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- PDB-4li1: Crystal Structures of Lgr4 and its complex with R-spondin1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4li1
タイトルCrystal Structures of Lgr4 and its complex with R-spondin1
要素Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4
キーワードHORMONE RECEPTOR / LRR
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of FZD by ubiquitination / protein-hormone receptor activity / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / bone remodeling / negative regulation of cytokine production / bone mineralization / Wnt signaling pathway / osteoblast differentiation / transmembrane signaling receptor activity / rhythmic process ...Regulation of FZD by ubiquitination / protein-hormone receptor activity / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / bone remodeling / negative regulation of cytokine production / bone mineralization / Wnt signaling pathway / osteoblast differentiation / transmembrane signaling receptor activity / rhythmic process / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / spermatogenesis / G protein-coupled receptor signaling pathway / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycoprotein hormone receptor family / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. ...Glycoprotein hormone receptor family / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus tropicalis
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.658 Å
データ登録者Xu, Y. / Rajashankar, K. / Robev, D.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Crystal structures of lgr4 and its complex with R-spondin1.
著者: Xu, K. / Xu, Y. / Rajashankar, K.R. / Robev, D. / Nikolov, D.B.
履歴
登録2013年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月25日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4
A: Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5594
ポリマ－95,1162
非ポリマー4422
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4
ヘテロ分子

A: Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5594
ポリマ－95,1162
非ポリマー4422
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area3530 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area34490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.290, 158.582, 227.609
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled receptor 4


分子量: 47558.102 Da / 分子数: 2 / 断片: Extracellular domain residues 23-454 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus (Silurana) tropicalis (ネッタイツメガエル)
遺伝子: lgr4 / プラスミド: pCDNA3.1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 CELLS / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: B0BLW3
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.7
詳細: 22% PEG3350, 200 mM MgCl2 and 100 mM BisTris pH 5.7, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→113.8 Å / Num. all: 31899 / Num. obs: 31937 / % possible obs: 99.76 % / Observed criterion σ(F): 1.77 / Observed criterion σ(I): 1.77 / Biso Wilson estimate: 64.51 Å2

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.658→79.291 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7445 / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2717 1609 5.05 %
Rwork0.2159 --
obs0.2188 31891 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 120.05 Å2 / Biso mean: 63.6731 Å2 / Biso min: 25.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.658→79.291 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6601 0 28 174 6803
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096771
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5479206
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1221093
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081192
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6642483
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6582-2.7440.42211520.335627432895100
2.744-2.84210.35421410.282726812822100
2.8421-2.95590.2851270.256427172844100
2.9559-3.09040.34381530.252227192872100
3.0904-3.25330.35191410.261127392880100
3.2533-3.45720.35351360.250727372873100
3.4572-3.72410.29811310.21127582889100
3.7241-4.09880.2831380.19127582896100
4.0988-4.69190.20731500.182760291099
4.6919-5.9110.25481800.195927682948100
5.911-79.32630.23321600.21182902306299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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