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- PDB-6eb2: HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain Complexed with Allosteric I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eb2
タイトルHIV-1 Integrase Catalytic Core Domain Complexed with Allosteric Inhibitor (2S)-[1-(1-benzyl-1H-pyrazol-4-yl)-3-(3,4-dihydro-2H-1-benzopyran-6-yl)isoquinolin-4-yl](tert-butoxy)acetic acid
要素Integrase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / HIV / Integrase / inhibitor / allosteric / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-directed DNA polymerase activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / endonuclease activity / DNA recombination / symbiont entry into host cell / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Integrase core domain ...Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J3P / Integrase
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.493 Å
データ登録者Lindenberger, J.J. / Kobe, M. / Kvaratskhelia, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI110310 米国
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2019
タイトル: An Isoquinoline Scaffold as a Novel Class of Allosteric HIV-1 Integrase Inhibitors.
著者: Wilson, T.A. / Koneru, P.C. / Rebensburg, S.V. / Lindenberger, J.J. / Kobe, M.J. / Cockroft, N.T. / Adu-Ampratwum, D. / Larue, R.C. / Kvaratskhelia, M. / Fuchs, J.R.
履歴
登録2018年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8802
ポリマ－20,3331
非ポリマー5481
水39622
1
A: Integrase
ヘテロ分子

A: Integrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7614
ポリマ－40,6662
非ポリマー1,0952
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-2/31
Buried area3250 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area11660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.097, 72.097, 66.427
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-416-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Integrase


分子量: 20332.787 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic core domain (UNP residues 50-212) / 変異: F185H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F2WR52
#2: 化合物 ChemComp-J3P / (2S)-[1-(1-benzyl-1H-pyrazol-4-yl)-3-(3,4-dihydro-2H-1-benzopyran-6-yl)isoquinolin-4-yl](tert-butoxy)acetic acid


分子量: 547.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H33N3O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.82 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 10% PEG8000, 5 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.514 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.514 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.493→50 Å / Num. obs: 7053 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4.2 % / Rpim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 15.07
反射 シェル解像度: 2.493→2.54 Å / Rpim(I) all: 0.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIXモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4O55

4o55


解像度: 2.493→45.495 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2481 710 10.21 %
Rwork0.2031 --
obs0.2079 7050 94.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.493→45.495 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1034 0 41 22 1097
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141100
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3621497
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.374620
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057165
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007180
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4933-2.59310.29951390.251282X-RAY DIFFRACTION95
2.5931-2.71110.2981380.24731288X-RAY DIFFRACTION97
2.7111-2.8540.25011620.24031306X-RAY DIFFRACTION97
2.854-3.03280.30431460.22261300X-RAY DIFFRACTION96
3.0328-3.26690.30311410.21791304X-RAY DIFFRACTION96
3.2669-3.59550.25061450.19161287X-RAY DIFFRACTION95
3.5955-4.11550.24091460.18251266X-RAY DIFFRACTION95
4.1155-5.18390.19781510.17261274X-RAY DIFFRACTION94
5.1839-45.50270.2251400.20341191X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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