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- PDB-4lg8: Crystal structure of PRPF19 WD40 repeats -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lg8
タイトルCrystal structure of PRPF19 WD40 repeats
要素Pre-mRNA-processing factor 19
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Structural Genomics Consortium / SGC / wd40 repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


U2-type catalytic step 1 spliceosome / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / U2-type catalytic step 2 spliceosome / inner cell mass cell proliferation / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / lipid biosynthetic process / spliceosomal complex assembly / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / Prp19 complex / protein K63-linked ubiquitination ...U2-type catalytic step 1 spliceosome / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / U2-type catalytic step 2 spliceosome / inner cell mass cell proliferation / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / lipid biosynthetic process / spliceosomal complex assembly / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / Prp19 complex / protein K63-linked ubiquitination / proteasomal protein catabolic process / lipid droplet / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / DNA damage checkpoint signaling / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / RING-type E3 ubiquitin transferase / double-strand break repair via nonhomologous end joining / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / spindle / Dual incision in TC-NER / protein polyubiquitination / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / intracellular protein localization / site of double-strand break / nuclear speck / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Prp19 WD40 domain / Pre-mRNA-splicing factor 19 / Pre-mRNA-processing factor 19 / : / Prp19/Pso4-like / U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase ...Prp19 WD40 domain / Pre-mRNA-splicing factor 19 / Pre-mRNA-processing factor 19 / : / Prp19/Pso4-like / U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-mRNA-processing factor 19
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Xu, C. / Tempel, W. / He, H. / Dobrovetsky, E. / Seitova, A. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of the WD40 domain of human PRPF19.
著者: Zhang, Y. / Li, Y. / Liang, X. / Zhu, Z. / Sun, H. / He, H. / Min, J. / Liao, S. / Liu, Y.
履歴
登録2013年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月22日Group: Structure summary
改定 1.22017年5月10日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-processing factor 19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,10617
ポリマ－39,0601
非ポリマー4616
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.055, 83.055, 75.533
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Pre-mRNA-processing factor 19 / Nuclear matrix protein 200 / PRP19/PSO4 homolog / hPso4 / Senescence evasion factor


分子量: 39059.914 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 169-504 / 変異: K189E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: sf9 / 遺伝子: PRPF19, NMP200, PRP19, SNEV / プラスミド: pFBOH-MHL / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UMS4
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 14 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHOR STATES THAT PROTEOLYSIS OF THE PROTEIN CONSTRUCT MAY HAVE OCCURRED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 20% PEG-3350, 0.2 M disodium tartrate, vapor diffusion, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→40 Å / Num. obs: 24511 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1.936 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.89-1.929.90.98611811.3551100
1.92-1.969.90.89512131.3811100
1.96-2100.72412051.4911100
2-2.0410.20.63412251.4941100
2.04-2.0810.20.51112051.5431100
2.08-2.1310.20.44312141.6351100
2.13-2.1810.20.38411981.7031100
2.18-2.2410.30.31112401.831100
2.24-2.3110.30.28411901.821100
2.31-2.3810.40.25712141.8431100
2.38-2.4710.40.21612331.8851100
2.47-2.5610.50.18812061.9141100
2.56-2.6810.50.16312381.9561100
2.68-2.8210.50.11912042.0261100
2.82-310.50.10112282.1271100
3-3.2310.50.07812252.2111100
3.23-3.5610.50.05612462.2811100
3.56-4.0710.40.04812472.4891100
4.07-5.1310.30.04112692.5531100
5.13-409.60.05213302.981100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.12データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3OW8, 2YMU, 2CO0

3ow8

2ymu

2co0


解像度: 1.89→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / WRfactor Rfree: 0.1761 / WRfactor Rwork: 0.1418 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8726 / SU B: 5.856 / SU ML: 0.087 / SU R Cruickshank DPI: 0.1321 / SU Rfree: 0.1251 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: phenix, arp/warp, coot and the molprobity server were also used during refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1968 1231 5 %RANDOM
Rwork0.156 ---
obs0.1581 24457 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 92.5 Å2 / Biso mean: 33.7748 Å2 / Biso min: 18.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8 Å2-0.8 Å20 Å2
2---0.8 Å20 Å2
3---2.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2353 0 16 135 2504
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192439
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022269
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4581.9373325
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80735230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1985315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.0224.64699
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.09815391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.35156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2389
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022774
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02558
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.892.141245
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8842.1391244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5963.2011556
LS精密化 シェル解像度: 1.89→1.939 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 95 -
Rwork0.231 1649 -
all-1744 -
obs--97.81 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.6593 Å / Origin y: 2.5142 Å / Origin z: 7.9443 Å
111213212223313233
T0.0626 Å20.0014 Å2-0.0058 Å2-0.0521 Å2-0.0108 Å2--0.0245 Å2
L1.5648 °2-0.5232 °2-0.1497 °2-2.0825 °2-0.0774 °2--0.572 °2
S-0.0101 Å °0.114 Å °-0.1516 Å °-0.1214 Å °-0.007 Å °0.186 Å °0.0756 Å °-0.1002 Å °0.0171 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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