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- PDB-4l9g: Structure of PpsR N-Q-PAS1 from Rb. sphaeroides -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l9g
タイトルStructure of PpsR N-Q-PAS1 from Rb. sphaeroides
要素Transcriptional regulator, PpsR
キーワードTRANSCRIPTION / PAS domain / Per-Arnt-Sim / Oligomerization / AppA
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator PpsR / PAS domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / PAS domain / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain ...Transcription regulator PpsR / PAS domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / PAS domain / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator, PpsR
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Heintz, U. / Meinhart, A. / Schlichting, I. / Winkler, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Multi-PAS domain-mediated protein oligomerization of PpsR from Rhodobacter sphaeroides.
著者: Heintz, U. / Meinhart, A. / Winkler, A.
履歴
登録2013年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月2日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, PpsR
B: Transcriptional regulator, PpsR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2507
ポリマ－57,6702
非ポリマー5795
水2,648147
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7190 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area24890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.400, 107.910, 92.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, PpsR


分子量: 28835.143 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-257 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
株: ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158 / 遺伝子: ppsR, RHOS4_18870, RSP_0282 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q3J179
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid, 0.01 M L-cysteine, 4% (v/v) 1,4-dioxane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月17日 / 詳細: Dynamically bendable mirror
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
Reflection数: 113562 / Rmerge(I) obs: 0.104 / D res high: 2.2 Å / Num. obs: 26156 / % possible obs: 99.8
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 26156 / Num. obs: 26156 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 38.428 Å2 / Net I/σ(I): 10.37
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.2-2.30.6312.38134943183199.7
2.3-2.40.5132.95119202701199.9
2.4-2.50.4443.56104002279199.7
2.5-2.70.324.58159203629199.9
2.7-30.2066.89165493830199.9
3-40.08214.99261785974199.9
4-60.04624.42133533137199.6
6-100.04325.445361093199.6
10-500.02931.871212330198.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.65 Å46.55 Å
Translation4.65 Å46.55 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.0位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PpsR Q-PAS1

解像度: 2.2→46.549 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8426 / SU ML: 0.27 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2332 1307 5 %random
Rwork0.1767 ---
obs0.1795 26150 99.78 %-
all-26150 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 118.78 Å2 / Biso mean: 44.1715 Å2 / Biso min: 19.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.549 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3862 0 32 147 4041
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013945
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2095340
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075616
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005703
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3881523
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.28810.31791420.237526962838100
2.2881-2.39220.27241420.210927112853100
2.3922-2.51840.25391430.199227142857100
2.5184-2.67610.26051450.197327402885100
2.6761-2.88270.25741420.195827162858100
2.8827-3.17280.25771460.183827612907100
3.1728-3.63170.22971460.174927722918100
3.6317-4.5750.1981480.142628112959100
4.575-46.5490.20581530.16632922307599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.85691.21890.26253.05420.09843.5310.0170.1620.1519-0.08770.01430.00590.05640.0231-0.03160.24820.0140.00310.29080.03260.2602-4.448515.712-22.2929
26.6836-3.80529.53880.7732-4.42118.75220.38030.87480.0141-0.354-0.4984-0.01650.89990.86180.03570.4382-0.0023-0.05260.63540.00330.430316.46613.370514.0081
33.52430.80790.16823.23790.54611.88190.0091-0.068-0.05650.0762-0.02570.1070.0414-0.15440.00960.20380.0087-0.01670.2792-0.00150.253816.530713.073945.5042
45.47890.21-1.453.67770.89927.1465-0.0384-0.34920.31530.23230.10440.50250.1506-0.2945-0.05410.2345-0.041-0.00990.34880.00620.4331-23.355316.5271-9.2187
56.35141.74695.95960.51411.41875.8344-0.4995-0.04130.2095-0.22130.16390.1065-0.3358-0.50380.3210.3509-0.0152-0.04420.56870.01090.489810.503316.747118.1198
65.21070.1157-0.36373.1067-0.2392.88540.01290.3338-0.209-0.27930.0547-0.20510.26620.0311-0.07740.22170.01110.00920.2567-0.00370.276342.611914.460130.3073
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 8:120)A8 - 120
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 121:157)A121 - 157
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 158:257)A158 - 257
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 6:120)B6 - 120
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 121:157)B121 - 157
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 158:257)B158 - 257

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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