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- PDB-4lh5: Dual inhibition of HIV-1 replication by Integrase-LEDGF allosteri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lh5
タイトルDual inhibition of HIV-1 replication by Integrase-LEDGF allosteric inhibitors is predominant at post-integration stage during virus production rather than at integration
要素Integrase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotidyltransferase activity / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...nucleotidyltransferase activity / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / endonuclease activity / DNA recombination / nucleic acid binding / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral ...Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LF0 / Gag-Pol polyprotein / Integrase
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Ruff, M. / Levy, N. / Eiler, S.
引用ジャーナル: Retrovirology / 年: 2013
タイトル: Dual inhibition of HIV-1 replication by integrase-LEDGF allosteric inhibitors is predominant at the post-integration stage.
著者: Le Rouzic, E. / Bonnard, D. / Chasset, S. / Bruneau, J.M. / Chevreuil, F. / Le Strat, F. / Nguyen, J. / Beauvoir, R. / Amadori, C. / Brias, J. / Vomscheid, S. / Eiler, S. / Levy, N. / ...著者: Le Rouzic, E. / Bonnard, D. / Chasset, S. / Bruneau, J.M. / Chevreuil, F. / Le Strat, F. / Nguyen, J. / Beauvoir, R. / Amadori, C. / Brias, J. / Vomscheid, S. / Eiler, S. / Levy, N. / Delelis, O. / Deprez, E. / Saib, A. / Zamborlini, A. / Emiliani, S. / Ruff, M. / Ledoussal, B. / Moreau, F. / Benarous, R.
履歴
登録2013年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5693
ポリマ－20,1401
非ポリマー4302
水1,63991
1
A: Integrase
ヘテロ分子

A: Integrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,1396
ポリマ－40,2792
非ポリマー8604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-2/31
Buried area3790 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area11800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.938, 72.938, 65.881
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Integrase


分子量: 20139.646 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 50-212 / 変異: F185K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: pol / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9WJM2, UniProt: P12497*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-LF0 / (2S)-tert-butoxy[4-(3,4-dihydro-2H-chromen-6-yl)-2-methylquinolin-3-yl]ethanoic acid


分子量: 405.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H27NO4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.03 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.16-1.36 M ammonium sulfate, 50 mM sodium cacodylate-HCl pH6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→45.59 Å / Num. obs: 10071 / % possible obs: 97.6 % / Rmerge(I) obs: 0.029
反射 シェル解像度: 2.19→2.25 Å / 冗長度: 3.33 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Mean I/σ(I) obs: 8.96 / Num. unique all: 2971 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4LH4

4lh4


解像度: 2.19→45.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 4.447 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23625 530 5 %RANDOM
Rwork0.1777 ---
obs0.18067 10071 99.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.232 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20.01 Å2-0 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→45.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1030 0 31 91 1152
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0191082
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021076
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6141.9741467
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86832465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1495128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.47424.52442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.32915185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.494154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1770.2168
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021170
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02236
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5053.524521
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5033.518520
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.025.245646
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.0185.253647
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8434.154561
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.8434.154561
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.245.942822
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.04730.1591343
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.93229.8011318
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.25 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 34 -
Rwork0.253 665 -
obs--93.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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