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- PDB-4lgl: Crystal Structure of Glycine Decarboxylase P-protein from Synecho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lgl
タイトルCrystal Structure of Glycine Decarboxylase P-protein from Synechocystis sp. PCC 6803, apo form
要素Glycine dehydrogenase [decarboxylating]
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha(2) homodimeric / dehydrogenase (decarboxylating) / S / S-(2-hydroxyethyl)thiocysteine
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine dehydrogenase (aminomethyl-transferring) / glycine dehydrogenase (decarboxylating) activity / glycine decarboxylation via glycine cleavage system / glycine cleavage complex / glycine binding / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycine dehydrogenase (decarboxylating) / Glycine cleavage system P protein / : / : / Glycine cleavage system P-protein / Glycine dehydrogenase, C-terminal domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycine dehydrogenase (decarboxylating)
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.0004 Å
データ登録者Hasse, D. / Andersson, E. / Carlsson, G. / Masloboy, A. / Hagemann, M. / Bauwe, H. / Andersson, I.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structure of the Homodimeric Glycine Decarboxylase P-protein from Synechocystis sp. PCC 6803 Suggests a Mechanism for Redox Regulation.
著者: Hasse, D. / Andersson, E. / Carlsson, G. / Masloboy, A. / Hagemann, M. / Bauwe, H. / Andersson, I.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction analyses of the homodimeric glycine decarboxylase (P-protein) from the cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803.
著者: Hasse, D. / Hagemann, M. / Andersson, I. / Bauwe, H.
履歴
登録2013年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 1.22013年12月25日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycine dehydrogenase [decarboxylating]
B: Glycine dehydrogenase [decarboxylating]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,4626
ポリマ－215,1472
非ポリマー3154
水15,583865
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8730 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area58490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.299, 135.814, 179.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glycine dehydrogenase [decarboxylating] / Glycine cleavage system P-protein / Glycine decarboxylase


分子量: 107573.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: gcvP, slr0293 / プラスミド: pBAD-slr0293 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LMG194
参照: UniProt: P74416, glycine dehydrogenase (aminomethyl-transferring)
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 865 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.75
詳細: 100 mM Tris-HCl pH 7.75, 17% PEG 3350, 0.25 M LiCl and 10 mM 2-mercaptoethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月29日
放射モノクロメーター: na / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→54.11 Å / Num. all: 158584 / Num. obs: 158314 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 32.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 26.88
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.555 / Mean I/σ(I) obs: 3.53 / Num. unique all: 15696 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1WYT heterodimer

1wyt


解像度: 2.0004→54.107 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1919 7941 5.02 %random
Rwork0.1606 ---
all0.1594 158584 --
obs0.1622 158203 99.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.935 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.2523 Å2-0 Å2-0 Å2
2---4.4343 Å20 Å2
3----4.818 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.0004→54.107 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14441 0 18 865 15324
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00714966
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05820361
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3295467
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0752260
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052670
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0004-2.02310.30542580.22234929X-RAY DIFFRACTION99
2.0231-2.04690.22832610.20214958X-RAY DIFFRACTION100
2.0469-2.07190.2462680.18464976X-RAY DIFFRACTION100
2.0719-2.09810.222520.18124965X-RAY DIFFRACTION100
2.0981-2.12570.20842510.17174990X-RAY DIFFRACTION100
2.1257-2.15480.23482490.16864972X-RAY DIFFRACTION100
2.1548-2.18560.22292590.17184998X-RAY DIFFRACTION100
2.1856-2.21820.19062590.16064958X-RAY DIFFRACTION100
2.2182-2.25290.19722620.15674975X-RAY DIFFRACTION100
2.2529-2.28980.1892800.16194966X-RAY DIFFRACTION100
2.2898-2.32930.19392650.15884964X-RAY DIFFRACTION100
2.3293-2.37170.20862630.15584985X-RAY DIFFRACTION100
2.3717-2.41730.23962720.16774990X-RAY DIFFRACTION100
2.4173-2.46660.20992820.16764964X-RAY DIFFRACTION100
2.4666-2.52030.20822610.16995009X-RAY DIFFRACTION100
2.5203-2.57890.22242690.16894964X-RAY DIFFRACTION100
2.5789-2.64340.21612660.17695018X-RAY DIFFRACTION100
2.6434-2.71490.21882830.17514994X-RAY DIFFRACTION100
2.7149-2.79470.2272560.1674975X-RAY DIFFRACTION100
2.7947-2.88490.19182760.1645014X-RAY DIFFRACTION100
2.8849-2.9880.19292680.16985019X-RAY DIFFRACTION100
2.988-3.10770.212590.17675035X-RAY DIFFRACTION100
3.1077-3.24910.20712880.18144989X-RAY DIFFRACTION100
3.2491-3.42040.2192430.1745048X-RAY DIFFRACTION100
3.4204-3.63460.17822570.1675065X-RAY DIFFRACTION100
3.6346-3.91520.15742480.14955055X-RAY DIFFRACTION100
3.9152-4.3090.16412970.1365035X-RAY DIFFRACTION99
4.309-4.93220.16072650.12895034X-RAY DIFFRACTION99
4.9322-6.21260.17232620.1525148X-RAY DIFFRACTION100
6.2126-54.12650.17452620.15625270X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6318-0.1561-0.21250.6787-0.11250.7635-0.00080.0315-0.0026-0.1054-0.0751-0.08790.06710.19680.0630.16680.0337-0.00280.20770.01860.1379-13.1647-17.967119.8353
20.6824-0.1262-0.14230.64970.16880.938-0.0393-0.11740.25970.0130.0086-0.0473-0.278-0.02160.01380.22060.0426-0.05630.135-0.07140.2532-34.59811.450244.3764
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resseq 18:975)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 20:978)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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