PDB-4lid: A100, A DNA binding scaffold from Sulfolobus spindle-shape virus 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lid

タイトル

A100, A DNA binding scaffold from Sulfolobus spindle-shape virus 1

要素

A-100

キーワード

VIRAL PROTEIN / Hyperthermophilic viral protein / SSV1 / Sulfolobus spindle-shape virus 1 / Archaea / A100 / DNA binding scaffold / A DNA binding scaffold

機能・相同性

Protein of unknown function DUF5517 / Family of unknown function (DUF5517) / Uncharacterized protein A-100

機能・相同性情報

生物種

Sulfolobus spindle-shaped virus 1 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Eilers, B.J. / Wagner, C. / Thomas, M.M. / Lawrence, C.M. / Young, M.J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: A100, A DNA binding scaffold from Sulfolobus spindle-shape virus 1
著者: Eilers, B.J. / Wagner, C. / Thomas, M.M. / Lawrence, C.M. / Young, M.J.

履歴

登録	2013年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lid.cif.gz	86.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lid.ent.gz	69.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lid.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/4lid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/4lid	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1jw8-3 4csg-1 2bw9-1 2030 4csg-2 4h5l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: A-100

B: A-100

25.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: A-100

B: A-100

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
152 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_655	-y+1,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_665	-x+y+1,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	10_665	-y+1,-x+1,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	11_655	-x+y+1,y,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	12_555	x,x-y,-z+1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	152.999, 152.999, 61.727
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.997449, 0.024832, 0.066928), (0.022809, -0.999264, 0.030831), (0.067645, -0.029226, -0.997281)	-1.79538, 86.53544, 27.88598

詳細

The biological assembly is a dodecamer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operations: x,y,z ; -y+1,-x+1,-z+1/2 ; -y+1,x-y,z ; x,x-y,-z+1/2 ; -x+y+1,-x+1,z ; and -x+y+1,y,-z+1/2 REMARK 350 REMARK 350 SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: DODECAMERIC REMARK 350 SOFTWARE USED: PISA v1.47 [21/3/2013] REMARK 350 TOTAL BURIED SURFACE AREA: 29840 ANGSTROM**2 REMARK 350 SURFACE AREA FOR THE COMPLEX: 49380 ANGSTROM**2 REMARK 350 CHANGE IN SOLVENT FREE ENERGY: -180 KCAL/MOL REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A, B REMARK 350 BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT1 2 0.500000 -0.866025 0.000000 76.49950 REMARK 350 BIOMT2 2 -0.866025 -0.500000 0.000000 132.50102 REMARK 350 BIOMT3 2 0.000000 0.000000 -1.000000 30.86350 REMARK 350 BIOMT1 3 -0.500000 -0.866025 0.000000 152.99900 REMARK 350 BIOMT2 3 0.866025 -0.500000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 3 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT1 4 0.500000 0.866025 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 4 0.866025 -0.500000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 4 0.000000 0.000000 -1.000000 30.86350 REMARK 350 BIOMT1 5 -0.500000 0.866025 0.000000 76.49950 REMARK 350 BIOMT2 5 -0.866025 -0.500000 0.000000 132.50102 REMARK 350 BIOMT3 5 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT1 6 -1.000000 0.000000 0.000000 152.99900 REMARK 350 BIOMT2 6 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 6 0.000000 0.000000 -1.000000 30.86350

#1: タンパク質	A-100 分子量: 12696.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfolobus spindle-shaped virus 1 (ウイルス) 遺伝子: a100 / プラスミド: pDest14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P20194

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	4.11	70.05
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
296	1	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	5.6	10mg/ml A100, 0.6-0.9M Ammonium dihydrogen phosphate, 20-30% Glycerol, 0.7M MES, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
296	2	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	5.6	10mg/ml selenomethionine incorporated A100,0.6-0.9M Ammonium dihydrogen phosphate, 20-30% Glycerol, 0.7M MES, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 102.5 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月14日 / 詳細: K-B focusing mirrors
放射	モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→38.25 Å / Num. all: 8956 / Num. obs: 8953 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 12.5 % / B_iso Wilson estimate: 94.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.014 / R_sym value: 0.047 / Net I/σ(I): 7.93
反射シェル	解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 12.5 % / R_merge(I) obs: 0.688 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 1263 / R_sym value: 0.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.7.0029	精密化
autoXDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3→21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 29.633 / SU ML: 0.243 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.525 / ESU R Free: 0.315 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25062	423	4.7 %	RANDOM
R_work	0.23707	-	-	-
all	0.2857	8957	-	-
obs	0.23767	8488	99.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 122.806 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.25 Å²	0.25 Å²	-0 Å²
2-	-	0.25 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1438	0	0	0	1438

