PDB-4l7k: Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D38E from Pseudomonas ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l7k

タイトル

Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D38E from Pseudomonas Testosteroni (tKSI)

要素

Steroid Delta-isomerase

キーワード

ISOMERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

steroid Delta-isomerase / steroid delta-isomerase activity / steroid metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Comamonas testosteroni (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Gonzalez, A. / Tsai, Y. / Schwans, J. / Sunden, F. / Herschlag, D.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Use of anion-aromatic interactions to position the general base in the ketosteroid isomerase active site.
著者: Schwans, J.P. / Sunden, F. / Lassila, J.K. / Gonzalez, A. / Tsai, Y. / Herschlag, D.

履歴

登録	2013年6月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月24日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4l7k.cif.gz	621.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4l7k.ent.gz	526.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4l7k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4l7k_validation.pdf.gz	555 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4l7k_full_validation.pdf.gz	574.8 KB	表示
XML形式データ	4l7k_validation.xml.gz	66 KB	表示
CIF形式データ	4l7k_validation.cif.gz	92.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/4l7k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/4l7k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3mki-2 3wgl-2 4ygb-2 3wgk-1 3uu1-2 6pft-d 2hsi-1 1ohp-1 4yzm-1 3mki-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Steroid Delta-isomerase

B: Steroid Delta-isomerase

C: Steroid Delta-isomerase

D: Steroid Delta-isomerase

E: Steroid Delta-isomerase

F: Steroid Delta-isomerase

G: Steroid Delta-isomerase

H: Steroid Delta-isomerase

I: Steroid Delta-isomerase

J: Steroid Delta-isomerase

K: Steroid Delta-isomerase

O: Steroid Delta-isomerase

ヘテロ分子

166 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Steroid Delta-isomerase

B: Steroid Delta-isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Steroid Delta-isomerase

J: Steroid Delta-isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: Steroid Delta-isomerase

I: Steroid Delta-isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.7 kDa, 2 ポリマー
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4

E: Steroid Delta-isomerase

G: Steroid Delta-isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.6 kDa, 2 ポリマー
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5

F: Steroid Delta-isomerase

K: Steroid Delta-isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.9 kDa, 2 ポリマー
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6

H: Steroid Delta-isomerase

O: Steroid Delta-isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.128, 111.128, 499.813
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Steroid Delta-isomerase / Delta(5)-3-ketosteroid isomerase 分子量: 13426.128 Da / 分子数: 12 / 変異: D38E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Comamonas testosteroni (バクテリア) 株: ATC 11996 / 遺伝子: ksi / プラスミド: pKK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 / 参照: UniProt: P00947, steroid Delta-isomerase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 901 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.51 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 5mg/ml protein, 1.6 M ammonium sulfate, 40mM potassium phosphate, 1 mM EDTA, 2mM DTT, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL9-2	1	0.9795
シンクロトロン	SSRL	BL9-1	2	0.9795

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
MARMOSAIC 325 mm CCD	1	CCD	2010年3月24日	Si double crystal
ADSC QUANTUM 315r	2	CCD	2010年5月10日	Si single crystal

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si double crystal	SINGLE WAVELENGTH	x-ray	1
2	Si single crystal	SINGLE WAVELENGTH	x-ray	1

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→29.937 Å / Num. all: 107620 / Num. obs: 107620 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 18.7 % / R_sym value: 0.137 / Net I/σ(I): 18.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.1-2.21	10.7	0.728	1.1	164349	15360	0.728	99.7
2.21-2.35	14.1	0.682	1	206735	14613	0.682	100
2.35-2.51	21.8	0.635	1.1	299763	13778	0.635	100
2.51-2.71	21.7	0.437	1.7	279474	12898	0.437	100
2.71-2.97	21.6	0.265	2.8	256602	11881	0.265	100
2.97-3.32	21.4	0.144	5	232135	10825	0.144	100
3.32-3.84	21.1	0.084	8.2	203343	9650	0.084	100
3.84-4.7	20.7	0.055	10.6	170361	8244	0.055	100
4.7-6.64	20.1	0.05	11.8	131188	6525	0.05	100
6.64-29.937	19.1	0.032	14	73546	3846	0.032	98.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.4 Å	29.26 Å
Translation	2.4 Å	29.26 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→29.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / WR_factor R_free: 0.354 / WR_factor R_work: 0.3029 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / FOM work R set: 0.5953 / SU B: 22.244 / SU ML: 0.262 / SU R Cruickshank DPI: 0.3269 / SU R_free: 0.2688 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.327 / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.354	5363	5 %	RANDOM
R_work	0.3029	-	-	-
obs	0.3055	107450	99.96 %	-
all	-	107450	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 199.32 Å² / B_iso mean: 33.8882 Å² / B_iso min: 12.04 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.41 Å²	0.71 Å²	0 Å²
2-	-	1.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11276	0	285	901	12462

