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万見
- PDB-4l9c: Crystal structure of the FP domain of human F-box protein Fbxo7 (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l9c
タイトルCrystal structure of the FP domain of human F-box protein Fbxo7 (native)
要素F-box only protein 7
キーワードPROTEIN BINDING / alpha/beta fold
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of lymphocyte differentiation / glial cytoplasmic inclusion / classical Lewy body / Lewy neurite / Lewy body corona / Lewy body core / positive regulation of mitophagy / positive regulation of autophagy of mitochondrion / lymphocyte differentiation / autophagy of mitochondrion ...negative regulation of lymphocyte differentiation / glial cytoplasmic inclusion / classical Lewy body / Lewy neurite / Lewy body corona / Lewy body core / positive regulation of mitophagy / positive regulation of autophagy of mitochondrion / lymphocyte differentiation / autophagy of mitochondrion / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / protein targeting to mitochondrion / SCF ubiquitin ligase complex / regulation of locomotion / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of neuron projection development / ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / protein K48-linked ubiquitination / ubiquitin binding / regulation of protein stability / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / protein heterodimerization activity / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / protein-containing complex / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Protein Transport Mog1p; Chain A - #30 / PI31 proteasome regulator, N-terminal / PI31 proteasome regulator N-terminal / Protein Transport Mog1p; Chain A / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like domain superfamily / F-box-like / F-box domain ...: / Protein Transport Mog1p; Chain A - #30 / PI31 proteasome regulator, N-terminal / PI31 proteasome regulator N-terminal / Protein Transport Mog1p; Chain A / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like domain superfamily / F-box-like / F-box domain / Ubiquitin-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
F-box only protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Du, Z. / Huang, X. / Shang, J. / Yang, Y. / Wang, G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structure of the FP domain of Fbxo7 reveals a novel mode of protein-protein interaction.
著者: Shang, J. / Wang, G. / Yang, Y. / Huang, X. / Du, Z.
履歴
登録2013年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22014年10月8日Group: Structure summary
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F-box only protein 7
B: F-box only protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6163
ポリマ－35,5232
非ポリマー921
水1,72996
1
A: F-box only protein 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7621
ポリマ－17,7621
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: F-box only protein 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8542
ポリマ－17,7621
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: F-box only protein 7
ヘテロ分子

A: F-box only protein 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6163
ポリマ－35,5232
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1/2,-y,z-1/21
Buried area2110 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area14120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.220, 64.410, 89.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 F-box only protein 7


分子量: 17761.744 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 180-335 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBX7, FBXO7, HUMAN FBXO7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y3I1
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 3350, MES 7.2, KBr , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 15476

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→39.628 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8234 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2466 1544 10 %
Rwork0.1909 --
obs0.1965 15439 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 90.45 Å2 / Biso mean: 32.2989 Å2 / Biso min: 6.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.628 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2362 0 6 96 2464
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042409
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8573263
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057388
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003408
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.917908
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1001-2.16780.34171380.22961238137699
2.1678-2.24530.27931350.221112261361100
2.2453-2.33520.30921390.212212441383100
2.3352-2.44150.25381380.213312421380100
2.4415-2.57020.27321400.194912571397100
2.5702-2.73120.27251380.203712341372100
2.7312-2.9420.25181400.204212671407100
2.942-3.23790.28611390.203812571396100
3.2379-3.70610.21191430.180212811424100
3.7061-4.66820.22591430.168812831426100
4.6682-39.63550.21151510.17691366151799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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