PDB-4l9j: Crystal structure of S. aureus MepR in DNA-binding conformation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l9j

タイトル

Crystal structure of S. aureus MepR in DNA-binding conformation

要素

MepR

キーワード

TRANSCRIPTION / winged helix-turn-helix / wHTH / transcription repressor

機能・相同性

機能・相同性情報

response to stress / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.45 Å

データ登録者

Birukou, I. / Brennan, R.G.

引用

ジャーナル: MBio / 年: 2013
タイトル: The molecular mechanisms of allosteric mutations impairing MepR repressor function in multidrug-resistant strains of Staphylococcus aureus.
著者: Birukou, I. / Tonthat, N.K. / Seo, S.M. / Schindler, B.D. / Kaatz, G.W. / Brennan, R.G.

履歴

登録	2013年6月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月30日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4l9j.cif.gz	119.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4l9j.ent.gz	101.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4l9j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4l9j_validation.pdf.gz	431 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4l9j_full_validation.pdf.gz	437.5 KB	表示
XML形式データ	4l9j_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	4l9j_validation.cif.gz	15.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/4l9j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/4l9j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4l9nC 4l9tC 4l9vC 4ld5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2nnn-3 3kxc-d 2nnn-4 2nnn-1 6ks5-1 1jw9-d 1ayo-d 2nnn-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MepR

B: MepR

33 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.806, 98.806, 151.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	MepR / MarR family transcription repressor MepR 分子量: 16496.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325-4 / 遺伝子: mepR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q5Y812

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 78.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2 mM CuCl2, 50 mM Tris HCl pH 8.5, 1.8 M Li2SO4, and 0.5 mM spermine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.97236 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月11日
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled, sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97236 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.45→50 Å / Num. all: 10396 / Num. obs: 10448 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2.13

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI	control program	データ収集
PHENIX	(Phaser)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	(Phaser)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.45→34.04 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.42 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2643	1014	9.99 %	random
R_work	0.2248	-	-	-
obs	0.2288	10153	97.59 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.45→34.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2180	0	0	0	2180

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	2218
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.649	2988
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.93	832
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	343
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	386

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.45-3.6319	0.3365	131	0.2835	1176	X-RAY DIFFRACTION	90
3.6319-3.8592	0.3294	138	0.248	1271	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8592-4.1567	0.2616	143	0.2001	1276	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1567-4.5741	0.2015	146	0.1695	1313	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5741-5.2339	0.2381	147	0.179	1330	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2339-6.5864	0.2957	150	0.2809	1352	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5864-34.04	0.2635	159	0.2357	1421	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.0233	0.003	-0.0992	0.5973	-0.5254	0.4498	0.2616	-0.0429	-0.1322	0.4612	0.1115	-0.522	0.0351	0.0711	0.8547	0.4128	-0.2192	-0.3415	0.3831	0.1454	0.3686	28.2846	81.2702	12.3292
2	0.16	0.1365	-0.1855	0.2386	-0.0596	0.2354	-0.2283	-0.3926	0.5328	-0.1694	0.0061	0.1788	0.2299	-0.8714	-0.0289	0.2366	-0.0268	-0.0672	0.7511	0.0659	0.447	17.7024	93.1548	5.7083
3	0.4787	-0.0397	0.4754	0.0192	-0.0816	0.5726	-0.0561	0.174	0.2258	-0.0501	-0.2202	-0.2625	-0.1219	0.0759	-0.5416	0.2253	0.5358	-0.4328	0.7516	0.7363	0.6927	5.16	95.8325	6.2165
4	0.791	0.0165	-0.4241	0.5451	-0.2808	0.3231	-0.0319	-1.4828	-0.1579	0.8537	-0.2098	-0.2038	-0.0561	-0.3963	-0.0902	0.4362	-0.1457	0.062	0.7157	0.12	0.4356	15.7254	101.1335	10.9594
5	1.5145	0.9977	0.7841	0.9191	-0.1176	1.8289	0.4831	0.1949	-1.1399	-0.0552	0.3578	0.1625	0.9443	0.0192	2.3356	0.6444	0.0049	-0.2045	0.2179	0.1811	0.4455	14.2834	92.0763	2.226
6	1.7902	-1.1104	0.5391	0.9198	-0.4535	0.2038	-0.4562	-0.7464	0.4644	0.6009	0.4567	-0.1545	-0.1345	-0.3704	-0.2028	0.2272	0.2754	-0.0379	-0.1884	0.2487	1.0228	13.495	72.0641	14.4693
7	1.8514	0.2766	-0.826	0.0614	-0.0768	0.4401	0.1061	0.7617	0.0033	0.3197	0.4943	0.6536	-0.7277	-0.1896	0.2235	0.9914	0.1939	-0.1576	0.5253	0.029	0.6065	21.9137	84.8042	22.8806
8	2.0236	0.5408	1.4809	0.6793	-0.54	2.6425	-0.576	-0.4443	0.7638	-0.0634	-0.2973	0.1848	-0.0833	-0.0777	-2.0423	0.5631	0.0905	0.1476	0.2028	-0.1033	-0.2371	37.5325	75.0893	29.486
9	4.3876	-1.3145	1.3429	0.4041	-0.3626	0.512	-0.6135	0.1385	0.9359	-0.6655	-0.0457	-0.6153	-0.7534	0.2793	-0.2611	1.0965	-0.2563	-0.0476	0.5055	0.1389	0.434	42.3324	83.3336	22.9776
10	0.8742	0.9184	-0.0188	2.055	-1.365	1.6242	-0.4568	0.3382	0.1425	-0.2706	-0.4642	-0.3323	0.4309	-0.0272	-1.8655	0.2635	-0.0182	0.0246	0.5846	-0.0761	0.187	49.5803	77.1919	29.9054
11	0.5117	0.689	-0.0112	1.415	0.595	0.6386	0.0261	-0.0024	0.146	0.331	0.1544	1.0555	-0.7355	-0.5574	0.4264	0.547	0.0878	-0.1028	0.4335	0.0738	0.416	26.5973	77.1227	34.4745
12	0.966	-0.2522	0.5295	0.2197	-0.0683	0.3278	0.7353	0.6982	-0.334	-1.0355	0.1518	-0.2101	0.7417	0.2784	0.18	0.9379	0.1343	-0.2324	0.4106	-0.1005	0.7576	21.1987	67.8006	16.3444

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 27 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 28 through 43 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 44 through 49 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 50 through 80 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 81 through 117 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 118 through 139 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 3 through 30 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 31 through 49 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 50 through 73 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 74 through 94 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 95 through 117 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 118 through 139 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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