PDB-4lbe: Structure of KcsA with R122A mutation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lbe

タイトル

Structure of KcsA with R122A mutation

要素

Fab heavy chain
Fab light chain
pH-gated potassium channel KcsA

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / membrane protein / Metal Transport / pH-gated potassium channel

機能・相同性

機能・相同性情報

delayed rectifier potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Streptomyces lividans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.751 Å

データ登録者

Nimigean, C.M. / Posson, D.J. / McCoy, J.M.

引用

ジャーナル: J.Gen.Physiol. / 年: 2013
タイトル: Molecular interactions involved in proton-dependent gating in KcsA potassium channels.
著者: Posson, D.J. / Thompson, A.N. / McCoy, J.G. / Nimigean, C.M.

履歴

登録	2013年6月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月5日	Group: Database references
改定 1.2	2014年4月2日	Group: Other
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lbe.cif.gz	221.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lbe.ent.gz	187.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lbe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4lbe_validation.pdf.gz	644.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lbe_full_validation.pdf.gz	650.3 KB	表示
XML形式データ	4lbe_validation.xml.gz	22.3 KB	表示
CIF形式データ	4lbe_validation.cif.gz	31 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/4lbe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/4lbe	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4lcuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ih3-1 2dwe-1 2dwd-1 2hjf-1 3stz-1 6w0i-1 6w0h-1 5ec2-1 3gb7-1 1r3k-1 6nfv-1 5ebl-1 2p7t-3 2boc-1 2hfe-1 3iga-1 1s5h-1 4lcu-1 3or7-1 2hvk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (5) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Fab light chain

B: Fab heavy chain

C: pH-gated potassium channel KcsA

ヘテロ分子

61.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fab light chain

B: Fab heavy chain

C: pH-gated potassium channel KcsA

ヘテロ分子

A: Fab light chain

B: Fab heavy chain

C: pH-gated potassium channel KcsA

ヘテロ分子

A: Fab light chain

B: Fab heavy chain

C: pH-gated potassium channel KcsA

ヘテロ分子

A: Fab light chain

B: Fab heavy chain

C: pH-gated potassium channel KcsA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
247 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	155.938, 155.938, 75.814
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-1002- K
2	1	C-1003- K
3	1	C-1004- K
4	1	C-1120- HOH
5	1	C-1121- HOH
6	1	C-1122- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質	pH-gated potassium channel KcsA / Streptomyces lividans K+ channel / SKC1 分子量: 13990.396 Da / 分子数: 1 / Mutation: R122A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces lividans (バクテリア) 遺伝子: kcsA, skc1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83 / 参照: UniProt: P0A334

-
抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体	Fab light chain 分子量: 23411.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pASK90 / 発現宿主: mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	Fab heavy chain 分子量: 23435.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 4種, 94分子

#4: 化合物	ChemComp-F09 / NONAN-1-OL / 1-ノナノ-ル分子量: 144.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₂₀O
#5: 化合物	ChemComp-DGA / DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル分子量: 625.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₉H₇₆O₅
#6: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.49 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 400, MgAcetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 193 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD

放射

モノクロメーター: Double silicon(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.75→100 Å / Num. obs: 23784 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Χ²: 0.894 / Net I/σ(I): 9.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.75-2.85	6.2	0.655	2352	0.742	1	99.2
2.85-2.96	6.7	0.517	2350	0.763	1	99.9
2.96-3.1	6.9	0.353	2377	0.829	1	99.9
3.1-3.26	7	0.244	2357	0.899	1	100
3.26-3.46	7.2	0.169	2378	0.958	1	100
3.46-3.73	7.3	0.115	2369	1.065	1	100
3.73-4.11	7.4	0.078	2378	0.927	1	100
4.11-4.7	7.4	0.051	2387	0.998	1	100
4.7-5.92	7.3	0.052	2394	0.979	1	100
5.92-100	7	0.029	2442	0.733	1	99.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.751→42.871 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.06 / FOM work R set: 0.8611 / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2018	1214	5.11 %
R_work	0.1673	22561	-
obs	0.169	23775	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 164.1 Å² / B_iso mean: 72.718 Å² / B_iso min: 21.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.751→42.871 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4067	0	44	89	4200

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	4262
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.819	5755
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1	653
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	723
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.903	1508

