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- PDB-4lj5: ClpB NBD2 from T. thermophilus in complex with ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lj5
タイトルClpB NBD2 from T. thermophilus in complex with ADP
要素Chaperone protein ClpB
キーワードCHAPERONE / AAA+ protein / nucleotide binding domain / molecular chaperone / disaggregase
機能・相同性
機能・相同性情報


protein unfolding / cellular response to heat / protein refolding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chaperonin ClpB / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / : / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / Clp repeat (R) domain profile. ...Chaperonin ClpB / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / : / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / Clp repeat (R) domain profile. / Clp, repeat (R) domain / Clp, N-terminal domain superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chaperone protein ClpB
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Zeymer, C. / Barends, T.R.M. / Werbeck, N.D. / Schlichting, I. / Reinstein, J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Elements in nucleotide sensing and hydrolysis of the AAA+ disaggregation machine ClpB: a structure-based mechanistic dissection of a molecular motor
著者: Zeymer, C. / Barends, T.R.M. / Werbeck, N.D. / Schlichting, I. / Reinstein, J.
履歴
登録2013年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月9日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperone protein ClpB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7852
ポリマ－38,3581
非ポリマー4271
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.060, 76.060, 120.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
詳細THE FULL PROTEIN FORMS A RANGE OF OLIGOMERS, AND THIS DOMAIN FORMS DIMERS IN SOLUTION UNDER CERTAIN CIRCUMSTANCES.

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要素

#1: タンパク質 Chaperone protein ClpB


分子量: 38358.000 Da / 分子数: 1 / 断片: nucleotide binding domain 2, UNP residues 520-854 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: clpB / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q9RA63
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M sodium citrate, 0.1M HEPES/NaOH, 20% isopropanol, 2mM ADP, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.01096 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月2日
放射モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.01096 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 17302 / Num. obs: 17302 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 10.12
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.774 / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QVR

1qvr


解像度: 2.4→19.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 19.264 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.466 / ESU R Free: 0.283 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27211 762 5 %RANDOM
Rwork0.23522 ---
all0.23706 14464 --
obs0.23706 14464 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 65.332 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.75 Å20.38 Å20 Å2
2--0.75 Å20 Å2
3----1.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2535 0 27 58 2620
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0222607
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022519
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9222.0013531
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.71935815
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.35317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.50722.917120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.50915468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9241530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.2408
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.022840
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02531
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.160.2506
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1510.22455
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1590.21238
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0780.21490
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0870.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0810.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1360.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1380.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1721.52075
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0211.5646
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.19222576
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.36331139
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.6034.5955
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 56 -
Rwork0.292 1071 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.97320.8582-0.80755.5028-0.76715.4135-0.143-0.1064-0.33620.6267-0.2029-0.08720.32610.29210.3459-0.20630.0285-0.0144-0.3925-0.0214-0.170347.8465.65748.872
28.00711.9258-3.493123.0496-9.11327.7813-0.02311.4013-0.3608-1.674-0.466-1.5260.21390.6480.4891-0.1171-0.02560.11210.3392-0.0342-0.068762.37913.0827.954
33.47752.15072.26967.38764.6815.6292-0.4272-0.10741.2735-0.6561-0.11880.7805-0.631-0.40590.546-0.2336-0.0079-0.2388-0.23980.08620.264751.28740.01950.491
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A550 - 710
2X-RAY DIFFRACTION1A741 - 755
3X-RAY DIFFRACTION2A711 - 740
4X-RAY DIFFRACTION3A756 - 849

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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