl

タイトル

Structural insights into the unique single-stranded DNA binding mode of DNA processing protein A from Helicobacter pylori

要素

DNA processing chain A (DprA)

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / DNA processing A domain / Rossmann fold / ssDNA binding / complex / natural recombination mediating protein

機能・相同性

DNA recombination-mediator protein A / DNA recombination-mediator protein A / DNA-mediated transformation / Rossmann fold - #450 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DNA processing chain A (DprA)

機能・相同性情報

生物種

Helicobacter pylori (ピロリ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Wang, W.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structural insights into the unique single-stranded DNA-binding mode of Helicobacter pylori DprA.
著者: Wang, W. / Ding, J. / Zhang, Y. / Hu, Y. / Wang, D.C.

履歴

登録	2013年7月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月29日	Group: Database references
改定 1.2	2014年4月2日	Group: Database references
改定 1.3	2014年11月12日	Group: Structure summary
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ljl.cif.gz	186.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ljl.ent.gz	149.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ljl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ljl_validation.pdf.gz	429.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ljl_full_validation.pdf.gz	431.7 KB	表示
XML形式データ	4ljl_validation.xml.gz	20.4 KB	表示
CIF形式データ	4ljl_validation.cif.gz	30.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/4ljl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/4ljl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ljkSC 4ljrC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ljk-3 4ljk-1 4ljr-d 4ljk-4 4q9v-d 4op0-d 4ljk-2 4exa-2 4exa-3 6dhw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: DNA processing chain A (DprA)

A: DNA processing chain A (DprA)

51.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	171.090, 107.860, 37.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	DNA processing chain A (DprA) 分子量: 25722.783 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 5-225 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: HP0333, HP_0333 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O25100
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% PEG3350, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→45.62 Å / Num. all: 36288 / Num. obs: 34651 / % possible obs: 95.9 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4LJK

4ljk

解像度: 2.2→39.76 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.213	1690	4.97 %	random
R_work	0.1696	-	-	-
obs	0.1718	34008	93.74 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 47.005 Å² / k_sol: 0.336 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-13.0833 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	18.5093 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.426 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3430	0	0	321	3751

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3504
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.976	4742
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.643	1350
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	553
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	607

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.2647	0.2574	110	0.1878	1949	X-RAY DIFFRACTION	71
2.2647-2.3378	0.2395	123	0.196	2333	X-RAY DIFFRACTION	81
2.3378-2.4214	0.2702	136	0.1947	2542	X-RAY DIFFRACTION	91
2.4214-2.5183	0.2347	144	0.1772	2636	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5183-2.6329	0.2541	133	0.1841	2724	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6329-2.7717	0.259	129	0.1851	2752	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7717-2.9453	0.2645	142	0.1913	2798	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9453-3.1726	0.226	134	0.1898	2868	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1726-3.4917	0.2349	163	0.1842	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4917-3.9966	0.1908	162	0.159	2879	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9966-5.0336	0.174	143	0.1291	2937	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0336-39.7668	0.1704	171	0.1636	3066	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0063	-0.0011	0.006	0.0438	-0.0312	0.1079	-0.0633	-0.2179	-0.1044	0.0762	0.0066	0.047	0.0253	0.0903	-0.0117	0.1708	0.1053	0.0442	0.3263	0.0855	0.1485	-75.8261	37.0003	-8.7904
2	0.0755	-0.0229	-0.0553	0.0225	0.0366	0.0839	0.0672	0.1167	-0.1253	-0.0313	0.0112	0.1004	-0.0045	0.1043	0.0313	0.1985	0.2273	0.0092	0.3207	-0.039	0.2831	-59.9335	25.2869	-20.7296
3	0.2211	-0.06	-0.05	0.0412	-0.0098	0.1333	0.038	0.1242	-0.1368	-0.0642	-0.1013	0.0692	-0.0213	0.1652	-0.0145	0.1696	0.0729	0.0003	0.2022	-0.0332	0.1606	-70.9676	35.8755	-19.7679
4	0.0483	-0.0258	0.01	0.0566	0.0232	0.0357	-0.0426	-0.0935	-0.0164	-0.0036	-0.0534	-0.0497	0.0148	0.1575	-0.0135	0.1258	0.1636	0.0247	0.3481	0.014	0.1481	-57.2465	35.0564	-10.6645
5	0.0215	-0.0029	-0.0078	0.0166	0.0081	0.0164	0.0043	0.0087	0.0143	-0.0173	0.0228	0.0172	-0.0002	0.0266	0.009	0.1667	0.2512	-0.0348	0.4559	-0.0109	0.3075	-45.4148	28.1802	-16.1584
6	0.0012	-0.0048	0.0032	0.0134	-0.0092	0.006	-0.0174	-0.0017	-0.0394	0.0156	0.0066	0.0041	0.0291	0.0119	0.0041	0.5622	0.1791	0.0106	0.364	0.1912	0.6737	-60.5232	13.6089	-10.8117
7	0.0793	-0.0239	0.0239	0.2211	-0.0685	0.0893	-0.0038	-0.0642	-0.038	0.0401	0.0106	-0.0526	-0.0558	-0.0517	-0.0074	0.1816	0.0261	0.0068	0.2342	-0.0152	0.1663	-8.6331	10.9444	-20.425
8	0.0933	0.0039	0.0599	0.0379	-0.0198	0.0766	0.081	0.131	0.0539	-0.0322	0.0102	0.0205	-0.053	-0.1384	0.0427	0.2715	0.1819	0.0012	0.3258	0.0061	0.1703	-27.2296	24.3756	-24.8704
9	0.0418	-0.057	-0.0149	0.1227	0.0539	0.0305	0.0725	0.1213	0.0339	-0.1601	-0.0237	-0.0145	-0.1007	-0.1699	0.0109	0.2292	0.0714	-0.0058	0.2162	0.0105	0.1324	-16.5246	14.1623	-28.9734
10	0.0646	-0.0264	-0.0598	0.1665	0.0592	0.0651	-0.0856	-0.0287	-0.0049	-0.0798	-0.0795	0.0339	-0.099	-0.2027	-0.0069	0.183	0.0943	-0.0119	0.2775	0.0003	0.1322	-27.5792	13.0397	-16.7029
11	0.0041	-0.0026	-0.0046	0.0059	-0.0016	0.0046	-0.0107	-0.0172	-0.0278	-0.011	-0.0004	0.0387	0.0044	-0.0143	-0.0052	0.1135	0.3462	0.0044	0.4654	0.0159	0.2073	-40.1991	20.0001	-17.7049
12	0.0137	0.0032	-0.004	0.0198	0.0104	0.0079	0.0062	-0.0065	0.022	0.0142	-0.0009	-0.0093	-0.0425	-0.0097	-0.003	0.5018	0.1848	-0.0267	0.3041	-0.113	0.2855	-24.1721	33.4126	-12.7962

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resseq 5:41)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resseq 42:71)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resseq 72:136)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 137:182)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 183:206)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 207:223)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 5:41)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 42:71)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 72:138)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 139:182)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resseq 183:206)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resseq 207:223)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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