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- PDB-4l9a: Crystal structure of Smu.1393c from cariogenic pathogen Streptoco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l9a
タイトルCrystal structure of Smu.1393c from cariogenic pathogen Streptococcus mutans
要素Putative uncharacterized protein Smu.1393c
キーワードHYDROLASE / alpha/beta hydrolase / carboxylesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AB hydrolase-1 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wang, Z. / Li, L. / Su, X.-D.
引用ジャーナル: Proteins / : 2014
タイトル: Structural and functional characterization of a novel alpha / beta hydrolase from cariogenic pathogen Streptococcus mutans.
著者: Wang, Z. / Li, L. / Su, X.D.
履歴
登録2013年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2013年7月17日ID: 3L80
改定 1.02013年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月6日Group: Database references
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein Smu.1393c
B: Putative uncharacterized protein Smu.1393c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9764
ポリマ-66,7922
非ポリマー1842
5,152286
1
A: Putative uncharacterized protein Smu.1393c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4882
ポリマ-33,3961
非ポリマー921
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative uncharacterized protein Smu.1393c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4882
ポリマ-33,3961
非ポリマー921
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area23770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.504, 135.958, 51.568
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein Smu.1393c


分子量: 33395.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
: ATCC 700610 / UA159 / 遺伝子: SMU_1393c / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DTF4
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M BIS-TRIS pH6.5, 25% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.97898, 0.97926, 0.96403
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月7日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978981
20.979261
30.964031
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 79971 / Num. obs: 79331 / % possible obs: 99.2 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIX(phenix.autosol)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→41.399 Å / SU ML: 0.52 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.47 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I_PLUS/MINUS AND F_PLUS/MINUS COLUMN.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2053 2025 5.03 %random
Rwork0.1645 ---
obs0.1666 40226 99.35 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.466 Å2 / ksol: 0.376 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.8464 Å2-0 Å23.208 Å2
2---12.6991 Å2-0 Å2
3---4.8527 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→41.399 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4302 0 12 286 4600
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074413
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9965962
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3131608
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071648
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004766
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9974-2.04730.27311150.21812582X-RAY DIFFRACTION94
2.0473-2.10270.27471350.20222740X-RAY DIFFRACTION100
2.1027-2.16460.27211740.17912730X-RAY DIFFRACTION100
2.1646-2.23440.24871230.17842719X-RAY DIFFRACTION100
2.2344-2.31430.23591420.17582735X-RAY DIFFRACTION100
2.3143-2.40690.22551500.17032719X-RAY DIFFRACTION100
2.4069-2.51650.21891320.17892759X-RAY DIFFRACTION100
2.5165-2.64910.25091560.18632741X-RAY DIFFRACTION100
2.6491-2.8150.2511440.18462700X-RAY DIFFRACTION100
2.815-3.03230.22561610.18292766X-RAY DIFFRACTION100
3.0323-3.33740.18991410.172754X-RAY DIFFRACTION100
3.3374-3.820.19321630.1532719X-RAY DIFFRACTION100
3.82-4.81160.16071470.12932761X-RAY DIFFRACTION100
4.8116-41.40740.17251420.15872776X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4674-0.5542-0.07744.2087-0.9771.60840.15360.204-0.039-0.7545-0.1238-0.12450.17210.0331-0.02950.28750.00770.01370.21310.00390.152-2.087128.64731.2054
26.0538-4.24060.86785.12971.12071.6664-0.5319-0.68810.85710.72440.54250.0778-0.58710.6871-0.10120.5681-0.1190.04770.6103-0.3110.65131.125448.886114.8923
31.84092.2671.09186.21990.41322.5185-0.0046-0.23290.02271.34570.14280.8562-0.2701-0.1533-0.08050.44720.06140.1660.33760.01640.4046-15.205938.497518.5528
41.4062-0.52690.09884.0588-0.89842.18650.08580.08330.1521-0.3172-0.0216-0.005-0.08330.0035-0.04420.2151-0.02460.0280.2086-0.01710.1776-4.813839.30764.3925
51.365-0.4706-0.17614.4578-1.45122.7096-0.0145-0.114-0.0350.333-0.064-0.0053-0.1142-0.05230.08740.1865-0.0154-0.01540.24330.020.23428.99314.074622.2499
61.96361.5286-0.61981.324-0.60180.2593-0.1514-0.1287-0.2289-0.1893-0.07-0.35060.11510.00640.17440.2844-0.0157-0.00190.37740.03620.582830.24383.434510.9651
71.45290.0623-0.07785.0309-0.45332.3056-0.06710.2956-0.0321-0.8020.072-0.39680.23620.07450.0090.31830.02540.06870.2455-0.02330.228911.63091.34395.4213
81.50910.65580.68011.96760.5282.1524-0.0013-0.3199-0.32790.2956-0.2738-1.07790.13670.43680.12590.2778-0.0254-0.11790.33590.16760.518322.7228-5.867126.9077
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 3:129)A3 - 129
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 130:141)A130 - 141
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 142:175)A142 - 175
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 176:275)A176 - 275
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 2:124)B2 - 124
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 125:160)B125 - 160
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 161:204)B161 - 204
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 205:272)B205 - 272

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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