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- PDB-4l7u: Human artd3 (parp3) - catalytic domain in complex with inhibitor ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l7u
タイトルHuman artd3 (parp3) - catalytic domain in complex with inhibitor ME0398
要素Poly [ADP-ribose] polymerase 3
キーワードtransferase/transferase inhibitor / DIPHTHERIA TOXIN LIKE ADP-RIBOSE TRANSFERASE / TRANSFERASE / ADP-RIBOSYLATION / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of isotype switching / : / NAD+-protein-lysine ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of DNA ligation / NAD DNA ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / DNA ADP-ribosylation / protein localization to site of double-strand break / protein auto-ADP-ribosylation ...negative regulation of isotype switching / : / NAD+-protein-lysine ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of DNA ligation / NAD DNA ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / DNA ADP-ribosylation / protein localization to site of double-strand break / protein auto-ADP-ribosylation / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / intercellular bridge / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / catalytic activity / regulation of mitotic spindle organization / telomere maintenance / centriole / nucleotidyltransferase activity / double-strand break repair / site of double-strand break / nuclear body / centrosome / nucleolus / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / Poly(ADP-ribose) Polymerase; domain 1 / : / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / WGR domain / WGR domain superfamily / WGR domain / WGR domain profile. / Proposed nucleic acid binding domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain superfamily ...Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / Poly(ADP-ribose) Polymerase; domain 1 / : / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / WGR domain / WGR domain superfamily / WGR domain / WGR domain profile. / Proposed nucleic acid binding domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain superfamily / Poly(ADP-ribose) polymerase, regulatory domain / PARP alpha-helical domain profile. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1VC / Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Karlberg, T. / Thorsell, A.G. / Lindgren, A.E.G. / Ekblad, T. / Spjut, S. / Andersson, C.D. / Weigelt, J. / Linusson, A. / Elofsson, M. / Schuler, H.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Chemical Probes to Study ADP-Ribosylation: Synthesis and Biochemical Evaluation of Inhibitors of the Human ADP-Ribosyltransferase ARTD3/PARP3.
著者: Lindgren, A.E. / Karlberg, T. / Ekblad, T. / Spjut, S. / Thorsell, A.G. / Andersson, C.D. / Nhan, T.T. / Hellsten, V. / Weigelt, J. / Linusson, A. / Schuler, H. / Elofsson, M.
履歴
登録2013年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: reflns_shell / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id ..._struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1312
ポリマ－39,7521
非ポリマー3791
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.188, 56.752, 56.905
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細MONOMERIC

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要素

#1: タンパク質 Poly [ADP-ribose] polymerase 3 / PARP-3 / hPARP-3 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 3 / ARTD3 / IRT1 / NAD(+) ADP- ...PARP-3 / hPARP-3 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 3 / ARTD3 / IRT1 / NAD(+) ADP-ribosyltransferase 3 / ADPRT-3 / Poly[ADP-ribose] synthase 3 / pADPRT-3


分子量: 39752.074 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC PARP DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADPRT3, ADPRTL3, PARP3 / プラスミド: PNIC-BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) R3 PRARE / 参照: UniProt: Q9Y6F1, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-1VC / methyl N-[3-(4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl)propanoyl]-L-phenylalaninate


分子量: 379.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H21N3O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.9M DL-Malic Acid, 0.1M Bis-tris-propane , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月2日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 8138 / Num. obs: 8138 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 51.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rsym value: 0.196 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.629 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 1576 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
MOLREP位相決定
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4GV4

4gv4


解像度: 2.8→27.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8752 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7969 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2881 489 6.01 %RANDOM
Rwork0.2396 ---
all0.2424 8137 --
obs0.2424 8137 99.58 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.4482 Å20 Å20.5937 Å2
2--9.9435 Å20 Å2
3---0.5047 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.475 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→27.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2744 0 28 0 2772
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012835HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.163839HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1306SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes86HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes404HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2835HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.75
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.27
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion358SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3101SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→3.13 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3272 -
Rwork0.243 -
all0.243 2307
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.5011 Å / Origin y: 0.3762 Å / Origin z: 11.8757 Å
111213212223313233
T0.1447 Å2-0.0206 Å20.0361 Å2--0.2361 Å2-0.0084 Å2---0.1665 Å2
L0.4916 °2-0.4517 °2-0.2396 °2-2.5371 °20.3366 °2--1.1894 °2
S-0.0148 Å °-0.0306 Å °-0.0179 Å °-0.2945 Å °-0.0485 Å °0.1107 Å °-0.0187 Å °0.0635 Å °0.0633 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|178 - A|532 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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