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万見
- PDB-4lam: Crystal structure of Cordyceps militaris IDCase D323N mutant in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lam
タイトルCrystal structure of Cordyceps militaris IDCase D323N mutant in complex with 5-carboxyl-uracil
要素Uracil-5-carboxylate decarboxylase
キーワードLYASE / pyrimidine metabolism / IDCase / decarboxylase / uracil / DNA decarboxylation
機能・相同性
機能・相同性情報


secondary metabolic process / : / : / carboxy-lyase activity / hydrolase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase / Amidohydrolase / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5CU / Uracil-5-carboxylate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Cordyceps militaris (サナギタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Xu, S. / Li, W. / Zhu, J. / Ding, J.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2013
タイトル: Crystal structures of isoorotate decarboxylases reveal a novel catalytic mechanism of 5-carboxyl-uracil decarboxylation and shed light on the search for DNA decarboxylase.
著者: Xu, S. / Li, W. / Zhu, J. / Wang, R. / Li, Z. / Xu, G.L. / Ding, J.
履歴
登録2013年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月12日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uracil-5-carboxylate decarboxylase
B: Uracil-5-carboxylate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,01210
ポリマ－81,4402
非ポリマー1,5728
水5,044280
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7600 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area25370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.361, 77.361, 134.421
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Uracil-5-carboxylate decarboxylase


分子量: 40719.965 Da / 分子数: 2 / 変異: D323N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cordyceps militaris (サナギタケ)
株: CM01 / 遺伝子: CCM_01452 / プラスミド: pET28Sumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Codon Plus / 参照: UniProt: G3J531
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-5CU / 2,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydropyrimidine-5-carboxylic acid / イソオロト酸


分子量: 156.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N2O4
#4: 化合物
ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.19 %
結晶化温度: 289 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% polyethylene glycol 3350, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, sitting drop, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 46222 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Χ2: 1.301 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.183.80.23245731.0321100
2.18-2.263.80.18746201.1671100
2.26-2.373.80.15946261.1781100
2.37-2.493.80.13346051.31100
2.49-2.653.80.11246151.2731100
2.65-2.853.80.09246201.3991100
2.85-3.143.80.0846331.2161100
3.14-3.593.80.07746111.509199.9
3.59-4.523.80.08846261.568199.8
4.52-503.70.05846931.371199.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HK5

4hk5


解像度: 2.1→38.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 7.869 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19 2340 5.1 %RANDOM
Rwork0.1593 ---
obs0.1609 46175 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 113.31 Å2 / Biso mean: 32.6788 Å2 / Biso min: 10.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å2-0 Å20 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5590 0 70 280 5940
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0195794
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025646
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0831.9797866
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.468312992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9975727
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.40523.216227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.42515909
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0771534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2893
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216444
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021278
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5273.0932923
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5273.0922922
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5244.6153645
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.448311436
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free16.45563
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.391511519
LS精密化 シェル解像度: 2.095→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 184 -
Rwork0.181 3164 -
all-3348 -
obs--96.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00240.0079-0.02270.0762-0.0850.2190.00040.0012-0.0003-0.0085-0.0015-0.005-0.0036-0.01460.00110.00360.0003-0.00140.0096-0.00220.009795.2945-32.9429-3.945
20.13750.01280.01560.0021-00.0050.0080.00360.00010.0027-0.00510.00020.00020.0075-0.00290.0101-0.00140.00080.0156-0.00140.003563.5288-35.57952.1473
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 376
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 374

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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