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	1455
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1454
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.743	2	1953
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.96	3	3358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.546	5	169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.516	26.133	75
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.32	15	302
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.045	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	225
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1587
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	302

LS精密化シェル

解像度: 3→3.076 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.273	36	-
R_work	0.312	591	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.5096	1.4825	-1.0492	3.1863	-0.2372	21.7427	0.0073	0.2676	-0.1459	-0.0478	0.0994	0.059	-0.2823	-0.3504	-0.1067	0.3745	0.1139	-0.0174	0.4028	-0.0801	0.4312	31.7766	46.3208	23.6143
2	12.9715	-2.7303	-12.994	11.8003	6.5746	14.4056	-0.3664	3.5838	-0.0889	-1.4567	0.3981	-0.2679	-0.2266	-3.4828	-0.0316	1.0749	-0.0092	0.0274	2.2635	-0.1157	0.3193	35.6458	47.2297	1.669
3	8.4212	0.0379	-4.6856	9.264	1.5123	10.6814	-0.4747	2.3109	-0.2257	-1.2621	0.3627	-0.4117	-0.4015	-1.229	0.1119	0.9156	-0.1485	0.0413	1.4507	-0.0528	0.2769	42.082	49.2474	5.5185
4	10.8701	4.9203	-0.0494	11.5743	4.0949	6.113	-0.2803	0.6482	0.4684	-0.0201	0.0278	0.0822	-0.3145	-0.5007	0.2525	0.4652	0.0443	0.034	0.5505	0.0639	0.2244	45.3111	52.4299	14.9975
5	14.5284	0.398	16.7285	8.5392	2.9887	21.7725	0.9232	1.2178	-0.3192	-0.0159	-1.4426	1.1404	1.4033	0.3704	0.5194	0.6957	-0.2794	-0.0266	1.4214	-0.7302	0.6855	32.7607	38.9154	3.3526
6	6.6223	0.8651	-1.3872	5.8805	0.494	17.5065	-0.4751	-0.5936	-0.2563	0.8733	0.3045	-0.0909	-0.2975	0.5286	0.1706	0.4035	0.1769	0.0556	0.4357	0.0338	0.4036	35.2844	43.5011	30.5199
7	14.6499	4.5764	12.0445	8.0981	5.9282	28.9417	-0.4288	0.6432	-1.5564	0.0458	0.5486	0.7015	0.1851	-0.4947	-0.1197	0.276	0.0434	0.1862	0.3486	-0.1168	0.5927	33.7546	36.5654	22.0683
8	3.7979	-1.6466	2.6617	10.8601	3.8301	5.3979	-0.2818	0.3634	-0.6882	-0.517	0.7116	-1.2179	-0.0516	0.7124	-0.4298	0.4012	-0.0142	0.4165	0.4438	-0.2176	0.9679	50.5132	36.5182	16.527
9	1.8446	0.0934	1.3278	40.5368	2.6391	1.2009	0.2015	-0.3817	-0.9589	-1.7599	0.0993	1.0623	0.0619	-0.5568	-0.3008	0.864	-0.2479	0.359	1.0774	-0.6732	1.407	41.0617	28.0286	11.4994
10	13.1408	0.5082	-4.8189	6.483	1.8187	4.7259	-0.5278	0.1359	-0.4902	0.1643	0.4404	-0.3889	-0.1854	0.1144	0.0874	0.4122	0.0396	0.0342	0.4397	-0.0046	0.3599	41.7042	44.0075	20.9118

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 41
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	42 - 61
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	62 - 100
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	15 - 19
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	20 - 33
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	34 - 52
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	53 - 76
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	77 - 85
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	86 - 100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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