[日本語] English
万見
- PDB-4l9v: Crystal structure of Se-Met derivative MepR F27L mutant from mult... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l9v
タイトルCrystal structure of Se-Met derivative MepR F27L mutant from multidrug resistant S. aureus clinical isolate
要素MepR
キーワードTRANSCRIPTION / winged helix-turn-helix / wHTH / transcription repressor
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MarR family regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.374 Å
データ登録者Birukou, I. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: MBio / 年: 2013
タイトル: The molecular mechanisms of allosteric mutations impairing MepR repressor function in multidrug-resistant strains of Staphylococcus aureus.
著者: Birukou, I. / Tonthat, N.K. / Seo, S.M. / Schindler, B.D. / Kaatz, G.W. / Brennan, R.G.
履歴
登録2013年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MepR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2691
ポリマ－17,2691
非ポリマー00
水181
1
A: MepR

A: MepR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5372
ポリマ－34,5372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
Buried area3560 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area15950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.767, 120.767, 54.476
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

-
要素

#1: タンパク質 MepR / MarR family transcription repressor MepR


分子量: 17268.537 Da / 分子数: 1 / 変異: F27L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: mepR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5Y812
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 0.2 M Na tartrate dibasic, 20% PEG 3350, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月28日
放射モノクロメーター: Si 220. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled, sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.374→50 Å / Num. all: 6220 / Num. obs: 6201 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 6.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SERGUIcontrol programデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX(Phaser)位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.374→25.604 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.27 / SU ML: 0.26 / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.93 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2563 617 10.02 %random
Rwork0.2313 ---
obs0.2337 6159 98.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 301.5 Å2 / Biso mean: 67.656 Å2 / Biso min: 34.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.374→25.604 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1064 0 0 1 1065
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031076
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6371453
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043174
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003185
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.473393
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.374-2.61260.32061490.29221323147296
2.6126-2.99020.29911530.28631383153699
2.9902-3.76540.26921550.257913961551100
3.7654-25.6040.23411600.2031440160099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1790.0202-1.07590.51520.01711.62510.3336-0.45-0.13160.8135-0.81010.1603-0.36920.9723-0.95420.4519-0.2765-0.05210.60930.16110.421233.60712.976115.1326
20.4011.08350.09814.53880.57660.10330.33440.13890.6746-1.2472-0.48161.5364-0.9562.40820.00740.7184-0.16780.15520.9153-0.0957-0.408115.8906-4.087513.0363
30.61820.0087-0.48160.6908-0.10920.40780.93390.76450.4286-1.3325-0.07811.60720.5073-0.5870.05070.848-0.1391-0.18150.514-0.08030.80678.7741-9.03796.399
40.53270.43720.11810.35410.11980.05570.28530.2062-1.2671-0.1254-0.6488-1.55990.51490.2426-0.02260.86660.23110.04340.7352-0.17410.819118.6907-14.89798.9594
51.48190.48590.56160.4649-0.1528-0.21530.5835-0.3986-0.33660.1747-0.3549-0.319-0.06940.19340.27310.5239-0.1780.03270.4047-0.0860.342311.5869-3.398917.3619
61.3031.218-1.25182.8102-2.96493.14370.88131.36531.8170.9211-0.15871.3815-1.73180.44160.35960.2026-0.1916-0.07730.7721-0.16360.839522.838522.64765.7293
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 27 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 28 through 43 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 44 through 57 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 58 through 73 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 74 through 118 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 119 through 139 )A0

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る