PDB-4l9b: Structure of native RBP from lactococcal phage 1358 (CsI derivative)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l9b

タイトル

Structure of native RBP from lactococcal phage 1358 (CsI derivative)

要素

Receptor Binding Protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / beta sandwich domain / phage receptor binding protein / Lactococcus lactis pellicle cell wall polyphosphosaccharide

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactococcus phage 1358 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Farenc, C. / Spinelli, S. / Bebeacua, C. / Tremblay, D. / Orlov, I. / Blangy, S. / Klaholz, B.P. / Moineau, S. / Cambillau, C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: A Virulent Siphophage CyoEM Structure and Host Recognition and Infection Mechanism
著者: Farenc, C. / Spinelli, S. / Bebeacua, C. / Tremblay, D. / Orlov, I. / Blangy, S. / Klaholz, B.P. / Moineau, S. / Cambillau, C.

履歴

登録	2013年6月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月13日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4l9b.cif.gz	165.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4l9b.ent.gz	130.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4l9b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/4l9b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/4l9b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4l92C 4l97C 4l99C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ff2-1 2c8a-d 4l92-1 4ff3-1 3q23-2 3zw3-d 6m2i-1 3c46-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Receptor Binding Protein

ヘテロ分子

44.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Receptor Binding Protein

ヘテロ分子

A: Receptor Binding Protein

ヘテロ分子

A: Receptor Binding Protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
132 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.610, 107.610, 107.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-405- CS
2	1	A-406- CS
3	1	A-782- HOH
4	1	A-783- HOH

#1: タンパク質	Receptor Binding Protein / RBP 分子量: 43326.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactococcus phage 1358 (ファージ) 遺伝子: ORF20 / プラスミド: pETG20A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D3W0F1
#2: 化合物	ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン分子量: 132.905 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 20% w/v PEG1000, 100 mM sodium/potassium phosphate, pH 6.2, 200 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.55 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月12日 / 詳細: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors
放射	モノクロメーター: channel cut cryogenically cooled crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.55 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 41979 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9 % / B_iso Wilson estimate: 32 Å² / R_merge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 24.3
反射シェル	解像度: 1.75→1.86 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PROTEUM PLUS	PLUS	データ収集
SHELXS		位相決定
BUSTER	2.11.2	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.75→25.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9595 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9521 / SU R Cruickshank DPI: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.103 / SU R_free Blow DPI: 0.102 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.099 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2013	2100	5 %	RANDOM
R_work	0.1693	-	-	-
obs	0.1708	41979	99.8 %	-
all	-	41979	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.44 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.181 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→25.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2843	0	6	358	3207

