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- PDB-4lcv: Crystal Structure of DOC2B C2A domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lcv
タイトルCrystal Structure of DOC2B C2A domain
要素Double C2-like domain-containing protein beta
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / C2 / Calcium binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / spontaneous neurotransmitter secretion / positive regulation of vesicle fusion / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / calcium-dependent phospholipid binding / syntaxin binding / exocytosis / positive regulation of insulin secretion ...calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / spontaneous neurotransmitter secretion / positive regulation of vesicle fusion / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / calcium-dependent phospholipid binding / syntaxin binding / exocytosis / positive regulation of insulin secretion / intracellular protein localization / synapse / calcium ion binding / glutamatergic synapse / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Double C2 protein, alpha/beta/gamma / Rabphilin/DOC2/Noc2 / : / Synaptotagmin / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily ...Double C2 protein, alpha/beta/gamma / Rabphilin/DOC2/Noc2 / : / Synaptotagmin / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / CITRATE ANION / Double C2-like domain-containing protein beta
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Giladi, M. / Almagor, L. / Hirsch, J.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: The C2B Domain Is the Primary Ca(2+) Sensor in DOC2B: A Structural and Functional Analysis.
著者: Giladi, M. / Michaeli, L. / Almagor, L. / Bar-On, D. / Buki, T. / Ashery, U. / Khananshvili, D. / Hirsch, J.A.
履歴
登録2013年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月13日Group: Database references
改定 1.22025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Double C2-like domain-containing protein beta
B: Double C2-like domain-containing protein beta
C: Double C2-like domain-containing protein beta
D: Double C2-like domain-containing protein beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,60612
ポリマ－61,8754
非ポリマー7328
水4,702261
1
A: Double C2-like domain-containing protein beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6433
ポリマ－15,4691
非ポリマー1742
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Double C2-like domain-containing protein beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5652
ポリマ－15,4691
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Double C2-like domain-containing protein beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6454
ポリマ－15,4691
非ポリマー1763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Double C2-like domain-containing protein beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7543
ポリマ－15,4691
非ポリマー2852
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.632, 95.151, 67.816
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.95, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Double C2-like domain-containing protein beta / Doc2-beta


分子量: 15468.713 Da / 分子数: 4 / 断片: C2A domain (UNP residues 125-255) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Doc2b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P70610

-
非ポリマー , 5種, 269分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.11 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M LiSO4, 25% PEG 3350, 0.1 M Na-Citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月28日
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 34604 / Num. obs: 34604 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル解像度: 2→2.06 Å / % possible all: 73.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8_1069位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→47.575 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2317 1727 4.99 %RANDOM
Rwork0.1872 ---
obs0.1894 34576 94.28 %-
all-34581 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→47.575 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3936 0 39 261 4236
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0124063
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0475528
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9951485
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062645
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009699
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.06280.26621070.24732052X-RAY DIFFRACTION70
2.0628-2.12940.28951250.23182340X-RAY DIFFRACTION82
2.1294-2.20550.25821360.22432600X-RAY DIFFRACTION90
2.2055-2.29380.29431450.21492790X-RAY DIFFRACTION96
2.2938-2.39820.25531500.21432849X-RAY DIFFRACTION99
2.3982-2.52460.29121510.21272864X-RAY DIFFRACTION99
2.5246-2.68280.22731510.19892864X-RAY DIFFRACTION99
2.6828-2.88990.24941520.2032870X-RAY DIFFRACTION99
2.8899-3.18070.25661510.1972866X-RAY DIFFRACTION99
3.1807-3.64080.21911520.16482903X-RAY DIFFRACTION99
3.6408-4.58640.20981530.15012904X-RAY DIFFRACTION100
