[日本語] English
万見
- PDB-4lg6: Crystal structure of ANKRA2-CCDC8 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lg6
タイトルCrystal structure of ANKRA2-CCDC8 complex
要素
  • Ankyrin repeat family A protein 2
  • Coiled-coil domain-containing protein 8
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Structural Genomics Consortium / SGC / ankyrin repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


3M complex / negative regulation of phosphatase activity / regulation of mitotic nuclear division / low-density lipoprotein particle receptor binding / regulation of protein-containing complex assembly / post-translational protein modification / histone deacetylase binding / microtubule cytoskeleton organization / Neddylation / regulation of gene expression ...3M complex / negative regulation of phosphatase activity / regulation of mitotic nuclear division / low-density lipoprotein particle receptor binding / regulation of protein-containing complex assembly / post-translational protein modification / histone deacetylase binding / microtubule cytoskeleton organization / Neddylation / regulation of gene expression / cytoskeleton / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / protein-containing complex / nucleoplasm / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Paraneoplastic antigen Ma / PNMA / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat ...: / Paraneoplastic antigen Ma / PNMA / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Coiled-coil domain-containing protein 8 / Ankyrin repeat family A protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Xu, C. / Bian, C. / Tempel, W. / Mackenzie, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Ankyrin Repeats of ANKRA2 Recognize a PxLPxL Motif on the 3M Syndrome Protein CCDC8.
著者: Nie, J. / Xu, C. / Jin, J. / Aka, J.A. / Tempel, W. / Nguyen, V. / You, L. / Weist, R. / Min, J. / Pawson, T. / Yang, X.J.
履歴
登録2013年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Database references
改定 1.22015年4月29日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.type / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ankyrin repeat family A protein 2
B: Coiled-coil domain-containing protein 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8625
ポリマ－20,8622
非ポリマー03
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area8890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.726, 49.791, 41.243
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.230, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Ankyrin repeat family A protein 2 / RFXANK-like protein 2


分子量: 18784.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANKRA2, ANKRA / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q9H9E1
#2: タンパク質・ペプチド Coiled-coil domain-containing protein 8


分子量: 2077.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H0W5
#3: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG3350, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40.818 Å / Num. all: 14082 / Num. obs: 14082 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.8-1.93.70.651.2732819880.6594.8
1.9-2.013.70.322.4709919170.3295.7
2.01-2.153.70.174.6670818090.1796.1
2.15-2.323.70.1186.6626816820.11897.1
2.32-2.553.70.0799.8583415650.07997.2
2.55-2.853.70.05513.8533214290.05598
2.85-3.293.70.03520477612900.03599
3.29-4.023.70.02723.1396510800.02798.8
4.02-5.693.60.02426.230578450.02499.1
5.69-26.1353.50.0224.816884770.0298.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SO8

3so8


解像度: 1.8→26.149 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / WRfactor Rfree: 0.202 / WRfactor Rwork: 0.186 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 3.465 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE program coot and the molprobity server were also used during refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2085 712 5.057 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.197 14080 97.023 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso max: 73.83 Å2 / Biso mean: 29.629 Å2 / Biso min: 13.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.716 Å20 Å2-1.099 Å2
2---0.291 Å20 Å2
3----1.215 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→26.149 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1300 0 3 53 1356
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0191363
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021278
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3521.971869
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78832948
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0415186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.45626.36455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.64115219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.074152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2223
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211575
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02284
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0432.897712
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0422.902713
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1864.324890
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.8470.339460.299966107294.403
1.847-1.8970.3460.259927102295.205
1.897-1.9520.264480.244919101095.743
1.952-2.0120.297530.2288497795.906
2.012-2.0770.252410.20486594895.57
2.077-2.150.247410.21585892796.98
2.15-2.2310.188360.2280787396.564
2.231-2.3210.284380.21279785697.547
2.321-2.4240.243320.2178784497.038
2.424-2.5410.232400.20870276297.375
2.541-2.6770.255410.22269074897.727
2.677-2.8380.312360.20566571398.317
2.838-3.0330.164390.20161666398.793
3.033-3.2730.217280.18159663099.048
3.273-3.5810.194310.17853857998.273
3.581-3.9960.174270.15848952099.231
3.996-4.6010.125330.14342946798.929
4.601-5.6020.184280.16336139398.982
5.602-7.7880.139140.22429931499.682
7.788-300.227140.19617318998.942

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る