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万見
- PDB-4la4: Crystal structure of native PnpB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4la4
タイトルCrystal structure of native PnpB
要素NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
キーワードOXIDOREDUCTASE / native PnpB / para-benzoquinone reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


p-benzoquinone reductase (NADPH) / p-benzoquinone reductase (NADPH) activity / 4-nitrophenol catabolic process / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / : / NAD binding / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
NAD(P)H dehydrogenase (quinone), prokaryotic / Flavoprotein WrbA-like / NADPH-dependent FMN reductase-like / NADPH-dependent FMN reductase / Flavodoxin domain / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
p-benzoquinone reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Su, J. / Zhang, C. / Li, N. / Gu, L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of native PnpB
著者: Su, J. / Zhang, C. / Li, N. / Gu, L.
履歴
登録2013年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
B: NAD(P)H dehydrogenase (quinone)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1222
ポリマ－44,1222
非ポリマー00
水1,802100
1
A: NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
B: NAD(P)H dehydrogenase (quinone)

A: NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
B: NAD(P)H dehydrogenase (quinone)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,2444
ポリマ－88,2444
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555x,-y,-z1
Buried area11710 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area24830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.145, 73.110, 84.965
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-32-

ASP

21A-303-

HOH

31A-326-

HOH

41A-341-

HOH

51A-342-

HOH

61B-301-

HOH

71B-312-

HOH

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要素

#1: タンパク質 NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / NAD(P)H:quinone oxidoreductase


分子量: 22061.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (バクテリア) / 株: WBC-3 / 遺伝子: pnpB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C1I202, NAD(P)H dehydrogenase (quinone)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月6日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→50 Å / Num. all: 22471 / Num. obs: 22471 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 %
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.07-2.145.50.3145.142081194
4.46-506.90.05334.392431199.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.2_432)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.07→40.116 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / FOM work R set: 0.868 / SU ML: 0.2 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2099 1937 8.89 %RANDOM
Rwork0.1756 ---
all0.1786 21778 --
obs0.1786 21778 95.69 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.024 Å2 / ksol: 0.378 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 94.95 Å2 / Biso mean: 31.8854 Å2 / Biso min: 14.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.5593 Å2-0 Å2-0 Å2
2---7.202 Å20 Å2
3----3.3573 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→40.116 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2930 0 0 100 3030
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0084074
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0191080
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071462
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004528
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0685-2.12030.23161130.17091175128881
2.1203-2.17760.23871280.18211327145590
2.1776-2.24160.22431300.1711319144991
2.2416-2.3140.20391310.17581354148594
2.314-2.39670.22631330.17961419155296
2.3967-2.49260.22081380.16861393153196
2.4926-2.60610.23691420.16891429157197
2.6061-2.74340.24371400.17081432157298
2.7434-2.91530.20661440.18341452159698
2.9153-3.14030.24881410.18091455159699
3.1403-3.45610.20791460.17021476162299
3.4561-3.95590.19561450.177214941639100
3.9559-4.98250.18041490.159115161665100
4.9825-40.12340.19871570.194716001757100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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