4.5864-47.58890.18281540.18122947X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.75835.34090.06983.90160.06721.3969-0.10110.31250.4135-0.04470.13020.1796-0.13270.0039-0.06110.18070.0724-0.01110.13920.00710.1679-13.5367-8.2415-13.4152
25.7171-3.4468-0.51782.98131.84092.90130.0697-0.53680.01580.2347-0.0661-0.00150.29210.5640.14430.24850.0501-0.11030.2667-0.05370.2313-3.2347-6.5222-5.5799
35.13831.2928-0.18261.6414-0.30991.62980.08920.5716-0.1579-0.176-0.0998-0.26040.0060.10810.02910.20830.0806-0.0010.18950.02430.1679-7.9421-9.6647-11.2726
42.0345-1.0102-0.40891.3466-0.02760.07460.005-0.71250.55080.26130.0416-0.53140.15210.7444-0.0920.27540.0641-0.07450.4726-0.01620.373.3608-4.2319-5.2762
53.25971.4847-1.77325.13450.08161.9305-0.0432-0.37610.74970.0291-0.17190.0427-0.1240.06690.2570.19680.0567-0.03990.1593-0.00770.2493-13.5728-1.4902-8.8028
62.3463-0.47221.90242.69470.57796.47060.32010.1106-0.33030.21120.0412-0.57570.34920.3591-0.34820.1020.02240.02310.15580.02890.1771-20.86367.29-18.3477
71.21621.51461.3352.75923.41484.2488-0.0062-0.10430.1718-0.3165-0.25950.1534-0.4708-0.46580.25020.22530.0684-0.0270.2196-0.01750.2094-23.905617.2109-14.4804
82.61740.62470.98038.4217.45472.2412-0.04210.24410.0752-0.40650.08410.327-0.64770.1449-0.19770.43570.02010.03530.23970.09470.1873-20.48311.6972-27.5577
95.10230.6540.71582.16686.78817.24390.1387-0.12850.8986-0.80750.2161-0.3666-0.93190.0322-0.38690.47080.05560.07310.20280.0690.2931-17.879221.895-16.7563
107.36593.04384.31287.59634.44769.22780.35730.1913-0.1633-0.2450.0208-0.57080.34810.3405-0.43670.1960.09-0.00920.16970.04310.2736-16.67786.4644-18.6765
113.51850.81630.61520.8013-0.35111.9533-0.1141-0.1794-0.4822-0.0903-0.0004-0.28690.12890.27450.09390.1654-0.03370.02250.19460.07410.29055.340316.794714.1975
128.3082-2.31182.5594.5156-1.67623.04950.11040.1321-0.0231-0.1375-0.2515-0.5615-0.01340.37640.19980.1773-0.05440.00090.15040.050.27857.242921.905812.2118
132.1003-9.38727.9458.7015-6.17245.68070.4780.9104-0.0874-0.3358-0.5032-0.14940.31420.4367-0.03770.1509-0.0536-0.03640.22020.01830.3154-3.758118.38994.6386
149.04192.4595-3.53813.7893-5.44747.79220.4380.1322-0.7050.23570.43851.45830.549-0.4717-0.74680.5572-0.24830.01060.46010.00880.704123.388116.53297.6642
152.0214-8.86541.20528.1791-0.93212.6649-0.11860.7756-0.97060.2105-0.2109-0.0480.35360.22690.240.2577-0.02360.00010.17330.03050.40712.169711.58647.7122
166.736-5.35172.2585.6334-1.29171.02260.1572-0.0062-0.3887-0.3940.00260.09580.105-0.002-0.11960.2176-0.0826-0.01820.18280.03570.3342-5.124114.402515.4295
172.47850.91521.45673.3284-1.99683.3233-0.0227-0.2523-0.7591-0.28070.34580.45120.6423-0.7644-0.36410.2943-0.1158-0.05450.33820.15070.37071.896-0.0129-44.2117
183.0232-0.9041-0.27530.5004-0.60471.8949-0.2531-0.6971-0.79190.00571.12441.08650.8929-1.0249-0.37960.3676-0.4726-0.35490.42960.19780.7805-2.0137-4.2377-43.2535
196.9225-3.19880.38149.86893.98236.1882-0.291-1.1507-0.03480.58080.68930.01160.582-1.0176-0.46190.2911-0.0645-0.02540.41130.23180.27042.64185.2452-32.9527
201.99833.55415.98233.73563.52167.08870.17140.0724-1.51030.3859-0.16880.37170.0621-0.0152-0.04680.7518-0.19420.01450.44030.02440.9397-0.5385-20.7179-43.7396
213.17571.3748-0.47262.01648.24138.483-0.0299-0.2119-0.92020.76610.5542-0.28380.8855-0.0021-0.36620.3345-0.0229-0.14340.22160.10010.42088.866-1.2841-39.0656
221.9987-1.3878-0.24683.15682.05738.64540.64280.02550.4383-0.3292-0.45530.1499-0.5025-0.8384-0.28670.33340.11780.07080.46040.13250.34390.362517.035-40.1372
234.4128-1.5271-1.44175.57671.72523.46190.2522-0.188-0.79660.57230.0046-0.85710.4676-0.2-0.26190.2963-0.08-0.14830.20240.09940.466210.52461.6372-44.7839
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 126:151 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 152:181 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 182:210 )
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7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 142:203 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 204:218 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESID 219:237 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESID 238:254 )
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12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN C AND (RESID 172:203 )
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16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN C AND (RESID 238:253 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN D AND (RESID 126:171 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN D AND (RESID 172:200 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN D AND (RESID 201:218 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN D AND (RESID 219:225 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN D AND (RESID 226:237 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN D AND (RESID 238:243 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN D AND (RESID 244:254 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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