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.751-2.8611	0.2687	138	0.2355	2453	2591	99
2.8611-2.9913	0.2564	137	0.2174	2513	2650	100
2.9913-3.1489	0.2332	151	0.1931	2467	2618	100
3.1489-3.3462	0.2233	138	0.1762	2480	2618	100
3.3462-3.6044	0.1967	136	0.1554	2502	2638	100
3.6044-3.9669	0.1815	141	0.144	2504	2645	100
3.9669-4.5404	0.1798	133	0.1339	2506	2639	100
4.5404-5.7182	0.1752	117	0.1522	2541	2658	100
5.7182-42.876	0.2079	123	0.1908	2595	2718	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.93	1.0846	-2.4556	6.4651	-2.1056	4.3132	-0.4427	0.4521	-0.489	-0.477	0.1956	-0.3504	0.669	-0.1563	0.2435	0.6285	-0.13	0.0658	0.3844	-0.0137	0.4878	-10.8541	-34.0397	-48.4178
2	1.7541	0.84	-1.8517	1.8186	-1.3102	3.0095	-0.4203	-0.1261	-0.2771	-0.0879	0.1246	-0.0315	0.8609	-0.4107	0.1569	0.646	-0.2183	0.0203	0.4603	0.0774	0.5816	-20.5429	-37.4233	-34.9301
3	3.1436	0.425	-2.2534	0.9319	-0.4276	2.0056	-0.3367	0.2691	-0.3955	-0.089	-0.0446	0.0193	0.921	-0.7019	0.1366	0.9695	-0.4373	0.0427	0.7409	0.1279	0.6202	-33.0246	-43.11	-27.351
4	2.7527	-0.6604	-0.6851	3.9063	0.0135	4.4839	0.098	-0.0826	0.2099	0.2967	0.0314	0.4113	-0.0097	-0.4872	-0.1204	0.3142	-0.0734	0.0294	0.3814	0.0328	0.3659	-20.5589	-13.5578	-39.7943
5	1.6512	0.9284	-1.6226	1.479	-0.7385	2.5927	0.2264	-0.0467	0.0942	0.2094	0.012	0.2615	-0.1881	-0.4566	-0.1611	0.4118	-0.1029	0.0291	0.4607	0.0864	0.4038	-21.6597	-17.8645	-34.5275
6	1.9459	-0.2343	-0.7653	1.3272	-0.3364	0.872	-0.0389	-0.7512	-0.304	0.1029	-0.0453	-0.3247	0.6369	-0.166	0.0537	1.1383	-0.2981	0.0587	0.9541	0.2471	0.6227	-31.4496	-39.9331	-12.1315
7	2.8641	-1.7952	0.3637	5.3907	-1.9608	1.7961	0.3007	-0.3214	-0.0159	0.1625	-0.175	-0.1968	-0.177	0.1909	-0.1259	0.7004	-0.1865	0.039	0.8971	0.1093	0.5379	-27.5155	-30.7472	-19.2776
8	2.1221	-0.4673	-0.6581	2.9545	-1.1423	2.3117	0.0485	-0.9241	-0.5958	0.8625	-0.0095	0.07	0.4366	-0.1645	0.1229	1.0981	-0.3822	0.0727	1.2062	0.3652	0.7395	-32.5601	-41.9585	-7.037
9	2.0053	0.4079	-0.1394	2.2004	-0.536	3.1037	-0.1079	0.1166	-0.0178	-0.2952	0.0968	0.0492	0.6442	-0.4343	-0.0553	0.2645	-0.0956	-0.0105	0.2248	-0.065	0.3251	-7.4394	-16.1002	-72.0374
10	0.9492	-1.0919	0.7646	2.4519	0.0153	1.4624	0.0963	-0.2532	0.157	-0.0811	-0.1961	-0.2898	0.3862	-0.0659	0.0441	0.2853	-0.0326	-0.0052	0.2908	-0.0189	0.2793	-5.9583	-9.3884	-63.7915
11	1.6119	-0.7369	0.7739	3.5135	-1.3871	5.0764	0.0359	0.6265	0.1556	-0.693	-0.1231	0.3243	0.0839	-0.1236	0.0399	0.35	0.0196	0.0355	0.4415	-0.0169	0.3414	-3.649	-5.5773	-85.3204

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:83)	A	1 - 83
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 84:139)	A	84 - 139
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 140:219)	A	140 - 219
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 1:75)	B	1 - 75
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 76:113)	B	76 - 113
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 114:155)	B	114 - 155
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 156:174)	B	156 - 174
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 175:212)	B	175 - 212
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resseq 22:61)	C	22 - 61
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resseq 62:85)	C	62 - 85
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resseq 86:124)	C	86 - 124

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)