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- PDB-4lg9: Crystal structure of TBL1XR1 WD40 repeats -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lg9
タイトルCrystal structure of TBL1XR1 WD40 repeats
要素F-box-like/WD repeat-containing protein TBL1XR1
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics Consortium / SGC / WD40 repeats
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of triglyceride metabolic process / Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / blastocyst hatching / fat pad development / Notch-HLH transcription pathway / response to dietary excess / histone deacetylase complex / Regulation of MECP2 expression and activity / white fat cell differentiation / lipid catabolic process ...regulation of triglyceride metabolic process / Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / blastocyst hatching / fat pad development / Notch-HLH transcription pathway / response to dietary excess / histone deacetylase complex / Regulation of MECP2 expression and activity / white fat cell differentiation / lipid catabolic process / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / RORA activates gene expression / transcription repressor complex / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / HDACs deacetylate histones / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / multicellular organism growth / mitotic spindle / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / beta-catenin binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / HCMV Early Events / transcription corepressor activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / Circadian Clock / chromatin organization / histone binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription cis-regulatory region binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
F-box-like/WD repeat-containing protein Ebi-like / LisH / Lissencephaly type-1-like homology motif / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site ...F-box-like/WD repeat-containing protein Ebi-like / LisH / Lissencephaly type-1-like homology motif / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
F-box-like/WD repeat-containing protein TBL1XR1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Xu, C. / Tempel, W. / He, H. / Wu, X. / Seitova, A. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of TBL1XR1 WD40 repeats
著者: Xu, C. / Tempel, W. / He, H. / Wu, X. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J.
履歴
登録2013年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Structure summary
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F-box-like/WD repeat-containing protein TBL1XR1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,64924
ポリマ－43,6491
非ポリマー023
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.776, 90.776, 104.853
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細AUTHORS STATE THAT THe BIOLOGICAL MOLECULE IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 F-box-like/WD repeat-containing protein TBL1XR1 / Nuclear receptor corepressor/HDAC3 complex subunit TBLR1 / TBL1-related protein 1 / Transducin beta- ...Nuclear receptor corepressor/HDAC3 complex subunit TBLR1 / TBL1-related protein 1 / Transducin beta-like 1X-related protein 1


分子量: 43649.469 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 134-514 / 変異: L438M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TBL1XR1, IRA1, TBLR1 / プラスミド: pFBOH-LIC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: Q9BZK7
#2: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 23 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.95 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / 詳細: vapor diffusion

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→78.614 Å / Num. obs: 23135 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.3 % / Rsym value: 0.149 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
1.93-2.036.50.9790.80.9791100
2.03-2.166.50.5871.30.5871100
2.16-2.316.70.1484.20.148199.8
2.31-2.4911.40.3462.20.3461100
2.49-2.7311.40.25530.2551100
2.73-3.0511.40.1624.80.1621100
3.05-3.5211.40.0938.10.0931100
3.52-4.3210.70.0885.70.0881100
4.32-6.111.10.05113.70.0511100
6.1-45.38810.50.05113.30.051199.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXdev_1439精密化
PDB_EXTRACT3.12データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2ymu, ensemble of triple repeats (345-467, 102-225)

2ymu


解像度: 2.28→45.388 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / SU ML: 0.23 / σ(F): 0.15 / 位相誤差: 19.63 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: ARP/WARP, REFMAC, COOT AND THE MOLPROBITY SERVER WERE ALSO USED DURING REFINEMENT. RESOLUTION WAS LIMITED TO 2.28A DUE TO THE PRESENCE OF STRONG ICE RINGS ON DIFFRACTION IMAGES. UNMERGED ...詳細: ARP/WARP, REFMAC, COOT AND THE MOLPROBITY SERVER WERE ALSO USED DURING REFINEMENT. RESOLUTION WAS LIMITED TO 2.28A DUE TO THE PRESENCE OF STRONG ICE RINGS ON DIFFRACTION IMAGES. UNMERGED INTENSITIES TO 1.93A RESOLUTION ARE ALSO PROVIDED. DENSITY FOR RESIDUE 270 DOES NOT MATCH PHENYLALANYL TYPE.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2081 2270 5.18 %
Rwork0.1632 --
obs0.1656 23135 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 9.4511 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→45.388 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2672 0 23 160 2855
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072812
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1493845
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.272993
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046429
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005495
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.28-2.32960.24921370.18062600X-RAY DIFFRACTION100
2.3296-2.38380.21231230.16442665X-RAY DIFFRACTION100
2.3838-2.44340.1971510.15062559X-RAY DIFFRACTION100
2.4434-2.50940.21761370.15542597X-RAY DIFFRACTION100
2.5094-2.58330.21881490.16142636X-RAY DIFFRACTION100
2.5833-2.66660.21091500.16332611X-RAY DIFFRACTION100
2.6666-2.76190.22791280.1692628X-RAY DIFFRACTION100
2.7619-2.87250.24861490.17422584X-RAY DIFFRACTION100
2.8725-3.00320.22841730.16942597X-RAY DIFFRACTION100
3.0032-3.16150.21781320.17432614X-RAY DIFFRACTION100
3.1615-3.35950.22461390.17272631X-RAY DIFFRACTION100
3.3595-3.61880.21051650.16182568X-RAY DIFFRACTION100
3.6188-3.98280.25561230.18322385X-RAY DIFFRACTION91
3.9828-4.55870.16051620.12782603X-RAY DIFFRACTION100
4.5587-5.74160.1631370.13892624X-RAY DIFFRACTION100
5.7416-45.39680.1671150.18572643X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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