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万見
- PDB-4l7f: Co-crystal Structure of JNK1 and AX13587 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l7f
タイトルCo-crystal Structure of JNK1 and AX13587
要素Mitogen-activated protein kinase 8
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / protein kinase fold / protein kinase / jun-c / phosphorylation / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


JUN phosphorylation / positive regulation of cell killing / Activation of BMF and translocation to mitochondria / Interleukin-38 signaling / basal dendrite / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / Activation of BIM and translocation to mitochondria / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / positive regulation of cyclase activity / histone deacetylase regulator activity ...JUN phosphorylation / positive regulation of cell killing / Activation of BMF and translocation to mitochondria / Interleukin-38 signaling / basal dendrite / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / Activation of BIM and translocation to mitochondria / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / positive regulation of cyclase activity / histone deacetylase regulator activity / NRAGE signals death through JNK / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of protein metabolic process / JUN kinase activity / peptidyl-threonine phosphorylation / mitogen-activated protein kinase / regulation of macroautophagy / response to mechanical stimulus / response to UV / stress-activated MAPK cascade / energy homeostasis / negative regulation of protein binding / JNK cascade / cellular response to amino acid starvation / protein serine/threonine kinase binding / NRIF signals cell death from the nucleus / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / cellular response to reactive oxygen species / FCERI mediated MAPK activation / regulation of circadian rhythm / cellular response to mechanical stimulus / histone deacetylase binding / peptidyl-serine phosphorylation / cellular senescence / rhythmic process / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / MAPK cascade / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / regulation of protein localization / cellular response to lipopolysaccharide / cellular response to oxidative stress / protein phosphatase binding / Oxidative Stress Induced Senescence / response to oxidative stress / protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / axon / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / synapse / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1V5 / Mitogen-activated protein kinase 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Walter, R.L. / Ranieri, G.M. / Riggs, A.M. / Weissig, H. / Li, B. / Shreder, K.R.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: Hit-to-lead optimization and kinase selectivity of imidazo[1,2-a]quinoxalin-4-amine derived JNK1 inhibitors.
著者: Li, B. / Cociorva, O.M. / Nomanbhoy, T. / Weissig, H. / Li, Q. / Nakamura, K. / Liyanage, M. / Zhang, M.C. / Shih, A.Y. / Aban, A. / Hu, Y. / Cajica, J. / Pham, L. / Kozarich, J.W. / Shreder, K.R.
履歴
登録2013年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8372
ポリマ－42,3771
非ポリマー4601
水8,089449
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.802, 135.802, 94.208
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 8 / MAP kinase 8 / MAPK 8 / JNK-46 / Stress-activated protein kinase 1c / SAPK1c / Stress-activated ...MAP kinase 8 / MAPK 8 / JNK-46 / Stress-activated protein kinase 1c / SAPK1c / Stress-activated protein kinase JNK1 / c-Jun N-terminal kinase 1


分子量: 42377.102 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 7-362 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK8, JNK1, PRKM8, SAPK1, SAPK1C / 参照: UniProt: P45983, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-1V5 / N-[1-(4-fluorophenyl)cyclopropyl]-4-[(trans-4-hydroxycyclohexyl)amino]imidazo[1,2-a]quinoxaline-8-carboxamide


分子量: 459.515 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H26FN5O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.82 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM
検出器日付: 2010年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 47064

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / SU B: 2.581 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1977 2380 5.1 %RANDOM
Rwork0.1605 ---
obs0.1624 47049 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 96.65 Å2 / Biso mean: 27.3579 Å2 / Biso min: 10.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.55 Å20.28 Å20 Å2
2--0.55 Å20 Å2
3----0.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2871 0 34 449 3354
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223211
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0226
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.471.9884399
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.612359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7745423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.23424.43149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.15215624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0281520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2486
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022434
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.0212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.21463
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2740.237
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.22195
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1270.25
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2140.2357
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2060.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2540.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0681.51965
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7123116
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.42831475
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8654.51245
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.003 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 172 -
Rwork0.222 3291 -
all-3463 -
obs--98.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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