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	2917	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.1	3972	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		973	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		83	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		427	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		2917	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		3	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	4.02
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	15.84
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		395	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		3621	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2399	151	5 %
R_work	0.22	2868	-
all	0.221	3019	-
obs	-	-	99.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0015	0.051	-0.0107	0	-0.0403	0.0069	0.0001	0.0002	0.0004	0.0003	0.0002	-0.0009	-0.0003	0.0001	-0.0003	0.0012	-0.0054	0.0044	0.0001	0.0037	-0.0008	-12.1972	33.756	1.8518
2	0.1762	0.277	-0.0425	0.0892	-0.272	0.0624	0.0044	0.0026	0.0061	-0.0029	-0.0055	0.0091	-0.0087	0.0023	0.0011	0.0094	0.0059	0.0155	0.0002	0.0188	-0.0122	-23.3427	25.6064	0.7876
3	0	0.2553	-0.1017	0	-0.2227	0.0259	0.0012	0.0018	0.0023	-0.0036	-0.0021	0.006	-0.005	0.0011	0.0009	0.0045	-0.0109	0.0181	0.0044	0.0152	-0.0087	-20.4211	27.8043	-3.3046
4	0.0061	0.4872	-0.6724	0	0.3298	0.1653	-0.0006	0.006	0.0112	-0.0019	-0.0068	-0.0017	-0.0011	0.0037	0.0074	0.0008	-0.0037	0.0444	0.0172	-0.0036	-0.0172	-12.6423	24.3301	-6.2228
5	0.3044	0.1952	-0.3757	0	0.149	0.0778	0.0007	0.006	-0.001	-0.0012	-0.0069	-0.0094	-0.0017	-0.0019	0.0062	-0.0275	-0.025	0.079	0.0328	-0.0286	-0.0067	-10.9418	16.7798	5.5469
6	0.2339	0.0884	-0.1736	0	0.3228	0.3367	0.0049	0.0029	0.0012	-0.0057	-0.0049	0.0098	-0.0076	0.0025	0	0.0077	0.0199	0.045	0.0278	-0.019	-0.0352	-23.5002	14.2389	-2.8718
7	0.3327	-0.1555	0.1591	0.1213	-0.0947	0.2159	0.0124	0.0299	-0.008	-0.02	-0.0077	-0.0079	0.0078	0.0044	-0.0047	-0.0074	-0.0128	0.0192	-0.0063	-0.0301	0.0122	-36.4275	10.6737	21.8364
8	0.3122	-0.311	0.2114	0.1378	0.1208	0.3221	0.0066	0.0068	-0.0169	-0.0306	0.0203	0.0131	0.0223	-0.005	-0.0269	0.0025	-0.0379	0.0135	0.0068	-0.0308	-0.0173	-41.2118	7.2751	17.581
9	0.9662	0.2514	0.2199	0.2429	-0.2261	0.2469	0.0057	-0.0079	-0.0313	-0.0291	0.0238	-0.013	0.0192	0.0063	-0.0295	-0.0079	-0.0238	0.0278	-0.0099	-0.0442	0.001	-35.7325	5.2184	27.3336
10	0.1753	0.2213	0.3152	0.4884	-0.2585	0.3041	0.0101	-0.0087	-0.0575	-0.0156	0.022	-0.0372	0.045	0.0061	-0.0321	-0.0324	-0.0125	0.0204	0.0008	-0.0306	0.0194	-27.2807	2.8254	29.39
11	0.4874	0.0579	0.2575	0.5282	0.0042	0.131	0.0013	-0.0031	-0.0226	-0.0051	0.0198	0.0132	0.0078	0.0121	-0.0211	-0.0256	-0.0209	0.0242	0.0139	-0.0215	0.0034	-33.8211	7.7085	31.4509
12	0.0103	-0.1153	0.0188	0.1263	0.0201	0.0223	0.0006	-0.0069	-0.0068	-0.0006	0.004	-0.0022	0.0044	-0.0011	-0.0046	-0.0061	-0.0327	-0.0074	-0.0075	0.0175	0.0195	-40.3715	-6.8273	36.3043
13	0.0758	0.1611	-0.027	0.0846	-0.228	0	0.0007	0.0008	-0.0064	-0.0002	-0.0012	0.0006	0.0021	0.0008	0.0005	-0.0036	-0.0499	-0.0143	-0.0098	0.0142	0.0211	-50.5992	-5.8016	32.1941
14	0.0756	0.0112	0.213	0.3221	-0.1659	0.2791	0.0045	0.0004	0.0014	-0.0149	0.0072	-0.0071	0.0044	0.013	-0.0117	-0.0144	-0.0312	0.0293	-0.0084	-0.0304	0.0192	-30.4991	12.8658	27.4268
15	0.0128	-0.0081	0.0073	0.0079	0.0394	0	0	0.0003	-0.0006	0.0001	-0.001	-0.0007	-0.0005	0.0011	0.001	-0.0069	-0.0026	0.0009	0.0098	-0.0048	0.0006	-14.4671	11.6917	32.9471

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|2 - A\|17}	A	2 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|18 - A\|53}	A	18 - 53
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|54 - A\|78}	A	54 - 78
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|79 - A\|116}	A	79 - 116
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|117 - A\|143}	A	117 - 143
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|144 - A\|170}	A	144 - 170
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|171 - A\|206}	A	171 - 206
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{A\|207 - A\|236}	A	207 - 236
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{A\|237 - A\|269}	A	237 - 269
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{A\|270 - A\|319}	A	270 - 319
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{A\|320 - A\|343}	A	320 - 343
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{A\|344 - A\|355}	A	344 - 355
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{A\|356 - A\|366}	A	356 - 366
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{A\|367 - A\|387}	A	367 - 387
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{A\|388 - A\|393}	A	388 - 393

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)