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	12177
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	7915
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.172	1.964	16591
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.064	3	19218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.237	5	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.135	23.617	564
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.615	15	1869
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.637	15	96
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	1833
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	13849
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	2575
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.326	1.5	7662
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.082	1.5	3104
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.598	2	12295
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.921	3	4515
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.52	4.5	4296

LS精密化シェル

解像度: 2.101→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.416	368	-
R_work	0.349	7324	-
all	-	7692	-
obs	-	-	99.57 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6273	0.0735	0.0547	1.3241	0.1136	2.2097	-0.0217	0.0877	0.0728	-0.1808	-0.0654	-0.016	-0.4102	0.1998	0.0871	0.2914	-0.0109	-0.0944	0.0572	0.0154	0.0894	37.5594	67.0592	120.9012
2	0.7766	0.2838	0.4321	1.4074	0.3479	2.9173	0.0264	0.0567	0.0037	0.0757	-0.1061	0.0209	0.0983	0.0911	0.0796	0.2283	0.0121	-0.0543	0.0232	-0.0021	0.1779	35.3692	52.168	139.246
3	0.7311	0.0612	0.1862	0.9427	0.015	2.0407	-0.1153	0.0908	-0.1106	0.0999	0.1575	-0.0097	-0.057	0.2467	-0.0422	0.1097	0.1176	-0.0337	0.308	-0.0445	0.0812	48.0405	59.7909	193.849
4	1.26	-0.8329	0.6902	0.6982	-0.5697	1.4367	0.1294	-0.0901	0.1029	0.0967	-0.0327	-0.115	0.0602	-0.2032	-0.0967	0.4623	-0.1091	-0.0916	0.1364	-0.0046	0.2329	-23.3599	126.1975	159.6756
5	0.9923	-0.9097	0.8356	1.3296	-0.3502	1.8608	0.1734	-0.1294	0.1413	0.1618	-0.0564	-0.1824	0.355	-0.1665	-0.117	0.5053	-0.2283	-0.0142	0.1152	-0.014	0.0717	32.7709	94.0326	159.479
6	1.0915	-0.2212	0.6971	1.3587	0.0487	3.658	-0.0417	0.1208	0.1623	-0.1906	-0.0853	-0.0663	-0.2136	0.3972	0.127	0.193	-0.0436	-0.0219	0.0581	0.0412	0.1834	93.2861	35.009	120.9282
7	1.6759	-0.5037	-0.1436	1.7314	-1.2191	1.9062	0.0132	-0.1946	0.13	-0.2716	0.0059	-0.1859	-0.3861	0.3786	-0.0191	0.5248	-0.2025	0.0163	0.1734	-0.0645	0.1466	47.3973	75.4181	163.8535
8	0.4642	-0.8619	-0.3821	2.2254	0.3456	2.1598	-0.1591	-0.0826	-0.0413	0.0773	0.0302	0.0681	0.011	-0.7466	0.1289	0.1469	0.0845	0.0066	0.6311	-0.1354	0.212	77.9283	28.8424	168.9979
9	1.5155	-0.7433	-0.166	1.6306	-0.8079	1.4631	-0.1167	-0.1092	0.0508	-0.1769	-0.0436	-0.2038	-0.3518	0.3025	0.1603	0.4156	-0.103	-0.0829	0.1477	-0.0143	0.292	-8.6178	107.7608	163.9634
10	1.1575	-0.0307	0.3242	1.3027	0.8414	2.412	-0.0321	0.0276	-0.0171	0.2239	0.0163	0.2528	0.1246	0.0052	0.0158	0.1683	0.1242	0.0205	0.1383	0.0151	0.1176	34.1309	65.217	212.3616
11	0.7358	0.0096	0.4171	1.2744	-0.0068	2.7598	-0.0006	-0.0402	0.0452	0.0706	-0.1064	-0.0105	0.3023	0.077	0.1071	0.1746	-0.0339	0.0083	0.0499	-0.0072	0.1831	91.215	20.0145	139.1643
12	0.2451	-0.2166	0.2639	1.9998	0.2918	2.2948	0.0532	0.3577	-0.0811	0.0739	0.0184	0.0473	0.0383	0.2449	-0.0716	0.0399	0.1461	-0.0432	0.6737	-0.1677	0.0573	68.9744	50.7131	173.7028

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 125
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 125
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 125
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 125
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 125
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 125
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 125
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 125
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	1 - 125
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	1 - 125
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	1 - 125
12	X-RAY DIFFRACTION	12	O	1 - 125

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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