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万見
- PDB-4l7c: Structure of keap1 kelch domain with 2-{[(1S)-2-{[(1R,2S)-2-(1H-t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l7c
タイトルStructure of keap1 kelch domain with 2-{[(1S)-2-{[(1R,2S)-2-(1H-tetrazol-5-yl)cyclohexyl]carbonyl}-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-1-yl]methyl}-1H-isoindole-1,3(2H)-dione
要素Kelch-like ECH-associated protein 1
キーワードTRANSCRIPTION/INHIBITOR / STRESS SENSOR / KELCH DOMAIN / KELCH REPEAT MOTIF / BETA-PROPELLER / NRF2 / PROTEIN-SMALL MOLECULE COMPLEX / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / actin filament / centriolar satellite ...regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / actin filament / centriolar satellite / disordered domain specific binding / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / midbody / cellular response to oxidative stress / ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / in utero embryonic development / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Potential therapeutics for SARS / regulation of autophagy / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kelch-type beta propeller / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch motif ...Kelch-type beta propeller / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch motif / Kelch repeat type 1 / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / 6 Propeller / Neuraminidase / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1VW / ACETATE ION / Kelch-like ECH-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Jnoff, E. / Brookfield, F. / Albrecht, C. / Barker, J.J. / Barker, O. / Beaumont, E. / Bromidge, S. / Brooks, M. / Ceska, T. / Courade, J.P. ...Jnoff, E. / Brookfield, F. / Albrecht, C. / Barker, J.J. / Barker, O. / Beaumont, E. / Bromidge, S. / Brooks, M. / Ceska, T. / Courade, J.P. / Crabbe, T. / Duclos, S. / Fryatt, T. / Jigorel, E. / Kwong, J. / Sands, Z. / Smith, M.A.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2014
タイトル: Binding Mode and Structure-Activity Relationships around Direct Inhibitors of the Nrf2-Keap1 Complex.
著者: Jnoff, E. / Albrecht, C. / Barker, J.J. / Barker, O. / Beaumont, E. / Bromidge, S. / Brookfield, F. / Brooks, M. / Bubert, C. / Ceska, T. / Corden, V. / Dawson, G. / Duclos, S. / Fryatt, T. / ...著者: Jnoff, E. / Albrecht, C. / Barker, J.J. / Barker, O. / Beaumont, E. / Bromidge, S. / Brookfield, F. / Brooks, M. / Bubert, C. / Ceska, T. / Corden, V. / Dawson, G. / Duclos, S. / Fryatt, T. / Genicot, C. / Jigorel, E. / Kwong, J. / Maghames, R. / Mushi, I. / Pike, R. / Sands, Z.A. / Smith, M.A. / Stimson, C.C. / Courade, J.P.
履歴
登録2013年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月23日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
B: Kelch-like ECH-associated protein 1
C: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,73611
ポリマ－99,0293
非ポリマー1,7078
水3,585199
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.290, 125.610, 132.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質 Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 / Kelch-like protein 19


分子量: 33009.801 Da / 分子数: 3 / 断片: Kelch domain, UNP residues 321-609 / 変異: R354D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1, INRF2, KIAA0132, KLHL19 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14145
#2: 化合物 ChemComp-1VW / 2-{[(1S)-2-{[(1R,2S)-2-(1H-tetrazol-5-yl)cyclohexyl]carbonyl}-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-1-yl]methyl}-1H-isoindole-1,3(2H)-dione


分子量: 470.523 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H26N6O3
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.66 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 1 ul of protein at 12 mg/ml in 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 5 mM DTT, 5 mM compound 1 + 2 ul of 2.15 M Sodium Acetate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月22日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→36.71 Å / Num. all: 50637 / Num. obs: 48009 / % possible obs: 99.92 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GO.COMデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZGK

1zgk


解像度: 2.4→36.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 9.881 / SU ML: 0.224 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.385 / ESU R Free: 0.262 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28064 2573 5.1 %RANDOM
Rwork0.26547 ---
all0.26626 50637 --
obs0.26626 48009 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.493 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.76 Å20 Å2-0 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→36.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6609 0 125 199 6933
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0197004
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026301
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9561.9569559
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.643314416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2865875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.93522.776335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.628151020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9051567
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0510.2999
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0218341
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021767
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 187 -
Rwork0.377 3519 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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