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万見
- PDB-4lfn: Crystal Structure of D-galactose-6-phosphate isomerase in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lfn
タイトルCrystal Structure of D-galactose-6-phosphate isomerase in complex with D-ribulose
要素
  • Galactose-6-phosphate isomerase subunit A
  • Galactose-6-phosphate isomerase subunit B
キーワードISOMERASE / Rossmann-like alpha-beta-alpha sandwich fold / Rossmann Fold / Sugar-phosphate Binding / Isomerization
機能・相同性Ribose 5-phosphate Isomerase B; Chain: A, / Sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / D-ribulose / : / :
機能・相同性情報
生物種Lactobacillus rhamnosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Jung, W.S. / Pan, C.H.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Crystal structure and substrate specificity of D-galactose-6-phosphate isomerase complexed with substrates.
著者: Jung, W.S. / Singh, R.K. / Lee, J.K. / Pan, C.H.
履歴
登録2013年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月1日Group: Atomic model / Database references / カテゴリ: atom_site / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galactose-6-phosphate isomerase subunit A
B: Galactose-6-phosphate isomerase subunit B
C: Galactose-6-phosphate isomerase subunit A
D: Galactose-6-phosphate isomerase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8486
ポリマ－73,5474
非ポリマー3002
水3,945219
1
A: Galactose-6-phosphate isomerase subunit A
B: Galactose-6-phosphate isomerase subunit B
C: Galactose-6-phosphate isomerase subunit A
D: Galactose-6-phosphate isomerase subunit B
ヘテロ分子

A: Galactose-6-phosphate isomerase subunit A
B: Galactose-6-phosphate isomerase subunit B
C: Galactose-6-phosphate isomerase subunit A
D: Galactose-6-phosphate isomerase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,69512
ポリマ－147,0958
非ポリマー6014
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area23510 Å2
ΔGint-120 kcal/mol
Surface area42780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.261, 116.009, 54.752
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Galactose-6-phosphate isomerase subunit A / LacA


分子量: 17884.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus rhamnosus (バクテリア)
株: Lc 705 / 遺伝子: lacA, LC705_00641 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C7TGZ6, EC: 5.3.1.26
#2: タンパク質 Galactose-6-phosphate isomerase subunit B


分子量: 18889.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus rhamnosus (バクテリア)
株: Lc 705 / 遺伝子: lacB, LC705_00640 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C7TGZ5, EC: 5.3.1.26
#3: 糖 ChemComp-RBL / D-ribulose / D-リブロ-ス


タイプ: D-saccharide / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.38 % / Mosaicity: 0.721 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M potassium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97932 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 82263 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 1.148 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.65-1.6810.30.59739560.608195.9
1.68-1.7111.70.55140730.617197.3
1.71-1.74120.46340300.673198.4
1.74-1.78120.38840820.713198
1.78-1.82120.34541240.754199
1.82-1.8612.10.29440760.811198.6
1.86-1.912.20.2541100.881198.7
1.9-1.9612.20.20941520.96199.2
1.96-2.0112.30.18541181.042199.5
2.01-2.0812.40.16241371.123199.2
2.08-2.1512.40.14641371.187199.3
2.15-2.2412.50.13341721.242199.5
2.24-2.3412.50.12541621.332199.5
2.34-2.4612.60.11741781.354199.5
2.46-2.6212.70.10742051.465199.7
2.62-2.82130.141761.511199.6
2.82-3.1113.40.09342091.603199.2
3.11-3.5513.50.08641701.704197.9
3.55-4.4812.10.0839961.724192.5
4.48-5011.70.06940001.304188.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LFK

4lfk


解像度: 1.65→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2587 7656 9.1 %
Rwork0.2408 --
obs-76172 91 %
溶媒の処理Bsol: 26.0184 Å2
原子変位パラメータBiso max: 57.04 Å2 / Biso mean: 25.5088 Å2 / Biso min: 11.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.916 Å20 Å20 Å2
2---0.055 Å20 Å2
3---2.971 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4842 0 20 219 5081
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.0391.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.6672
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.5292
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.4022.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:carbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION6rbs.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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