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- PDB-4lbt: Endothiapepsin in complex with 100mM acylhydrazone inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lbt
タイトルEndothiapepsin in complex with 100mM acylhydrazone inhibitor
要素Endothiapepsin
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Hydrolase / Aspartic protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Aspergillopepsin-like catalytic domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily ...Aspergillopepsin-like catalytic domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1TZ / Endothiapepsin
類似検索 - 構成要素
生物種Cryphonectria parasitica (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.251 Å
データ登録者Radeva, N. / Heine, A. / Winquist, J. / Klebe, G.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Structure-based design of inhibitors of the aspartic protease endothiapepsin by exploiting dynamic combinatorial chemistry.
著者: Mondal, M. / Radeva, N. / Koster, H. / Park, A. / Potamitis, C. / Zervou, M. / Klebe, G. / Hirsch, A.K.
履歴
登録2013年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endothiapepsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1217
ポリマ－33,8141
非ポリマー1,3086
水6,612367
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.428, 72.933, 52.961
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Endothiapepsin / Aspartate protease


分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 90-419 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-1TZ / (2S)-2-azanyl-3-(3H-indol-3-yl)-N-[(E)-(2,4,6-trimethylphenyl)methylideneamino]propanamide / (2S)-2-amino-3-(1H-indol-3-yl)-N-[(E)-(2,4,6-trimethylphenyl)methyleneamino]propanamide / (S)-N′-[(E)-2,4,6-トリメチルベンジリデン]-2-アミノ3-(1H-インド-ル-3-イル)プロパン酸ヒ(以下略)


分子量: 348.441 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H24N4O
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.77 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 2M ammonium acetate, 1M sodium acetate, 50% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si-111 Double Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→30 Å / Num. all: 85603 / Num. obs: 85603 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 9.955 Å2 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 26.5
反射 シェル解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 3157 / Rsym value: 0.345 / % possible all: 70.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3PCW

3pcw


解像度: 1.251→29.46 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 12.21 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1386 4309 5.03 %random
Rwork0.1221 ---
obs0.123 85593 95.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.251→29.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2372 0 84 367 2823
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052598
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1313577
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.372847
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072415
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005457
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.251-1.26470.2544860.18531836X-RAY DIFFRACTION64
1.2647-1.27960.1821090.17322170X-RAY DIFFRACTION77
1.2796-1.29520.18111140.15322558X-RAY DIFFRACTION88
1.2952-1.31160.15861420.13842649X-RAY DIFFRACTION95
1.3116-1.32890.15821310.12462737X-RAY DIFFRACTION95
1.3289-1.34710.14521510.11852683X-RAY DIFFRACTION95
1.3471-1.36630.13651430.11352760X-RAY DIFFRACTION96
1.3663-1.38670.13611360.10952715X-RAY DIFFRACTION96
1.3867-1.40840.15151660.10922689X-RAY DIFFRACTION96
1.4084-1.43150.14121670.1072725X-RAY DIFFRACTION96
1.4315-1.45610.14641390.10452734X-RAY DIFFRACTION97
1.4561-1.48260.11581450.09992713X-RAY DIFFRACTION96
1.4826-1.51110.13061300.09622776X-RAY DIFFRACTION97
1.5111-1.5420.12761550.092697X-RAY DIFFRACTION97
1.542-1.57550.12671370.09122786X-RAY DIFFRACTION97
1.5755-1.61220.13741480.09222761X-RAY DIFFRACTION97
1.6122-1.65250.12241490.09492753X-RAY DIFFRACTION97
1.6525-1.69710.12631380.09772769X-RAY DIFFRACTION97
1.6971-1.74710.12281410.10222797X-RAY DIFFRACTION98
1.7471-1.80350.13741360.10112763X-RAY DIFFRACTION98
1.8035-1.86790.12121280.10592822X-RAY DIFFRACTION98
1.8679-1.94270.11161460.10482804X-RAY DIFFRACTION98
1.9427-2.03110.11491510.10412776X-RAY DIFFRACTION98
2.0311-2.13810.1261740.10772791X-RAY DIFFRACTION99
2.1381-2.2720.13171440.11972832X-RAY DIFFRACTION99
2.272-2.44740.14031570.12912794X-RAY DIFFRACTION99
2.4474-2.69350.141620.1392826X-RAY DIFFRACTION99
2.6935-3.08290.14531690.14632822X-RAY DIFFRACTION99
3.0829-3.88280.1421490.13562880X-RAY DIFFRACTION100
3.8828-29.4680.15761660.14872866X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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