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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lb7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human alpha-defensin 1 (HNP1) Y16A/I20A/L25A/F28A mutant. | ||||||
要素 | Neutrophil defensin 1 | ||||||
キーワード | ANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / ANTIMICROBIAL PEPTIDE (抗微生物ペプチド) / HUMAN ALPHA DEFENSIN 1 / HUMAN NEUTROPHIL PEPTIDE 1 / HNP1 / ANTIBIOTIC (抗生物質) / ANTIVIRAL DEFENSE / DEFENSIN (ディフェンシン) / DISULFIDE BOND (ジスルフィド) / FUNGICIDE (殺菌剤 (農薬その他)) / PHOSPHOPROTEIN / SECRETED (分泌) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pore-forming activity / ディフェンシン / disruption of plasma membrane integrity in another organism / killing by host of symbiont cells / T cell chemotaxis / Alpha-defensins / defense response to protozoan / intracellular estrogen receptor signaling pathway / defense response to fungus / innate immune response in mucosa ...pore-forming activity / ディフェンシン / disruption of plasma membrane integrity in another organism / killing by host of symbiont cells / T cell chemotaxis / Alpha-defensins / defense response to protozoan / intracellular estrogen receptor signaling pathway / defense response to fungus / innate immune response in mucosa / Golgi lumen / 走化性 / azurophil granule lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / collagen-containing extracellular matrix / defense response to virus / killing of cells of another organism / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / 免疫応答 / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.902 Å | ||||||
データ登録者 | Tolbert, W.D. / Wu, X. / Pazgier, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2013 タイトル: Single, Double and Quadruple Alanine Substitutions at Oligomeric Interfaces Identify Hydrophobicity as the Key Determinant of Human Neutrophil Alpha Defensin HNP1 Function. 著者: Zhao, L. / Tolbert, W.D. / Ericksen, B. / Zhan, C. / Wu, X. / Yuan, W. / Li, X. / Pazgier, M. / Lu, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4lb7.cif.gz | 55 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4lb7.ent.gz | 42.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4lb7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/4lb7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lb/4lb7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3199.759 Da / 分子数: 4 / 変異: Y16A, I20A, L25A, F28A / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P59665 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.54 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.8 M sodium phosphate monobasic, 0.8 M potassium phosphate monobasic, 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月29日 / 詳細: RH COATED FLAT MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 10552 / Num. obs: 10457 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 56 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.96 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3GNY 解像度: 1.902→24.183 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 29.71 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.902→24.183 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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