PDB-4lh3: Structure of mouse 1-Pyrroline-5-Carboxylate Dehydrogenase (ALDH4...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lh3

タイトル

Structure of mouse 1-Pyrroline-5-Carboxylate Dehydrogenase (ALDH4A1) complexed with glutarate

要素

Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Proline catabolism Substrate recognition / Rossmann Fold

機能・相同性

機能・相同性情報

Proline catabolism / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase activity / L-proline catabolic process to L-glutamate / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 / 解像度: 1.813 Å

データ登録者

Pemberton, T.A. / Tanner, J.J.

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2013
タイトル: Structural basis of substrate selectivity of Delta (1)-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase (ALDH4A1): Semialdehyde chain length.
著者: Pemberton, T.A. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2013年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月9日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lh3.cif.gz	416.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lh3.ent.gz	337.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lh3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/4lh3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/4lh3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lgzC 4lh0C 4lh1C 4lh2C 3v9g 3v9h 3v9i 3v9j 3v9k 3v9l C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ej6-d 2bhp-d 3v9g-2 4e3x-d 2ejd-d 2eit-d 3rjl-12 2bjk-d 4lh2-d 3qan-1 2ejl-d 3v9j-d 2j40-d 3v9h-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial

B: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial

ヘテロ分子

125 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.871, 93.992, 132.251
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial / P5C dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase family 4 member A1 分子量: 61954.215 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 21-562 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: mitochondrial / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Aldh4a1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8CHT0, EC: 1.5.1.12
#2: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GUA / GLUTARIC ACID / グルタル酸分子量: 132.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₈O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 711 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.21 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 15-25% PEG 3350, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 148 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年8月23日

放射

モノクロメーター: osmic blue / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.813→19.661 Å / Num. all: 94657 / Num. obs: 94657 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.9 % / R_sym value: 0.092 / Net I/σ(I): 11.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.81-1.91	3.7	0.593	1.2	46954	12616	0.593	90.9
1.91-2.03	4.5	0.345	2.2	59816	13172	0.345	99.9
2.03-2.17	4.9	0.24	3.2	61288	12409	0.24	100
2.17-2.34	5.1	0.166	4.6	59257	11586	0.166	99.9
2.34-2.56	5.2	0.122	6.2	55086	10659	0.122	100
2.56-2.87	5.1	0.095	7.9	49853	9692	0.095	99.8
2.87-3.31	5.2	0.067	10.8	44178	8542	0.067	99.6
3.31-4.05	5.2	0.049	13.6	37880	7255	0.049	99.4
4.05-5.73	5.3	0.041	15.1	29628	5639	0.041	98.7
5.73-19.661	5.1	0.039	14.8	15764	3087	0.039	94.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CrystalClear		データ収集
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 1.813→19.63 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / FOM work R set: 0.8818 / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.95 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2028	4757	5.04 %
R_work	0.1663	89713	-
obs	0.1682	94470	98.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.436 Å² / k_sol: 0.399 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 61.05 Å² / B_iso mean: 17.1894 Å² / B_iso min: 4.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.2438 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	3.6752 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.4314 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.813→19.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8166	0	50	711	8927

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	8467
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.029	11528
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	1271
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1508
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.249	3036

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8133-1.8339	0.4376	104	0.405	2187	2291	72
1.8339-1.8555	0.4111	123	0.3636	2562	2685	85
1.8555-1.8781	0.2879	165	0.2415	2946	3111	99
1.8781-1.9019	0.2685	172	0.2151	2994	3166	100
1.9019-1.9269	0.2626	165	0.1925	3039	3204	100
1.9269-1.9532	0.2349	138	0.186	3026	3164	100
1.9532-1.9811	0.2245	161	0.172	3007	3168	100
1.9811-2.0107	0.2282	168	0.1639	3021	3189	100
2.0107-2.042	0.1815	154	0.1621	3029	3183	100
2.042-2.0755	0.2326	157	0.1627	3001	3158	100
2.0755-2.1112	0.2446	157	0.1595	3043	3200	100
2.1112-2.1496	0.2277	164	0.1551	3003	3167	100
2.1496-2.1909	0.2179	154	0.1445	3033	3187	100
2.1909-2.2355	0.1866	149	0.1501	3049	3198	100
2.2355-2.2841	0.1868	155	0.1508	3006	3161	100
2.2841-2.3371	0.2053	171	0.1517	3014	3185	100
2.3371-2.3955	0.209	150	0.1523	3067	3217	100
2.3955-2.4601	0.194	147	0.1516	3021	3168	100
2.4601-2.5324	0.204	177	0.1585	3046	3223	100
2.5324-2.6139	0.1782	157	0.1578	3035	3192	100
2.6139-2.7071	0.1991	187	0.1701	2993	3180	99
2.7071-2.8152	0.22	163	0.1709	3062	3225	100
2.8152-2.9429	0.2027	165	0.1686	3048	3213	100
2.9429-3.0975	0.1979	162	0.1771	3000	3162	99
3.0975-3.2907	0.2087	166	0.1838	3057	3223	99
3.2907-3.5435	0.1919	163	0.167	3062	3225	99
3.5435-3.8975	0.1789	182	0.1507	3055	3237	99
3.8975-4.4558	0.1596	163	0.1321	3071	3234	99
4.4558-5.5922	0.1602	159	0.1305	3088	3247	98
5.5922-19.6313	0.1709	159	0.1677	3148	3307	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.321	-0.0486	-0.0645	0.1193	0.0524	0.2034	0.0072	-0.0114	0.0323	-0.0166	0.0141	-0.0266	-0.0249	0.0478	-0.0191	0.0509	-0.005	0.0054	0.0477	0.0044	0.058	19.581	0.7411	3.2526
2	0.4409	-0.0793	-0.0384	0.1582	0.0475	0.117	-0.0207	-0.0635	0.0212	0.0042	-0.0009	0.0057	-0.0232	-0.0299	0.0169	0.0538	0.0117	0.0011	0.0372	-0.0042	0.0442	-12.3019	7.1371	18.2806

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	Chain A	A	31 - 563
2	X-RAY DIFFRACTION	2	Chain B	B	19 - 563

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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