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万見
- PDB-4lhz: Crystal structure of GTP-bound Rab8:Rabin8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lhz
タイトルCrystal structure of GTP-bound Rab8:Rabin8
要素
  • Rab-3A-interacting protein
  • Ras-related protein Rab-8A
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Small GTPase / Guanine Nucleotide Exchange Factor
機能・相同性
機能・相同性情報


ciliary basal body-plasma membrane docking / neurotransmitter receptor transport to postsynaptic membrane / Golgi vesicle fusion to target membrane / negative regulation of filopodium assembly / protein localization to organelle / regulation of protein transport / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / VxPx cargo-targeting to cilium / vesicle-mediated transport in synapse / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium ...ciliary basal body-plasma membrane docking / neurotransmitter receptor transport to postsynaptic membrane / Golgi vesicle fusion to target membrane / negative regulation of filopodium assembly / protein localization to organelle / regulation of protein transport / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / VxPx cargo-targeting to cilium / vesicle-mediated transport in synapse / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / Golgi to plasma membrane transport / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / trans-Golgi network transport vesicle / proximal dendrite / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / protein localization to cilium / endocytic recycling / non-motile cilium / vesicle docking involved in exocytosis / TBC/RABGAPs / protein targeting to membrane / ciliary membrane / ciliary base / Golgi organization / exocytosis / cilium assembly / phagocytic vesicle / centriole / axonogenesis / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / protein tyrosine kinase binding / guanyl-nucleotide exchange factor activity / trans-Golgi network membrane / small monomeric GTPase / protein localization to plasma membrane / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / small GTPase binding / autophagy / centriolar satellite / cellular response to insulin stimulus / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / synaptic vesicle / GDP binding / protein transport / actin cytoskeleton / lamellipodium / GTPase binding / midbody / vesicle / endosome membrane / lysosome / endosome / regulation of autophagy / ciliary basal body / cilium / Golgi membrane / neuronal cell body / GTPase activity / dendrite / centrosome / GTP binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4880 / GDP/GTP exchange factor Sec2, N-terminal / Guanine nucleotide exchange factor RAB3IL/RAB3IP/Sec2 / GDP/GTP exchange factor Sec2p / : / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #4880 / GDP/GTP exchange factor Sec2, N-terminal / Guanine nucleotide exchange factor RAB3IL/RAB3IP/Sec2 / GDP/GTP exchange factor Sec2p / : / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-8A / Rab-3A-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Guo, Z. / Hou, X.M. / Goody, R.S. / Itzen, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Intermediates in the Guanine Nucleotide Exchange Reaction of Rab8 Protein Catalyzed by Guanine Nucleotide Exchange Factors Rabin8 and GRAB.
著者: Guo, Z. / Hou, X. / Goody, R.S. / Itzen, A.
履歴
登録2013年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月18日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-8A
B: Ras-related protein Rab-8A
C: Rab-3A-interacting protein
D: Rab-3A-interacting protein
E: Rab-3A-interacting protein
F: Rab-3A-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4948
ポリマ－78,4486
非ポリマー1,0462
水00
1
A: Ras-related protein Rab-8A
E: Rab-3A-interacting protein
F: Rab-3A-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7474
ポリマ－39,2243
非ポリマー5231
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area17780 Å2
手法PISA
2
B: Ras-related protein Rab-8A
C: Rab-3A-interacting protein
D: Rab-3A-interacting protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7474
ポリマ－39,2243
非ポリマー5231
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5480 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area16490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.337, 165.561, 167.263
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-8A / Oncogene c-mel


分子量: 21259.371 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 1-184 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB8A, MEL, RAB8 / プラスミド: oPINE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL)DE3 / 参照: UniProt: P61006
#2: タンパク質
Rab-3A-interacting protein / Rab3A-interacting protein / Rabin-3 / SSX2-interacting protein


分子量: 8982.210 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 173-248 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB3IP, RABIN8 / プラスミド: pET19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL)DE3 / 参照: UniProt: Q96QF0
#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: Nucleotide-free Rab8a1 184:Rabin8157-232 was crystallized in 18% (w/v) PEG3350, 0.1 M Li2SO4, 0.1 M MES pH 6.6. Before data collection, the complex crystal was protected with cryo solution ...詳細: Nucleotide-free Rab8a1 184:Rabin8157-232 was crystallized in 18% (w/v) PEG3350, 0.1 M Li2SO4, 0.1 M MES pH 6.6. Before data collection, the complex crystal was protected with cryo solution (30% (w/v) PEG3350, 0.1 M Li2SO4, 0.1 M MES pH 6.6). In order to produce nucleotide-bound forms of Rab8:Rabin8 complexes, the nucleotide-free Rab8:Rabin8 crystals were soaked with cryo solution containing 30 % (w/v) PEG3350, 0.1 M Li2SO4, 0.1 M MES pH 6.6 and 1 mM respective nucleotide GDP/GTP for one hours at 278 K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→20 Å / Num. all: 19050 / Num. obs: 18932 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 9.9 / Observed criterion σ(I): 9.54

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
PHASES位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YZQ

1yzq


解像度: 3.2→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.889 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.857 / SU B: 0.005 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.469 / ESU R Free: 0.521 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30877 954 5.1 %RANDOM
Rwork0.27761 ---
obs0.27918 17905 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 92.122 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.28 Å20 Å20 Å2
2--2.11 Å20 Å2
3----6.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4735 0 64 0 4799
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0214854
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023132
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6391.9716555
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.43937664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.525641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.70425.025201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.43615809
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8531526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2761
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025503
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02955
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2680.21551
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.240.23529
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2030.22436
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1140.22549
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2205
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1060.25
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1920.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.250.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0560.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0951.53194
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0821.51323
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.99524969
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.11831660
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4154.51586
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.281 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.433 68 -
Rwork0.353 1301 -
obs--99.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8271-0.1223-0.27161.06040.22872.2538-0.01630.03540.03110.0047-0.0128-0.0113-0.0656-0.01730.0292-0.13630.0257-0.00760.02750.0060.002426.7985-31.0397-39.5516
20.50990.16560.35160.94130.66622.891-0.0452-0.1411-0.0098-0.0987-0.09310.0997-0.2782-0.36050.1383-0.19750.0732-0.07860.0683-0.02220.02689.1623-36.1337-78.4482
30.37470.62840.04797.5735-0.48070.0558-0.2456-0.0522-0.08930.24050.28720.1849-0.234-0.3366-0.04160.03640.0767-0.083-0.1135-0.0129-0.049915.0812-36.0304-93.7431
40.5396-1.23480.06248.85710.68120.1704-0.2723-0.066-0.15410.69310.3538-1.1987-0.07140.3163-0.0816-0.0963-0.014-0.1361-0.05740.0037-0.103523.7574-37.9582-92.3286
54.8244-5.55-1.57726.95191.26811.04170.0073-0.32930.3952-0.56360.1538-0.2662-0.09690.1685-0.1611-0.09670.05630.0556-0.11880.0138-0.06920.3717-34.2596-24.3311
65.1497-6.07740.40578.0332-0.99220.33820.39310.1926-0.4705-1.097-0.27240.75240.4065-0.5249-0.12070.00540.0263-0.009-0.0988-0.0385-0.084315.7792-41.8464-26.4082
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 177
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 177
3X-RAY DIFFRACTION3C157 - 228
4X-RAY DIFFRACTION4D157 - 227
5X-RAY DIFFRACTION5E157 - 232
6X-RAY DIFFRACTION6F157 - 232

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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