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万見
- PDB-4lbd: LIGAND-BINDING DOMAIN OF THE HUMAN RETINOIC ACID RECEPTOR GAMMA B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lbd
タイトルLIGAND-BINDING DOMAIN OF THE HUMAN RETINOIC ACID RECEPTOR GAMMA BOUND TO THE SYNTHETIC AGONIST BMS961
要素RETINOIC ACID RECEPTOR GAMMA
キーワードNUCLEAR RECEPTOR / RETINOIC ACID RECEPTOR / ALL-TRANS RETINOIC ACID / LIGAND-BINDING DOMAIN / COMPLEX / HOLO FORM / TRANSCRIPTION REGULATION / LIGAND-DEPENDENT / ACTIVE CONFORMATION / Structural Proteomics in Europe / SPINE / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of myeloid cell differentiation / Harderian gland development / trachea cartilage development / growth plate cartilage chondrocyte growth / embryonic eye morphogenesis / glandular epithelial cell development / embryonic camera-type eye development / prostate gland epithelium morphogenesis / positive regulation of programmed cell death / negative regulation of chondrocyte differentiation ...regulation of myeloid cell differentiation / Harderian gland development / trachea cartilage development / growth plate cartilage chondrocyte growth / embryonic eye morphogenesis / glandular epithelial cell development / embryonic camera-type eye development / prostate gland epithelium morphogenesis / positive regulation of programmed cell death / negative regulation of chondrocyte differentiation / embryonic hindlimb morphogenesis / anterior/posterior pattern specification / regulation of myelination / Signaling by Retinoic Acid / regulation of cell size / face development / canonical Wnt signaling pathway / nuclear retinoid X receptor binding / response to retinoic acid / retinoic acid receptor signaling pathway / negative regulation of stem cell proliferation / cellular response to retinoic acid / cellular response to leukemia inhibitory factor / stem cell proliferation / neural tube closure / Nuclear Receptor transcription pathway / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / multicellular organism growth / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / transcription regulator complex / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / chromatin binding / positive regulation of gene expression / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Retinoic acid receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...: / : / Retinoic acid receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-961 / Retinoic acid receptor gamma / Retinoic acid receptor gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Klaholz, B.P. / Renaud, J.-P. / Mitschler, A. / Moras, D. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Conformational adaptation of agonists to the human nuclear receptor RAR gamma.
著者: Klaholz, B.P. / Renaud, J.P. / Mitschler, A. / Zusi, C. / Chambon, P. / Gronemeyer, H. / Moras, D.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: Crystal Structure of the Rar-Gamma Ligand-Binding Domain Bound to All-Trans Retinoic Acid
著者: Renaud, J.P. / Rochel, N. / Ruff, M. / Vivat, V. / Chambon, P. / Gronemeyer, H. / Moras, D.
履歴
登録1998年2月4日処理サイト: BNL
改定 1.01999年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RETINOIC ACID RECEPTOR GAMMA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5932
ポリマ－30,1931
非ポリマー3991
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.882, 59.882, 155.958
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 RETINOIC ACID RECEPTOR GAMMA / E DOMAIN


分子量: 30193.055 Da / 分子数: 1 / 断片: LBD, LIGAND-BINDING DOMAIN, RESIDUES 178 - 423 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: HRARGAMMA / プラスミド: PET-15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P22932, UniProt: P13631*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-961 / 3-FLUORO-4-[2-HYDROXY-2-(5,5,8,8-TETRAMETHYL-5,6,7,8,-TETRAHYDRO-NAPHTALEN-2-YL)-ACETYLAMINO]-BENZOIC ACID / BMS961 / BMS-961


分子量: 399.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H26FNO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 33 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
14.5 mg/mlprotein1drop
20.4 mMBMS9611drop
310 mMTris-HCl1drop
415 mMdithiothreitol1drop
5500 mM1dropNaCl
60.15 mMn-dodecyl-beta-D-maltoside1drop
72 mMCHAPS1drop
84 %glycerol1drop
92 %ethanol1drop
100.1 MPIPES1reservoir
110.2 M1reservoirNaOAc

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.975
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→14.97 Å / Num. obs: 9894 / % possible obs: 95.36 % / 冗長度: 2.98 % / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 15.28
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.67 / Rsym value: 0.32 / % possible all: 97.3
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.096
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.3 % / Rmerge(I) obs: 0.32

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
MARXDSデータ削減
MARSCALEデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2LBD

2lbd


解像度: 2.5→5 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 1 5 %RANDOM (FREERFLAG, CCP4)
Rwork0.183 ---
obs0.183 7511 76 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1870 0 22 158 2050
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.61
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d21.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.63
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.PEP
X-RAY DIFFRACTION3961.PARTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION4961.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg21.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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